В 1998 году Porsche подготовила спортпрототип для участия в «24 часах Ле-Мана» следующего сезона, присвоив ему кодовое обозначение 9R3. Компания отмечала, что «новые правила для «Ле-Мана» дадут открытым спортивным автомобилям больше возможностей для победы в общем зачете, чем технике GT». Шасси работы Норберта Зингера первоначально планировалось оснастить модифицированной версией турбированного шестицилиндрового оппозитного двигателя от дорожного Porsche 911, но этот мотор сочли слишком тяжелым, недостаточно мощным и требующим дополнительного охлаждения, а в ноябре 1998 года Porsche и вовсе отказалась от постройки автомобиля для сезона‐1999, объявив о своем возвращении в Ле-Ман в 2000 году.
Наработки по шасси перешли в новую машину, а вот в качестве силового агрегата запланировали использовать 3,5-литровый двигатель V10, который изначально был разработан в 1992 году для команды «Формулы‐1» Footwork Arrows. Для прототипа объем мотора увеличили до 5,5 литра и убрали пневматические клапанные пружины. Прочие доработки включали в себя изменение геометрии подвески под новые шины и переработку креплений двигателя для размещения нового мотора. В мае 1999 года проект был закрыт советом директоров Porsche, но было разрешено завершить постройку единственного прототипа.
В ноябре 1999 года на заводском испытательном треке в Вайссахе состоялись двухдневные закрытые тесты, на которых автомобилем управляли британец Аллан Макниш и француз Роберт Жан Уоллек, которые, как сообщается, дали положительные отзывы о машине. Несмотря на то что фотографии автомобиля во время теста просочились в СМИ, Porsche официально отрицала существование прототипа, который после тестов сразу оказался в закрытом хранилище марки.
Решение закрыть проект, когда гоночный прототип уже был готов, в Porsche никогда не объясняли. По слухам, причиной тому стало соглашение между генеральным директором Porsche Венделином Видекингом и председателем Volkswagen Group Фердинандом Пиехом о сотрудничестве в новом проекте внедорожника (который воплотился в Porsche Cayenne и Volkswagen Touareg). Это соглашение якобы включало отказ Porsche от участия в гонках в Ле-Мане, чтобы не создавать конкуренции прототипу Audi R8, созданному входящей в тот же концерн компанией. По другой версии, Porsche ушла из гонок прототипов из-за отсутствия конкуренции после ухода команд BMW, Toyota, Nissan и Mercedes-Benz.
Наличие Porsche LMP2000 было признано только в июле 2018 года, когда автомобиль был впервые представлен публике на Фестивале скорости в Гудвуде в рамках празднования 70-летия Porsche. В 2024 году заводской музей Porsche восстановил автомобиль до рабочего состояния, чтобы отпраздновать 25-летие проекта – в октябре 2024 года Аллан Макниш снова сел за руль машины, чтобы провести ее по трассе и впервые публично продемонстрировать прототип в движении.