Вернувшись из Африки, Б. А. Вилькицкий работал в Брюсселе бухгалтером, статистиком, давал уроки русского языка. Д. И. Дараган вспоминал: «Лета, проведенные Вилькицким в Конго, сильно подорвали его здоровье. Он не мог больше сделать ничего серьезного по полярным вопросам, и ему приходилось работать не из идейных побуждений в интересующей его области, а для хлеба насущного… Работы, бухгалтерские и статистические, которыми занимался Вилькицкий, много не давали, и я знаю, как друзья его отца с большими связями в Швеции пробовали получить для Вилькицкого какую-нибудь пенсию, но из этого ничего не вышло». В последние годы жизни Борис Андреевич трудился в должности конторщика на фабрике по производству чернил.

После 22 июня 1941 г. Вилькицкий, как и многие другие эмигранты, связывал надежды на освобождение России от большевиков с вступлением на ее территорию германской армии. По свидетельству его внука, в 1942 г. он обратился из Брюсселя к немецкому командованию с предложением своих услуг – как специалист по навигации на северных реках. Возможно, это было связано с тем, что в годы Второй мировой войны соплаватель Вилькицкого по Арктике – командир ледокольного парохода «Вайгач» капитан 1-го ранга Петр Алексеевич Новопашенный (1881–1950 гг.) – служил начальником шифротдела «4–0» абвера. Но предложением Вилькицкого немцы воспользоваться не успели или не захотели.

Интересное свидетельство об отношении Б. А. Вилькицкого к Советскому Союзу приводит в послевоенные годы публицист И. Куксин: «Жил он одиноко, и частенько одолевали его приступы ностальгии. Особенно они усилились после того, как во второй половине 50-х он встретился на всемирной выставке в Брюсселе с делегацией советских полярников. Борис Андреевич был необычайно польщен, когда, назвав свое имя, сразу был окружен доброжелательными собеседниками. Как он был рад, когда узнал, что его имя на родине не забыто! В беседе с главой делегации – начальником Главного управления Северного морского пути контр-адмиралом В. Ф. Бурхановым – Вилькицкий заявил, что он с удовольствием вернулся бы. Бурханов обещал похлопотать и выяснить возможности возвращения. Однако вскоре Главное управление Северного морского пути было упразднено и стало одним из главков Министерства морского флота. И надо полагать, что Бурханову стало не до хлопот, а вскоре Б. А. Вилькицкий скончался».

Умер Борис Андреевич в Русском доме для престарелых на окраине Брюсселя 6 марта 1961 г. О его смерти сообщили крупнейшие западные издания, посвященные проблемам Арктики. В 1964 г. большая статья о Б. А. Вилькицком вышла в советском альманахе «Летопись Севера». Одним из ее авторов был Н. И. Евгенов – участник Гидрографической экспедиции Северного Ледовитого океана.

Врач ледокольного парохода «Таймыр» Л. М. Старокадомский так писал о начальнике экспедиции: «Молодой блестящий офицер слыл среди сверстников, а затем и вообще в среде морских офицеров человеком малосерьезным и легкомысленным… Обладая хорошими способностями, позволявшими ему быстро осваивать изучаемый предмет, он не отличался глубоким умом и имел склонность слишком рассчитывать на удачу, на свою „счастливую звезду“». Подобные же суждения встречаются в других воспоминаниях и работах, опубликованных в советский период. Оценивая службу и труды Б. А. Вилькицкого, думается, что все-таки более объективен советский моряк и писатель Б. П. Водопьянов, отметивший: «Да, многое давалось ему без видимых усилий – чины и ордена, сложные науки и громкие открытия. Блестящий офицер, красавец и оптимист, он был воистину баловнем судьбы, но лишь в той мере, в какой сам шел ей навстречу».

Главное же заключалось в том, что «труды Б. А. Вилькицкого и его сподвижников вернули России право на почетное место в ряду стран – исследовательниц арктических морей».