По территории Бельгийского Конго (ныне – Демократическая Республика Конго) протекает одна из величайших рек мира – Конго, имеющая множество притоков. К гидрографическим исследованиям конголезских водных путей бельгийское правительство активно привлекало русских моряков-эмигрантов.
По образному выражению княгини З. Шаховской, отправившись в Конго, Вилькицкий «из арктического адмирала стал тропическим». Вообще, заморские колонии часто привлекали внимание русских изгнанников. Там было проще найти работу, поскольку далеко не все западные специалисты соглашались трудиться в условиях тяжелого африканского климата. В колониальных странах многие эмигранты из России, не востребованные в Европе, могли вернуться к профессиональной деятельности и в какой-то мере «социально реабилитироваться», вернуть себе утерянный на чужбине статус.
О жизни русских моряков в Конго вспоминал один из эмигрантов, В. Ткачев: «Через несколько дней я знакомлюсь со всей русской колонией, впрочем – немногочисленной. Все члены ее – моряки, приглашенные на правительственную службу в качестве гидрографов. Ими, вследствие отсутствия военного флота, небогаты бельгийцы, а здесь они нужны: капризное русло Конго причиняет немало беспокойства океанским пароходам. Из русских гидрографов образован особый отряд, плавающий в районе Бона на специальном судне „Пирондель“ [так в тексте, правильно – „Ирондель“], где они устроились с женами, по-семейному, и, пожалуй, среди них иностранцем чувствует себя капитан-бельгиец».
15 марта 1928 г. Б. А. Вилькицкий в чине «второго лейтенанта флота» возглавил «2-ю исследовательскую бригаду Гидрографической службы Нижнего Конго». Работы бригады проводились на пароходе «Ирондель». Основными подразделениями, занимавшимися исследованием и оборудованием африканских рек, были так называемые научные и рабочие бригады, каждая из которых имела в своем распоряжении несколько моторных лодок и мелких плавсредств. В научную бригаду обычно входили три европейца и тридцать местных рабочих. Рабочие бригады, имея приблизительно такое же оснащение, занимались навигационным оборудованием рек.
1 июля 1930 г. Вилькицкого произвели в гидрографы 2-го класса, а 15 апреля 1931 г. он покинул Конго и вернулся в Бельгию. Это решение было вызвано тем, что Вилькицкий, как и многие другие русские моряки, плохо переносил местный климат. По окончании службы правительство Бельгии выплачивало работавшим в колониях повышенную пенсию. Впрочем, как с иронией заметил трудившийся долгое время в Конго Д. И. Ососов, «сама повышенная колониальная пенсия была рассчитана на быструю смертность заслуживших ее, в Бельгийском Конго в особенности». По свидетельствам современников, Вилькицкий не получил пенсию от правительства Бельгии (скорее всего, из-за недостаточного срока пребывания в колониях).