Постоянные переделы Франкского королевства провоцировали жестокую и кровавую борьбу между наследниками. Разразившаяся после смерти Хариберта в 567 году междоусобица получила в истории название «войны двух королев» Брунгильды и Фредегонды; она была красочно описана хронистами, а позднее и поэтами. Брунгильда, супруга короля Австразии Сигиберта, была дочерью вестготского короля Испании; по словам Григория Турского, она была «тонкого воспитания, красивой, хорошего нрава, благородной, умной и приятной в разговоре». Жестокая Фредегонда, третья жена Хильперика, короля Нейстрии, являла собой полную противоположность Брунгильде: она была простолюдинкой, бывшей служанкой и любовницей Хильперика; чтобы жениться на ней, король якобы приказал задушить свою вторую жену Галсвинту, старшую сестру Брунгильды. Брунгильда и Сигиберт потребовали уплаты вергельда (компенсации) за смерть Галсвинты. Конечно же, причиной войн братьев были не только жены, но их вмешательство сделало борьбу еще более ожесточенной.

Соперничество и амбиции франкских королей обернулись для их подданных нескончаемыми бедствиями: города во владениях соперников беспощадно грабились, церкви сжигались, словно бы вернулись времена римских гонений на христиан. Париж не был исключением: если сам город был неприступен, то округа предавалась огню и мечу так, что потом годами предместья не могли оправиться. В 574 г. войсками Сигиберта было разграблено большинство деревень вокруг Парижа, а их жители даже уведены в плен. На следующий год Сигиберт, без согласия двух братьев, торжественно вступил в Париж в сопровождении жены Брунгильды, дочерей и юного сына — будущего короля Хильдеберта II. Но когда Сигиберт был поставлен на щит и провозглашен королем, к нему незаметно подошли двое подосланных Фредегондой слуг с ножами, смазанными ядом, и убили его.

После этого брат убитого, Хильперик, посчитал Париж своей законной добычей и решил обосноваться в нем. Однако он опасался нарушить взаимный уговор — не вступать в город без согласия других наследников. Чтобы избежать наказания небесных покровителей Парижа за вероломство, он решил прибегнуть к помощи других святых: во время торжественного въезда Хильперика в Париж (в 583 году) перед королевским кортежем несли множество христианских реликвий.

На радость своей жене Фредегонде он сумел захватить в плен Брунгильду вместе с королевской казной, но упустил ее сына. Вдове короля Сигиберта удалось спасти сына, пойдя на отчаянный шаг: она «спрятала его в суму» и через окно на веревке спустила по высокой стене замка вниз, там его подхватили верные слуги королевы и поспешно увезли из Парижа в Мец. Через некоторое время Хильперик отпустил Брунгильду.

Воцарившись в Париже, Хильперик стремился подражать римским императорам: именно при нем старый античный цирк — «арены Лютеции» — был восстановлен, и здесь давались театральные представления и другие зрелища для горожан.

Но парижане имели возможность вполне оценить и жестокость короля Хильперика. В войне с племянником Хильдебертом II (сыном Сигиберта), в том же 583 году, он не пощадил вожделенный Париж: его войска нанесли огромный ущерб городу, круша и сжигая все на своем пути. Когда умерли два малолетних сына Хильперика, король приписал их смерть колдовству, разрешив своей жене схватить в Париже нескольких женщин, заподозренных в этом злодеянии. Фредегонда лично пытала их, под плетью вынудив признаться в том, что они колдуньи и виновны в смерти многих людей. Тогда после новых ужасных пыток по приказу королевы одних закололи, других сожгли, третьих колесовали, переломав кости.

Однако Хильперик и Фредегонда недолго наслаждались своей жестокой властью. Однажды, пребывая на вилле в Шель, в пригороде Парижа, король поздно вернулся с охоты. И тут поджидавший его убийца бросился к нему и нанес удар ножом под мышку и в живот. Тотчас у Хильперика обильно полилась кровь, и он испустил дух. Случилось это в 584 году.

Кто подослал убийцу, так и осталось невыясненным. Фредегонда привычно обвиняла Брунгильду, но, по слухам, это сделала она сама, отомстив мужу за его бесконечные измены; парижане считали, что это вполне в ее духе. Как бы то ни было, овдовевшая Фредегонда сначала укрылась вместе с сыном и припрятанными сокровищами в кафедральной церкви в Сите, а затем обратилась с просьбой о покровительстве к последнему оставшемуся в живых брату мужа — королю Бургундии Гунтрамну. «Пусть придет мой господин и примет королевство брата своего», — передали послы ее слова королю.

Так в Париже воцарился Гунтрамн, хотя он чувствовал себя здесь весьма неуверенно. Он так боялся мести племянника, Хильдеберта II, да и простых горожан, что «для своей безопасности носил панцирь и никогда не ходил... без надежной охраны». В конце концов, он обратился в кафедральном соборе к парижанам с такой горячей мольбой, в передаче Григория Турского:

«О заклинаю вас, мужи и жены, соблаговолите соблюдать мне нерушимую верность и не убивайте меня, как вы это недавно сделали с моими братьями, чтобы я мог воспитать, хотя бы в течение трех лет, моих племянников, которых я усыновил. Иначе может случиться так, — да не допустит сего праведный Бог, — что в случае моей смерти вы тоже погибнете вместе с сими чадами, поскольку из нашего рода не останется ни одного, кто защитил бы вас».

Эта униженная речь была, по сути, публичным признанием вины и боязни справедливого возмездия. Ведь оба брата Гунтрамна нарушили договор о статусе Парижа и вошли в город без согласия остальных наследников. Они понесли наказание, а судьи и отмстители их — «святые и заступники» Парижа

После смерти Гунтрамна в 592 году борьба за власть разгорелась с новой силой. В 613 году племяннику Гунтрамна — Хлотарю II, сыну Хильперика I и Фредегонды, удалось стать во главе Франкского королевства, объединив под своей властью все владения Меровингов. Его воцарение в Париже началось с расправы над Брунгильдой, которая после смерти своего сына намеревалась править самостоятельно от имени двоих внуков. Хлотарь II предъявил этой ненавистнице своей матери обширный список обид, а затем привыкшие к жестоким зрелищам парижане увидели нечто из ряда вон выходящее. Пожилую королеву Брунгильду (ей к тому моменту было около 79 лет!) три дня пытали, затем посадили на верблюда и в насмешку провезли по Парижу. После этого ее привязали к хвосту необъезженного коня за волосы, за одну руку и за одну ногу; лошадь поскакала, волоча ее по земле; люди наблюдали, как тело королевы разбивалось о камни и разрывалось на части; наконец, ее останки бросили на съедение собакам и лисам. Сцена казни Брунгильды — один из самых известных эпизодов ранней истории Парижа, вошедший во все французские учебники по истории.

10–18 октября 614 года Хлотарь II созвал в Париже церковный собор. В базилике святых апостолов Петра и Павла (будущем аббатстве святой Женевьевы) собрались 79 епископов со всей страны, а также представители знати. Принятые на соборе решения оказали огромное влияние на последующую историю франкской монархии. Собор осудил вмешательство светских властей в церковные дела и заложил основы церковного иммунитета: отныне епископов будут не назначать короли, а избирать сами капитулы местных церквей; имущество церкви объявлялось неприкосновенным, и с него нельзя было взимать никаких пошлин. Церковь добилась исключительной юрисдикции над клиром: светские судьи не могли арестовать клирика без согласия епископа. Узаконены были уступки и в пользу знати, усилив ее влияние на власть: представителей короны на данной территории (графов) короли отныне обязуются назначать только из числа региональной элиты. Но были приняты решения и против бунтов: эдикт короля гласил, что его целью является «обеспечение с Христовой помощью на все времена мира и порядка в нашем королевстве, а также пресечение мятежа и наглых вылазок злоумышленников». Тот факт, что эти важные для судеб церкви и короны Франции решения были приняты в Париже, повышало авторитет города.