Политика Иоганна была миролюбивой. Когда в 1490 году скончался король Венгрии Маттиас, курфюрст не стал выдвигать никаких претензий на оставшееся после него наследство. Он также согласился на расторжение брака своей сестры Барбары с богемским королем Владиславом, что позволило последнему вступить в брак с вдовой венгерского короля и забрать себе его наследство. В качестве благодарности Владислав согласился на приобретение Иоганном Цоссена и отказался выкупать заложенные ранее города. Иоганн также избегал конфликта с Померанией, опиравшейся на союз с польским королем. Эта позиция означала явное снижение влияния Бранденбурга в регионе, однако она была продиктована объективными неблагоприятными обстоятельствами.
Иоганн также избегал активного участия в имперских делах. Интересы его династии требовали сохранения хороших отношений с императором. Он не поддерживал партию реформ, возглавляемую курфюрстом Майнца, и лишь в редких случаях лично появлялся на рейхстагах.
Главной заботой Иоганна было умиротворение марки и искоренение разбоя, которым вновь занялось местное дворянство. Еще при жизни отца он при поддержке сословий предпринял первые шаги в этом направлении. Под командованием хафельбергского епископа Ведиго фон Путлица и наместника Альтмарка Вильгельма фон Паппенгейма городское ополчение уничтожило 15 замков рыцарей-разбойников. Разбойники в основном занимались «сопровождением» проходивших по их землям торговых караванов, грабя тех, кто отказывался платить за их «услуги». Также они укрывали в своих замках иноземных разбойников. Иоганн стремился положить конец разбою в союзе с соседними князьями; он заключил соответствующие соглашения с Померанией, Магдебургом, Саксонией, Гессеном, Брауншвейг-Люнебургом и даже Венгрией. Наконец к 1488 году при помощи саксонцев с главными бандами было покончено, хотя традиция рыцарей-разбойников еще не была искоренена окончательно.
Конец XV века был переходной эпохой — временем, когда дворянство, которое исторически являлось в первую очередь военным сословием, столкнулось с упадком рыцарских армий и вынуждено было искать себе другие источники существования. Постепенно дворяне начали в возрастающей степени обращаться к сельскому хозяйству и укреплять свою власть над крестьянами. Правовое и социальное положение последних ухудшалось. В 1484 году под давлением рыцарства в Альтмарке был принят закон, по которому никто не имел права принимать чужих крестьян без согласия господина, от которого они ушли. К востоку от Эльбы этот принцип, кажется, уже действовал к тому моменту в полную силу.
С началом мирного периода доходы от сельского хозяйства увеличились. Цены на хлеб выросли, в том числе в результате растущего спроса за пределами Германии, и дворянство стремилось использовать эту благоприятную ситуацию. В 1488 году на ландтаге под давлением дворян было отменено правило, по которому крестьяне могли продавать зерно только на городских рынках, где цену диктовали горожане. Рыцари сами все больше внимания уделяли хлебной торговле; это было предвестником формирования в XVI веке нового типа помещичьего хозяйства. Курфюрст в данном вопросе поддерживал дворян. Самостоятельную экономическую политику маркграфы только-только начинали проводить, лавируя между интересами различных сословий. Зачастую курфюрст выступал просто как крупный дворянин, владелец большого домена. Кроме того, центральная власть была заинтересована в том, чтобы рыцари оставили разбой и посвятили себя более мирным и продуктивным занятиям. Даже если основная масса крестьян страдала от этого, в эпоху постоянного разбоя их участь вряд ли была лучше.
В то же время нельзя сказать, что Иоганн полностью игнорировал интересы городов. На ландтаге 1488 года города пошли на большую уступку, согласившись на введение налога на пиво — первого косвенного налога в истории Бранденбурга. Пивоварение было одной из главных отраслей городского хозяйства и отлично подходило в качестве объекта налогообложения — один грош с каждой бочки. Две трети налога шли курфюрсту, одна треть — городу. Конечно, введению этого новшества предшествовала длительная борьба. Города Альтмарка не хотели признавать новый налог и оказывали сопротивление княжеским чиновникам. Потребовалось силой привести их к повиновению. Это было последней фазой борьбы Гогенцоллернов с бранденбургскими городами. Налог на пиво стал постоянным, освобождены от него были только прелаты и рыцари, которым, однако, запрещалось торговать пенным напитком.
В общем и целом можно сказать, что политика Иоганна соответствовала интересам сословий. Доля бранденбургских дворян среди его советников выросла, франконские чиновники отошли на второй план. В 1483 году Зессельманна на посту канцлера сменил Зигмунд Церер, приехавший из Франконии, однако эта традиция должна была вскоре прекратиться.
В это же время новые гуманистические идеи, проникшие в Германию из Италии, добрались до Бранденбурга, который в плане духовной и материальной культуры еще сильно отставал от Франконии. Курфюрст Иоганн покровительствовал этому течению, хотя сам был воспитан еще в совершенно другом ключе, как рыцарь и охотник. История о том, как на собрании князей он на протяжении четырех часов произносил речь на латыни и восхищенные слушатели назвали его новым Цицероном, безусловно, является вымыслом. Современники дали Иоганну совершенно другое прозвище — «Сильный» — за весьма крепкое телосложение.
Иоганн стал первым Гогенцоллерном, который умер и был похоронен в Бранденбурге. Можно спорить о том, является ли его правление завершением старой или началом новой главы в истории династии. Он был в чистом виде территориальным князем — таким же, как все его преемники в XVI столетии. С другой стороны, он был так тесно связан с правлением своего отца Альбрехта, что эти две эпохи трудно разделить. За 14 лет пребывания у власти он не ввел никаких принципиальных новшеств. Его концентрация на внутренних проблемах проистекала не из принципа, а из внешних обстоятельств, включая плохое состояние его здоровья. Он скончался в возрасте 43 лет после долгой болезни, по всей видимости, связанной с сердцем. В дальнейшем этот недуг будет преследовать других представителей его дома.