Два брата очень различались как по характеру, так и по своим политическим взглядам. Однако их отношения в общем и целом оставались хорошими и они проводили единую политику, что существенно способствовало их успеху. Фридрих II был прост внешне, но отличался богатым внутренним миром. Он сам говорил о себе, что не рожден полководцем; однако новый курфюрст оказался талантливым государственным деятелем. Его кругозор ограничивался княжеством, в управлении которым он демонстрировал упорство и настойчивость, за что позднее историки назвали его Железным. Примечательно, что на деле он был человеком достаточно мягким. Как уже говорилось выше, в восьмилетнем возрасте его отправили к польскому двору, где его воспитывали как будущего супруга принцессы Ядвиги и возможного наследника престола. Когда у престарелого короля Владислава родились три сына и шансы бранденбургского принца заполучить польский трон упали до нуля, для Фридриха начались не лучшие дни. Он оставался при польском дворе, пока ему не исполнилось 18 лет; в этот момент его невеста внезапно умерла. Фридрих сохранил привязанность к ней на всю жизнь; он сделался меланхоликом, и, кроме того, был человеком глубоко верующим. Впоследствии он основал много церквей и монастырей, а в 1453 году совершил паломничество к Гробу Господню. Да, в какой-то степени это путешествие было данью моде того времени, но для Фридриха оно имело более глубокое значение, чем для многих других.
На первый план у курфюрста, однако, выступало чувство долга по отношению к своим подданным. Фридрих чувствовал себя защитником своих владений и стражем границ Империи. По всей видимости, не самые счастливые годы, проведенные при польском дворе, сформировали у него сильное чувство принадлежности к немецкой нации, в целом нехарактерное для того времени. Когда после смерти Владислава в 1444 году ему все же предложили польскую корону, он отверг это предложение; точно такая же история была в 1468 году и с богемской короной, принять которую его убеждали император и папа. Фридрих сознательно ограничил свой радиус действия Бранденбургом и посвятил все силы развитию своего княжества. Ради этой задачи он не страшился взяться за оружие, хотя по природе своей был человеком мирным.
В начале правления перед ним стояли две масштабные задачи: восстановление внутреннего порядка и возвращение земель, которые в прошлом входили в состав марки Бранденбург. Две эти цели он упорно преследовал в течение всего времени своего правления. И хотя ему удалось не все задуманное, успех в конечном счете все же оказался весьма значительным.
Первым делом он начал борьбу против дворянского самоуправства. Продемонстрировав твердость в управлении, он постепенно приучил местную знать подчиняться его власти и уважать законы. В 1465 году Фридрих мог с чистой совестью заявить мекленбургскому герцогу, что дороги марки совершенно безопасны. В 1440 году он основал Лебединый орден — важный политический шаг, аналогичный созданию ордена Золотого руна в Бургундии или ордена Подвязки в Англии. В процессе распада старой феодальной структуры и формирования новой монархической системы правители повсеместно пытались создавать корпорации дворянства, напоминавшие духовные рыцарские ордена, и тем самым интегрировать в свое государство старую элиту. Ордена такого типа становились ядром новой, преданной монарху придворной знати. Хотя значение Лебединого ордена на практике оказалось невысоким, сам факт весьма характерен для правления Фридриха II.
Более эффективными и впечатляющими стали действия нового курфюрста, направленные против самостоятельности городов. Уже при принесении ему присяги в 1440 году Фридрих отказался подтвердить все городские привилегии. Спустя два года вспыхнул открытый конфликт между патрициями города Берлин-Кёлльн и городскими гильдиями, отстраненными от управления и потому недовольными существующим порядком вещей. Стороны призвали курфюрста в качестве арбитра, и Фридрих с радостью ухватился за возможность утвердить свои права. Во главе 600 всадников он появился у ворот города, которые горожане распахнули перед ним. Курфюрст вступил в Берлин в качестве правителя и верховного судьи и потребовал у городского совета отменить все не утвержденные князем новшества. В результате городской совет в полном составе сложил с себя полномочия и передал Фридриху ключи от обоих городов. Курфюрст немедленно предпринял реформу городского управления, отменил слияние двух городов и назначил в обоих новое правительство. За собой он сохранил право утверждать членов городских советов. Он также объявил ничтожными те союзы, которые Берлин и Кёлльн заключили с другими городами марки. Фридрих вернул себе полномочия верховного судьи и распорядился построить княжеский замок ровно посередине между двумя городами, чтобы сделать его опорой своей власти.
Этот успех, однако, был впоследствии снова поставлен под вопрос. Наблюдая за быстрым строительством замка, жители Берлина и Кёлльна стали опасаться за свои городские свободы. В январе 1448 года вспыхнуло восстание, направленное против установленного в 1442 году порядка. Его предводителем стал представитель городского патрициата бургомистр Бернд Рике. Спор между князем и городами был вынесен на рассмотрение собравшихся в Шпандау сословий, которые постановили, что города обязаны придерживаться заключенных в 1442 году соглашений. Берлин и Кёлльн подчинились этому решению в июне 1448 года. Три года спустя строительство замка было завершено.
Фридрих запретил союзы городов, в первую очередь связи с Ганзой, которая поддерживала их независимость. Маркграф одержал в итоге полную победу; после того как Берлин и Кёлльн были вынуждены признать его власть, другие города также прекратили сопротивление. Самый опасный противник князя сложил оружие.
Не менее значимыми были успехи курфюрста в сфере церковного управления. Фридрих был сторонником системы, в рамках которой безоговорочно признавалась власть папы над Церковью, однако у светских властей оставались обширные полномочия в церковной сфере. Курфюрст заключил ряд соглашений с римской курией, в особенности с Папой Николаем V, важнейшее из которых нашло свое отражение в папской булле от 10 сентября 1447 года. Согласно этому документу, курфюрст получил право назначать на своей территории епископов, в то время как Папа лишь формально утверждал их кандидатуры. Кроме того, была существенно ограничена сфера судебной власти церковных инстанций — Папа признал за курфюрстом монополию на судопроизводство во всех гражданских и уголовных делах. Это было необходимо, поскольку в XIV–XV веках церковные суды, пользуясь ослаблением светской власти, значительно расширили сферу своей деятельности; теперь Фридрих повернул этот процесс вспять. Курфюрст также ограничил влияние могущественных духовных орденов в своих землях. В конечно счете Фридриху удалось сосредоточить в своих руках многие полномочия, до этого формально или действительно принадлежавшие Папе, и взять под свой контроль существенную часть церковных доходов. Кроме того, он смог достичь административно-церковного единства своих владений. В результате еще до Реформации были заложены основы самостоятельной бранденбургской церковной организации.
Фридрих стремился не только укрепить свою власть, но и создать устойчивые структуры, которые обеспечивали бы порядок в его владениях. Так, при нем был создан Камеральный суд. Основным органом управления, в первую очередь финансового, являлась канцелярия курфюрста. Несмотря на то, что административная система была еще достаточно слабо развитой, прогресс в этой области был ощутим. И то, что к концу своего правления курфюрст был обременен весьма существенными долгами, объясняется в первую очередь его внешней политикой. Последняя была продуманной и ограничивалась только самым необходимым, но неизбежно влекла за собой значительные расходы.
Основная идея Фридриха в области внешней политики заключалась в том, чтобы по возможности восстановить старые границы марки Бранденбург. На Нюрнбергском рейхстаге 1444 года он получил мандат императора, в котором ему предоставлялось право вернуть все потраченные земли. Фридрих II начал с Мекленбурга; в 1442 году после двух лет войны был заключен договор, согласно которому в случае пресечения мекленбургского дома территория герцогств отходила Гогенцоллернам (это соглашение действовало до начала ХX века). В 1449 году был заключен договор с архиепископом Магдебургским, по которому последний навсегда отказывался от любых претензий на территорию курфюршества. Одновременно была уточнена граница: Ерихов и другие спорные города были оставлены архиепископу, в обмен курфюрст получал графство Вернигероде.
В 1448 году Фридрих II смог приобрести Нижний Лаузиц, однако удержать это владение не удалось из-за претензий на него богемского короля. В июне 1462 года по Губенскому договору курфюрст уступил Нижний Лаузиц Богемии, однако сохранил за собой купленные им в 1445 году владения Коттбус и Пейтц, а также еще ряд небольших территорий. Приход к власти в Богемии гуситского короля Йиржи из Подебрад означал существенное ухудшение ситуации для Бранденбурга. Гогенцоллерны не могли противостоять мощи этого королевства и вынуждены были в конце концов вступить с Йиржи в союз, несмотря на то что это приводило к трениям с императором и папой.
Самым значимым успехом политики Фридриха II стало возвращение Ноймарка, который ранее стал частью владений Тевтонского ордена. В сложной ситуации — Орден вел войну против Польши — великий магистр Людвиг фон Эрлихсхаузен в 1455 году вынужден был продать Ноймарк бранденбургскому курфюрсту за 40 тысяч гульденов. Если бы этого не произошло, десятью годами позже Ноймарк вместе с Западной Пруссией стал бы, несомненно, частью польских владений. Фридрих II гордился достигнутым результатом.
Самым сложным и масштабным замыслом курфюрста стало, однако, приобретение Померании и выхода к Балтийскому морю. В случае успеха этого плана Бранденбург мог стать ведущей силой в северной Германии. В ходе непрерывных пограничных конфликтов курфюрст сначала попытался отнять у померанцев города и замки Укермарка. Частично он добился успеха, но ключевые крепости остались в руках померанского герцога. В 1464 году скончался штеттинский герцог Отто III, последний представитель своего рода. Фридрих II заявил свои претензии на наследство — он не без основания рассчитывал на поддержку местной элиты. Однако его притязания оспаривала другая герцогская линия. Арбитром в этом споре в итоге выступил император, который потребовал от Фридриха II за ленное пожалование необычайно высокую плату в размере 37 тысяч гульденов. Курфюрст не был готов платить такие большие деньги за документ, реальная ценность которого была довольно скромной. Он попытался решить вопрос путем переговоров со своими конкурентами. Переговоры, однако, не увенчались успехом, а император, раздраженный союзом курфюрста с богемским королем, в конечном счете поддержал Померанию. В этой ситуации Фридрих II решил взяться за оружие, несмотря на то что не смог получить от своего брата Альбрехта необходимую финансовую помощь.
В 1468 году войско курфюрста двинулось на Штеттин, но не смогло его взять. В следующем году Фридрих II столь же безуспешно осаждал крепость Укермюнде, господствовавшую над низовьями Одера. В результате он вынужден был согласиться на перемирие при посредничестве польского короля. Часть герцогства Штеттин, в том числе города Гарц и Шведт, осталась в его руках.
К тому моменту Фридрих II был уже болен и не чувствовал в себе сил завершить начатое; кроме того, его сильно подкосила смерть в 1467 году единственного сына. В 1470 году он заключил со своим братом Альбрехтом договор, по которому уступал последнему марку в обмен на ежегодное содержание в размере 6000 гульденов и замок Плассенбург. Именно туда он и удалился, чтобы провести в мире и покое остаток своих дней. 10 февраля 1471 года Фридрих II скончался.