В первой половине XVII века общая международная ситуация была неблагоприятной для Бранденбурга. Католики перешли в наступление по всей Европе. Хотя испанскому королю Филиппу II не удалось реализовать свои масштабные планы, но Испания осталась мощной опорой Контрреформации, как и габсбургская Австрия. Хотя Рудольф II вынужден был проводить в своих владениях политику веротерпимости, для протестантов это означало не более чем короткую передышку. В 1617 году началась новая эпоха; испанские и австрийские Габсбурги заключили договор с целью восстановить свое господство в Европе. Испанцы намеревались создать от Италии до Нидерландов вдоль Рейна цепочку опорных пунктов, которая изолировала бы Францию от возможной помощи извне. Юлих приобретал в этом контексте важное стратегическое значение.
На австрийский престол в это время вступил Фердинанд Штирийский, ключевыми целями которого являлись восстановление католицизма и императорской власти в Империи. В ходе начавшейся вскоре Тридцатилетней войны Габсбургам удалось поначалу добиться больших успехов. Даже после вмешательства шведов и французов власть императора оставалась столь сильной, что Бранденбург не мог освободиться от ее влияния. Лишь в последние годы Тридцатилетней войны мощь Габсбургов была Бранденбург смог присоединить к себе новые земли, добившись столь необходимого ему расширения, и только Вестфальский мир 1648 года заложил основу для самостоятельной успешной политики Гогенцоллернов, создал ту ситуацию, которой так блестяще смог впоследствии воспользоваться Великий курфюрст.
В то время как католики укрепляли свое единство, протестанты оставались разобщенными. Основную роль в этом по-прежнему играли противоречия между лютеранами и кальвинистами, носившие не только религиозный, но и политический характер. Кальвинизм с его революционным оттенком казался многим немецким князьям слишком опасным. Лютеранские правители привыкли вести себя тихо и оказывать в лучшем случае пассивное сопротивление посягательствам на их права. Это было малодушием и политической близорукостью, и в конечно счете у лютеран осталось лишь две альтернативы. Они могли примкнуть к императору, отвернуться от кальвинистов и тем самым попытаться обеспечить себе спокойную жизнь и, возможно, небольшие привилегии; либо они могли присоединиться к кальвинистам и проводить смелую наступательную политику, не заботясь о единстве Империи. На один путь вступила Саксония, на другой — Бранденбург.
Гогенцоллерны не случайно пошли навстречу кальвинистам в тот момент, когда перед ними открылась перспектива приобретения Юлиха. Было очевидно, что их интересы здесь сталкивались с интересами Испании и императора и что с двумя этими противниками они могли справиться только при поддержке других европейских держав. Первым шагом, сделанным на этом пути при Иоахиме Фридрихе, было восстановление союза с кальвинистским Пфальцем, поддерживавшим отношения с Нидерландами и французскими гугенотами. Именно Пфальц стал в это время ведущим протестантским княжеством в Империи. С переходом курфюрстов в кальвинизм изменилась и политика Бранденбурга: теперь она была направлена на то, чтобы стать независимой протестантской державой. И хотя на первых порах достичь этой цели не удалось, эта задача осталась в наследство следующим поколениям. Даже временное отступление от избранного курса при Георге Вильгельме не могло изменить его.
Однако вернемся в 1598 год, когда Бранденбург возглавил 52-летний Иоахим Фридрих. До этого он на протяжении трех десятилетий управлял архиепископством Магдебургским, в котором за это время окончательно утвердился протестантизм. Он поддерживал тесные контакты со своим родственником Георгом Фридрихом Ансбахским и выступал за сотрудничество между лютеранами и кальвинистами. Вступив на престол, он вынужден был в первую очередь позаботиться о преемственности власти в Магдебурге; с определенным трудом ему удалось добиться избрания правителем своего самого младшего (седьмого) сына Христиана Вильгельма, которому на тот момент исполнилось всего-навсего 11 лет.
Лучшие годы Иоахима Фридриха, однако, были уже позади. Он рано состарился и, став курфюрстом, уже не демонстрировал прежней энергии и предприимчивости. Однако он был готов справляться с трудностями; его первым актом стала отмена отцовского завещания и отправка в отставку канцлера Христиана Дистельмайера. Иоахим Фридрих привез с собой своих магдебургских советников, канцлером стал Иоганн фон Лёбен. В целом радикальных изменений в княжестве не произошло. Лёбен продолжал прежнюю линию, стремясь поддерживать хорошие отношения с императорским двором — хотя бы для того, чтобы там не чинили препятствий отмене завещания предыдущего курфюрста.
Именно это завещание стало главной проблемой для нового правителя. Вместе с бездетным Георгом Фридрихом он составил план, в соответствии с которым младшим братьям курфюрста должны были достаться франконские герцогства, в то время как марка оставалась неделимой. 29 апреля 1599 года оба Гогенцоллерна подписали в Магдебурге договор. В соответствии с ним Бранденбург со всеми будущими приращениями (среди последних особо упоминалось герцогство Пруссия) становился нераздельным целым, которое должно было передаваться по мужской линии. Франконские княжества Ансбах и Кульмбах должны были отойти старшим сыновьям от третьего брака Иоганна Георга — маркграфам Христиану и Иоахиму Эрнсту. Второй сын Иоахима Фридриха Иоганн Георг, чьи шансы на епископство Страсбургское стали призрачными, должен был впоследствии получить герцогство Егерндорф. Остальным детям курфюрста полагались денежные выплаты. Эти соглашения, однако, не сразу вступили в силу. Сыновья Иоганна Георга от третьего брака, поддерживаемые матерью, не дали своего согласия, настаивая на исполнении завещания в полном объеме.
К этим династическим проблемам добавились трудные переговоры с сословиями. Иоганн Георг оставил после себя долг в размере 569 тысяч талеров. К этому добавлялись долги самого Иоахима Фридриха, составлявшие еще 400 тысяч. Требовалась помощь сословий, и курфюрст решил вести переговоры с их делегацией, не созывая полноценный ландтаг. Представители сословий, однако, беспокоились за свои полномочия, и в 1602 году Иоахим Фридрих вынужден был все же иметь дело с ландтагом. Результаты переговоров оказались неудовлетворительными: сословия согласились покрыть только 600 тысяч талеров долга и отказались утвердить постоянный налог. Кроме того, курфюрсту пришлось подтвердить привилегии дворян в отношении крестьянства; однако Иоахим Фридрих отказался принять сословную конституцию, которая создала бы законную основу для постоянного участия дворян в управлении маркой. Во внешних делах сословия выступали против любого конфликта с императором, равно как и против активной политики в страсбургском и юлихском вопросах.
В этой ситуации у курфюрста не было возможности предпринять какие-либо смелые шаги на международной арене. Кроме того, у него отсутствовал необходимый военный инструмент: проверка показала, что в распоряжении Иоахима Фридриха есть лишь около тысячи человек конницы и четырех тысяч пехотинцев, причем их боеспособность оставляла желать лучшего. Альтернатив миролюбивой политике Лёбена в этой ситуации просто не существовало. Когда Георг Фридрих убеждал курфюрста примкнуть к планируемому протестантскому союзу, тот отказался со ссылкой на свое трудное положение. Одновременно он пошел на уступки в страсбургском вопросе, где коадъютором был избран австрийский эрцгерцог.
В феврале 1603 года Иоахим Фридрих на съезде протестантских князей в Гейдельберге заявил, что не может ни утвердить свое влияние в Страсбурге, ни примкнуть к протестантскому союзу. Он вернулся к принципам Иоганна Георга, полагая, что шаткую конструкцию Империи лучше сохранить, чем пытаться ее разрушить. Двумя месяцами позже, в апреле 1603 года, скончался 61-летний маркграф Георг Фридрих Ансбахский, который был душой энергичной династической политики Гогенцоллернов на протяжении всего предшествующего десятилетия. Казалось, что этой политике пришел конец. Парадоксально, но именно смерть Георга Фридриха придала ей новый импульс. Она покончила с семейной распрей — братья Иоахима Фридриха, которым доставались франконские княжества, решили в конце концов согласиться с предложениями курфюрста. В 1603 году они присоединились к ранее заключенному наследственному договору, и неделимость Бранденбурга обрела силу закона. Маркграфы Христиан и Иоахим Эрнст стали основоположниками младших линий Гогенцоллернов — Ансбахской и Байрейтской.
Смерть Георга Фридриха поставила на повестку дня также вопрос о назначении нового регента в Пруссии. Курфюрст должен был поспешить, чтобы заполнить эту вакансию. Одновременно Иоахим Фридрих расширил круг своих советников, включив в него приближенных своего покойного родственника. Это уже само по себе свидетельствовало о росте внешнеполитической активности Бранденбурга. 23 декабря 1604 года был основан Тайный совет, коллегия из девяти советников под председательством обер-камергера графа Шлика. Этот орган отвечал в первую очередь за внешнюю политику, но занимался и внутренними делами. Все ключевые решения принимал, разумеется, сам курфюрст. Старый совет в результате превратился в чисто судебный орган, камеральный суд под председательством вице-канцлера. Отдельный орган ведал управлением княжескими доменами. В результате в Бранденбурге произошла реорганизация административной системы, которая уже была проведена в большинстве немецких княжеств.
Основание Тайного совета стало важной вехой не потому, что сословия теперь были отстранены от внешнеполитических дел; такое положение вещей существовало на протяжении всего XVI века. Появление нового органа стало отражением резко возросшей сложности государственного управления, связанной в том числе и с перспективами территориального расширения курфюршества.
Важную роль в бранденбургской политике того времени играл принц Иоганн Сигизмунд, которому отец предоставлял все больше полномочий в сфере управления государством. Вместе с рядом советников он добился того, что в 1605 году курфюршество все-таки примкнуло к союзу протестантских княжеств. В феврале 1605 года был подписан договор с Пфальцем; одновременно было объявлено о помолвке 10-летнего сына Иоганна Сигизмунда с 8-летней пфальцской принцессой. Однако все значение этого альянса раскрылось два месяца спустя, когда оба курфюрста заключили союз с Нидерландами. В соответствии с его условиями в обмен на выплату 100 тысяч гульденов в год голландцы обязались держать наготове пять тысяч солдат, которые при благоприятных обстоятельствах должны были вступить в Юлих от имени Бранденбурга. Это соглашение произвело большое впечатление в Империи.
В это же время удалось укрепить династическую связь с Пруссией. Иоахим Фридрих, незадолго до этого овдовевший, женился в 1603 году на младшей прусской принцессе Элеоноре, став благодаря этому шурином своего собственного сына. После этого он вступил в переговоры с Польшей и с прусскими сословиями по поводу передачи ему регентства. Польский король Сигизмунд III, который вел войну с Россией и Швецией, не имел ничего против, поскольку видел в расширении бранденбургского влияния барьер против возможного шведского вторжения. Иоахиму Фридриху пришлось, однако, принять достаточно жесткие условия: он обязался выплатить королю 300 тысяч гульденов единовременно и, кроме того, платить еще 60 тысяч каждый раз, когда в Польше будет объявлен сбор чрезвычайного налога. Кроме того, он должен был при необходимости противопоставить шведскому флоту у берегов Пруссии четыре военных корабля. В апреле 1605 года бранденбургский курфюрст наконец стал прусским регентом. Заплатить 300 тысяч гульденов согласились бранденбургские сословия, ранее достаточно неодобрительно относившиеся к «прусскому проекту». Впервые герцогство Пруссия оказалось под управлением бранденбургского курфюрста. Хотя Иоахима Фридриха весьма недружелюбно приняли в Кенигсберге и он вынужден был оставить у руля местных советников — по сути, вождей дворянской республики — главное было сделано. Однажды ступив на прусскую землю, бранденбургские Гогенцоллерны уже не ушли с нее.
Однако этот всплеск активности продолжался недолго. Уже в 1606 году канцлер Лёбен перешел в наступление на тайного советника Биландта и стоявшего за его спиной кронпринца, который настаивал на оккупации Юлиха в союзе с Францией и Нидерландами. Когда в октябре 1606 года в Берлин приехал представитель протестантской партии Христиан Ангальтский, чтобы агитировать курфюрста вступить в евангелический союз, связанный с Францией, он получил весьма уклончивый ответ. Договор с Нидерландами потерял свое значение, потому что согласованные денежные выплаты так и не были произведены. Иоахим Фридрих был вынужден вернуться к не имевшей шансов на успех линии — попытаться решить вопрос Юлиха путем переговоров с другими заинтересованными сторонами.
Пока в Бранденбурге правило бал малодушие, католики на рейхстаге в Регенсбурге в 1608 году попытались нанести Реформации решающий удар, потребовав вернуть все духовные владения, которые удерживались протестантами вопреки условиям Аугсбургского мира. Это привело к срыву рейхстага. Глава бранденбургской делегации Прукманн докладывал в Берлин, что необходимо образование нового Шмалькальденского союза, и Иоахим Фридрих вынужден был, хоть и с неохотой, дать свое согласие. В мае 1608 года курфюршество Пфальц, Пфальц-Нойбург, Вюрттемберг, Баден, Ансбах и Кульмбах заключили между собой союз, к которому пригласили присоединиться и остальные протестантские княжества — так называемую Евангелическую унию. Иоахим Фридрих поначалу не примкнул к ней, постаравшись сперва добиться единодушия с саксонцами, которые остались в стороне от этого процесса и постарались сыграть роль посредников. Напрасно наследник бранденбургского престола пытался оттеснить канцлера Лёбена от руля управления княжеством — курфюрст отказался дать ему отставку. Однако еще до того, как окончательное решение было принято, Иоахим Фридрих умер. 28 июля 1608 года он скоропостижно скончался в своей карете на дороге между Кёпеником и Берлином. Курфюрсту было 62 года.
За десять лет правления Иоахим Фридрих разочаровал всех немецких протестантов, которые возлагали на него свои надежды. Однако именно при нем были сделаны важнейшие, эпохальные шаги: реформа правительства, фактическое приобретение Пруссии, династический альянс с Пфальцем, контакт с Нидерландами. Его зятем стал датский король Христиан IV. Иоахим Фридрих также способствовал процветанию своего княжества, начав прокладывать канал между Одером и Хафелем и основав в 1607 году школу в Укермарке. Его преемником стал его сын Иоганн Сигизмунд.