Курфюрст Иоахим Фридрих не был бойцом по своему характеру. Однако и его преемник не проявил той активности, которую можно было ожидать после его действий в роли наследника престола. Несмотря на то, что в момент вступления на трон Иоганну Сигизмунду было всего 37 лет, его здоровье уже оставляло желать лучшего. Человек мягкий, возбудимый, но не очень энергичный, он был не самым хорошим политиком и боялся ответственных решений. Глубоко набожный, он в то же время любил удовольствия и охотно пировал. С возрастом он становился все толще, и одновременно росло его нежелание заниматься государственными делами. Брак с прусской принцессой Анной, потенциальной наследницей Юлиха, был поначалу основан на искренней любви. Однако вскоре в отношениях супругов началось отчуждение, впрочем, не повлиявшее на супружескую верность. Принцесса была по природе женщиной твердой и самовластной; она претендовала на то, чтобы самостоятельно распоряжаться своим наследством. У супругов было семеро детей, старшим из которых стал наследник престола Георг Вильгельм. Помимо всего прочего, Анна была убежденной лютеранкой, в то время как ее муж склонялся к кальвинизму. При дворе она организовала собственную партию, нередко выступавшую против планов ее супруга. Не были редкостью и семейные сцены с битьем посуды. Ввиду слабости и добродушия супруга Анна со временем все больше сосредотачивала власть в своих руках.
Вступив на престол, Иоганн Сигизмунд назначил наместника, который председательствовал в Тайном совете. Это решение объяснялось тем, что на момент смерти отца новый курфюрст как раз находился на пути в Пруссию и не хотел прерывать поездку. Наместником стал один из его приближенных, Адам фон Путлиц, который и в дальнейшем являлся правой рукой Иоганна Сигизмунда. Путлиц был кальвинистом, ранее состоявшим на службе пфальцского курфюрста; он был противником Лёбена и всеми силами способствовал отставке последнего. Сначала Путлицу удалось отстранить от управления обер-камергера графа Шлика, удалившегося в свои богемские поместья; после возвращения курфюрста из Пруссии в отставку ушел и Лёбен. Канцлером был назначен Прукманн, который также давно являлся приверженцем кальвинизма. Биландт, когда-то бывший самым близким советником Иоганна Казимира и его политическим наставником, скончался незадолго до его восшествия на престол.
В марте 1609 года безумный герцог Иоганн Вильгельм Юлихский скончался; вопрос о наследстве встал на повестку дня со всей остротой. Правители Бранденбурга и Нойбурга попытались вступить в наследство, однако император воспретил им дальнейшие действия. В качестве императорского уполномоченного в Юлих отправился глава имперского надворного совета граф Иоганн Георг фон Гогенцоллерн-Зигмаринген (из Хехингенской линии). Сюда же явился молодой пфальцграф Вольфганг Вильгельм, также претендовавший на наследство. Иоганн Сигизмунд отправил в качестве представителя своего брата маркграфа Эрнста. Юлихские сословия не приняли участия в споре, настаивая только на сохранении единства герцогства.
Нидерланды как раз в это время заключили перемирие с Испанией, так что на их поддержку рассчитывать не приходилось. По совету Морица Гессенского, стремившегося сохранить единство в протестантском лагере, маркграф Эрнст превысил свои полномочия и в мае 1609 года заключил в Дортмунде соглашение с нойбургским правителем, в соответствии с которым оба претендента до вынесения окончательного решения договорились править Юлихом совместно. Сословия были с этим согласны и принесли присягу обоим претендентам сразу, настояв только на сохранении свободы вероисповедания. Однако крепость Юлих была передана императорским уполномоченным, и там от имени императора утвердился эрцгерцог Леопольд, епископ Пассау и коадъютор Страсбурга. Возникла угроза того, что Габсбурги сумеют закрепиться на Нижнем Рейне, и их противники повсеместно всколыхнулись.
В феврале 1610 года Бранденбург примкнул вместе с Гессеном к Евангелической унии. Одновременно немецкие протестанты заключили союз с Францией, к которому присоединились также Англия и Нидерланды. Было образовано 30-тысячное войско, готовое выбить императорских солдат из Юлиха. Казалось, скоро начнется общеевропейский конфликт или, по крайней мере, новая большая война между Францией и Испанией. Однако стороны еще не были готовы к бою. Голландцы не хотели нарушать только что заключенное перемирие с Испанией, Католическая лига в Империи не собиралась воевать из-за Юлиха, папа взял на себя посредничество между Францией и Испанией, а состояние габсбургской армии оставляло желать много лучшего. Решающим событием, однако, стало убийство 14 мая французского короля Генриха IV.
Большой войны удалось избежать. Союзники без серьезных усилий взяли крепость Юлих, и Бранденбург вместе с Нойбургом вступили в управление герцогством. Соперники не хотели передавать решение своего спора императорской инстанции, состоявшей из католиков, и настаивали на создании княжеской коллегии, которая приняла бы решение от имени императора, но по факту самостоятельно.
В ходе этих событий Бранденбург вступил в прямой конфликт с императором. При дворе последнего уже говорили о том, чтобы объявить курфюрста вне закона, и это вызывало серьезную тревогу у родственников Иоганна Сигизмунда. Саксония, напротив, не стала предпринимать никаких активных действий и изъявила согласие передать вопрос на рассмотрение имперского надворного совета. Саксонский курфюрст Христиан II твердо держал сторону императора, который в качестве награды решил в июне 1610 года спор в его пользу. Саксонцы были готовы принять участие в боевых действиях против Бранденбурга и грозили вторжением в том случае, если Иоганн Сигизмунд попробует силой отстоять свои права на Юлих. Родственники и представители сословий требовали от бранденбургского курфюрста отступить и избежать конфликта. Однако саксонцы не были готовы подкрепить свои громкие слова действиями, и 31 марта 1611 года в Ютербоге при посредничестве Морица Гессенского оба курфюрста пришли к соглашению, в соответствии с которым Иоганн Сигизмунд допускал Саксонию к совместному управлению Юлихом; саксонцы в свою очередь согласились с тем, что окончательное решение примет коллегия князей.
Против расширения числа соправителей выступил, однако, пфальцграф Нойбургский, и Ютербогское соглашение так и не вступило в силу. Кроме того, пфальцграф начал искать себе новых союзников, обратив свой взор на герцога Максимилиана Баварского, но в то же время не прерывая переговоры о браке с дочерью Иоганна Сигизмунда. В феврале 1612 года курфюрст и пфальцграф серьезно поссорились на пиру в Кенигсберге; дело едва не дошло до рукоприкладства. Ссору уладили, переговоры о помолвке продолжились, однако пфальцграф по-прежнему вел двойную игру. Он зачастил в Мюнхен и в июле 1613 года тайно перешел в католицизм, после чего женился на баварской принцессе. Разрыв между соправителями стал неизбежным.
С осени 1612 года бранденбургской политикой руководил брат курфюрста маркграф Иоганн Георг Егерндорфский. Он решительно порвал с Саксонией и однозначно встал на сторону Евангелической унии. На рейхстаге 1613 года Бранденбург поддержал Пфальц; в мае того же года Евангелическая уния заключила с Нидерландами оборонительный союз на 12 лет. Бранденбург вел, кроме того, отдельные переговоры с голландцами о защите интересов Гогенцоллернов в Юлихе. Нидерланды стремились сохранить перемирие с Испанией и не стали вступать в открытый союз. Однако в ходе тайных переговоров с Морицем Оранским последний обещал помочь с изгнанием нойбургского пфальцграфа и помешать испанскому вмешательству.
В этой напряженной ситуации Иоганн Сигизмунд наконец принял решение перейти в кальвинизм. Торжественная церемония принятия новой веры состоялась на Рождество 1613 года в Берлинском соборе. Несомненно, главную роль здесь играли не политические соображения, а искреннее убеждение. Принятие кальвинизма было результатом длительного внутреннего развития, и слова самого курфюрста о том, что он просто хочет жить в мире со своей совестью, следует принимать всерьез. Политическое значение этот шаг имел лишь постольку, поскольку Иоганн Сигизмунд фактически открыто объявил себя сторонником определенной политической системы; никаких особых выгод он из этого не извлек, более того, его положение в преимущественно лютеранских Бранденбурге и Пруссии стало сложнее. Именно необходимость учитывать точку зрения лютеранских подданных долго удерживала курфюрста от смены веры.
Прошло совсем немного времени, и испанцы с голландцами, несмотря на перемирие, вступили в бой друг с другом на территории Юлиха; эта схватка тесно переплеталась с конфликтом между Бранденбургом и Нойбургом. Увы, военные ресурсы Бранденбурга не позволяли ему сыграть значимую роль в схватке крупных держав и отстаивать свои интересы. Евангелическая уния, Франция и Англия выступили в роли посредников, и в 1614 году был заключен мир в Ксантене, по которому вместо совместного управления был организован временный раздел территорий: Бранденбургу достались протестантские Клеве, Марк, Равенсберг и Равенштейн, Нойбургу — преимущественно католические области Юлих и Берг со столицей Дюссельдорфом. Это, однако, было лишь временным и неустойчивым решением. Испанцы и голландцы сохранили на спорных территориях свои гарнизоны. Бранденбургский наследный принц Георг Вильгельм был направлен в качестве наместника в Клеве. Его советниками были Путлиц и граф Адам фон Шварценберг.
В таком половинчатом решении была повинна не столько личная слабость Иоганна Сигизмунда, сколько недостаточность имевшихся в его распоряжении средств. Бранденбургские сословия по понятным причинам не горели желанием приносить большие жертвы ради приобретения далеких прирейнских земель. Ежегодные доходы курфюрста составляли всего около 280 тысяч талеров, и для большой политики этого было мало. Даже тот небольшой бранденбургский отряд, который с 1611 года находился на Нижнем Рейне, с трудом удавалось финансировать. К тому же переход курфюрста в кальвинизм не способствовал его сближению с преимущественно лютеранскими сословиями. К 1618 году общая сумма долгов Иоганна Сигизмунда выросла до двух с небольшим миллионов талеров.
Тем не менее бранденбургская политика сделала еще одну попытку использовать Нидерланды и Евангелическую унию для защиты своих интересов. У руля курфюршества в это время стояли маркграф Иоганн Георг, тайный советник Абрахам Дона и канцлер Прукманн. Однако Нидерланды по-прежнему были склонны соблюдать перемирие и отвергли в 1615 году все предложения Доны. Евангелическая уния на Хайльброннском съезде 1617 года также отказала Бранденбургу в принятии Клеве и Марка в состав союза. В этой ситуации в Берлине утратили интерес к альянсу и не стали возобновлять истекавший в 1618 году союзный договор.
Маркграф Иоганн Георг покинул пост наместника в 1615 году из-за растущих разногласий с курфюрстом. С самим Иоганном Сигизмундом в следующем году случился удар, который полностью сломил как его физические, так и моральные силы; о каком-либо самостоятельном его правлении после этого уже не могло быть и речи. Вместо него стала править супруга; советники с неохотой, но вынуждены были подчиняться ее воле.
В то самое время, когда связь Бранденбурга с Евангелической унией распалась, с совершенно другой стороны была предпринята попытка привлечь Берлин к конфессиональному союзу. Шведский король Густав Адольф, заключив в 1617 году Столбовский мир с Россией, продолжал войну против Польши и хотел создать протестантскую коалицию. Ее основой должен был стать союз, заключенный в 1612 году с Нидерландами. Густав Адольф хотел видеть Бранденбург в составе этой коалиции, и с этим был связан план шведского короля жениться на второй дочери курфюрста Марии Элеоноре. Автором этого плана был уже упоминавшийся выше ландграф Мориц Гессенский, пламенный сторонник всеевропейского протестантского союза. Голландцы, в сферу торговых интересов которых входили прусские гавани, взяли на себя посредничество и начали в 1617 году переговоры с Берлином. Больной, все еще с трудом говоривший курфюрст был в целом согласен, однако его супруга Анна, которая испытывала больше симпатий к полякам, чем к шведам, выступила категорически против и стремилась всеми силами помешать браку. Советники, опасавшиеся польской мести, также испытывали серьезные сомнения.
Однако еще до того, как окончательное решение было принято, 28 августа 1618 года скончался прусский герцог Альбрехт Фридрих. Настал долгожданный момент, когда бранденбургский курфюрст мог объявить себя хозяином старых орденских земель.
Как уже говорилось выше, Иоганн Сигизмунд направился в Пруссию сразу же после смерти своего отца, но только после долгих переговоров он стал регентом, причем поляки поставили ему столь же жесткие условия, как и его отцу. Прусские сословия также не преминули воспользоваться ситуацией для усиления своего влияния. Прусское дворянство с большой неохотой смотрело на перспективу подчиниться курфюрсту — после польской вольницы даже относительно мягкая бранденбургская монархия казалась деспотизмом. Только страх за лютеранскую веру и немецкие обычаи заставлял пруссаков согласиться на то, чтобы стать подданными курфюрста. Переход Иоганна Сигизмунда в кальвинизм и здесь оказал негативное влияние; в Пруссии лютеране даже не допускали кальвинистов к занятию государственных должностей. В итоге власть бранденбургского курфюрста в Пруссии оказалась столь ограниченной, что не внушала полякам никаких опасений, тем более что у них в тот момент были куда более серьезные проблемы в лице шведов.
Дни Иоганна Сигизмунда были сочтены. Его состояние стремительно ухудшалось, и 3 ноября 1619 года он передал бразды правления своему сыну Георгу Вильгельму. Спустя два месяца, 2 января 1620 года, он скончался в возрасте 47 лет. Его правление принадлежит к числу наиболее значимых периодов в истории Гогенцоллернов. И пусть ему не всегда хватало сил для проведения активной самостоятельной политики, он все же предпринял ряд важных шагов: перешел в кальвинизм, утвердился на Рейне, приобрел Восточную Пруссию. Бранденбург перестал являться чисто восточногерманской державой. Его сфера интересов простиралась теперь от Польши до Нидерландов. Однако в результате Гогенцоллерны оказались вовлечены в многочисленные конфликты других держав и оказались перед очень сложной задачей по закреплению и развитию достигнутого. Решать эту задачу предстояло уже преемникам Иоганна Сигизмунда.
Его правление любопытно и еще в одном отношении. Перейдя в кальвинизм, курфюрст не стал требовать того же от своих подданных и менять церковную организацию своих владений. Даже при дворе многие остались верны лютеранству, и бранденбургская Церковь осталась лютеранской. В 1615 году Иоганн Сигизмунд торжественно пообещал сословиям не насаждать новую веру и не чинить лютеранам никаких препятствий. Так была заложена основа веротерпимости — непременное условие дальнейшего возвышения династии в стране, которую пересекали трещины конфессионального раскола. Концепция замкнутого и монолитного в религиозном отношении княжества ушла в прошлое.