Хотя падение Екатеринодара было серьёзным ударом по Советской республике на Северном Кавказе, её армия не потерпела полного поражения. Успех белогвардейцев объясняется не столько впечатляющим героизмом, сколько растущим беспорядком и отсутствием дисциплины в красном лагере. Красная армия практически подготовила своё самоубийство; белым нужно было лишь вышибить стул из-под человека, который уже склонил голову на грудь.
Осенью 1918 года политическая ситуация на Северном Кавказе напоминала анархию, царившую на территории остальной Советской России шесть месяцев назад. Партнёры большевиков, левые эсеры, становились во все более резкую оппозицию против большевиков, открыто критиковали мирную политику Ленина в отношении Германии и были насильно выведены из правительства после намеренного убийства немецкого посла графа Мирбаха в Москве 6 июля. На Северном Кавказе их коалиция в вопросе о продолжении войны с Германией просуществовала дольше. На I съезде Советов Северного Кавказа в Екатеринодаре 5 июля было принято решение о создании Северо-Кавказской советской республики, выбран президиум из пяти большевиков и четырёх эсеров. Так как Деникин вёл свою армию против кубанской столицы, 131 делегат (из 365) проголосовал за возобновление войны с Германией. Но самым главным отличием было то, что если в Москве и Петрограде в результате жёсткой политики большевикам удалось навести порядок, то на Северном Кавказе республика без столицы и армия без штаба оставалась в полном хаосе.
3 октября Северо-Кавказская армия стала 11-й Красной армией, но в ней не удалось провести реформы Троцкого по повышенной боеспособности. Московское правительство осталось номинальным, частично из-за того, что единственная связь осуществлялась через Астрахань и Царицын и была недостаточной, частично из-за того, что большевики были слишком заняты, чтобы обращать внимание на театр военных действий, который они считали второстепенным. 11-я армия была ещё более бедно экипирована, чем другие красные войска; и даже когда Москве удалось выделить и послать ей некоторое снаряжение, Сталин передумал и отправил груз в Царицын. В армии не имелось «военных специалистов», поэтому её часто называли «партизанщина», так что, когда Троцкий хотел найти яркий пример губительного влияния отсутствия дисциплины, он всегда говорил об 11-й армии.
К концу августа красные войска насчитывали от 70 до 80 тысяч солдат, которые были разделены на несколько отдельных армий, согласно оценке белых:
1. Сорокин имел 15 тысяч человек, с которыми он отступил от Екатеринодара в междуречье рек Лабы и Кубани.
2. На Таманском полуострове под командованием Матвеева было такое же количество бойцов.
3. Армавир защищало от 6 до 8 тысяч человек.
4. В Ставрополе сосредоточилось от 8 до 10 тысяч.
Остальные распределились по территории Невинномысской, района Минеральных Вод и в Майкопе. Удивительно, но после поражения в июле и августе численность всех красных частей увеличилась, так как многие иногородние опасались победы Добровольческой армии. В октябре, когда большевики наконец смогли сосчитать своих солдат, получилось 124.427 человек. Именно белые впервые объявили призыв в армию, большевики же не следовали их примеру вплоть до ноября.
Самым лучшим красным формированием была Таманская армия, хотя и её также иногда называли «партизанщиной». Её с трудом можно было назвать армией в традиционном значении, скорее это было несколько недостаточно спаянных отрядов. Когда Сорокину пришлось покинуть Екатеринодар, советские войска на Таманском полуострове оказались изолированными. В это время Украинский пехотный полк под командованием И.И. Матвеева, группа под командованием Е.И. Ковтюха и Северо-Кубанский кавалерийский полк Софонова объединились и сформировали Таманскую армию, выбрав своим командиром Матвеева. Матвеев сразу же начал длинный, тяжёлый, но относительно успешный поход, который увековечен в романе Серафимовича «Железный поток». Целью Матвеева было объединить свою армию с армией Сорокина. Когда армия двигалась на юг по Черноморскому побережью, к ней присоединились 20 тысяч иногородних.
Деникин предвидел, что Матвеев попытается соединиться с войсками Сорокина. Чтобы этому помешать, он послал несколько полков под командованием полковника Колосовского остановить красных, а также дивизию под командованием Покровского в район Майкопа, чтобы удержать два вражеских соединения на расстоянии друг от друга. Тем не менее Матвееву удалось избежать столкновения с Колосовским и разбить Покровского в Белореченской 11 сентября. К тому времени, когда Деникин смог послать подкрепление, было уже поздно. Удивительно, что последняя помеха к объединению войск появилась в самой армии Сорокина. Штаб Сорокина обладал очень скудной информацией о военной ситуации в регионе, поэтому не знал, что на подходе к ним — дружественная армия, более того, он даже не знал о её существовании. Среди солдат Сорокина ходили слухи о «Чёрной армии», которая победит и белых, и красных. Когда солдаты Сорокина поняли, что к ним подходит армия, они сожгли мосты на реке Лабе и открыли огонь по своим.
Обстрел своих товарищей был характерной чертой для войск Сорокина. Командующий потерял свой авторитет из-за постоянных поражений, и бойцы часто не выполняли его приказы. Центральный исполнительный комитет, высший орган власти Северо-Кавказской советской республики, который переехал в Армавир после падения Екатеринодара, также потерял к нему доверие. Однажды комитет не смог защититься от мародёрства и лишился своих денег.
Казалось, что прибытие Таманской армии станет поворотам моментом. Новые и более дисциплинированные войска служили щитом, за которым Сорокин мог навести порядок в своих частях. В это время впервые ему удалось наладить контакт со всеми красными армиями на Северном Кавказе, и они все признали его авторитет, по крайней мере, на словах.
Центральный исполнительный комитет, переехавший из Армавира в Пятигорск, решил последовать примеру других красных армий и сформировать Революционный военный совет. Его возглавил И.В. Полуян, Сорокин был лишь одним из четырёх членов, тем не менее командующий доминировал в новой организации. Хотя РВС многого достиг (наладил снабжение, провёл перепись армии, организовал регулярную бухгалтерию), он не смог излечить армию от главной болезни — болезни разногласия между командующими, предлагающими разные стратегии.
Главнокомандующий Красной армией Северного Кавказа Иван Сорокин
Деникин, который, в отличие от красных, всегда придерживался одной стратегии, никогда не терял инициативы. Его смелый план заключался в том, чтобы окружить главные силы врага с востока, запада и севера и выбросить их с Северного Кавказа. Этот план подразумевал рассредоточение белых войск и походы на большое расстояние, но он так хорошо сработал, что после нескольких важных побед к концу сентября большевики практически полностью были окружены. Это, конечно, было больше теоретическим окружением, так как Красная армия была гораздо больше и могла легко прорваться в любом направлении.
У Матвеева и Сорокина были разные решения по прорыву из окружения. Хотя они и сошлись во мнениях, что главной целью является объединение с 10-й Красной армией, которая в то время сражалась за Царицын, их методы по достижению этой цели различались. Матвеев хотел захватить Кавказскую. Взяв Кавказскую, красноармейцы могли бы стать угрозой для Екатеринодара или пройти через Тихорецкую по железнодорожной линии в Царицын к 10-й армии. Сорокин, с другой стороны, планировал нанести главный удар на северо-восток, дать решающий бой в Ставрополе. Затем он хотел идти к Владикавказу, потом встретиться с казаками Терека перед тем, как идти к Царицыну.
Сложно сказать, чей план был лучше. Сорокин попытался его выполнить, но провалился, но это, конечно, не значит, что другой план принёс бы победу. Матвеев предсказывал, что в случае выполнения плана Сорокина армия будет уничтожена в Калмыцких степях. Так как он предвидел такую возможность, то отказался выполнять приказы командующего. Сорокин, почувствовавший угрозу своему авторитету, решил действовать драконовскими методами. 7 октября он убедил РВС арестовать и казнить командующего Таманской армией. Это действие положило начало серии казней и террористических актов, которые сильно подорвали боеспособность красных войск. Прежде всего, расстрел Матвеева оказал ужасное воздействие на солдат Таманской армии, так как Матвеев был очень популярным командиром. Также Революционный военный совет, который был лишь частично ответственен за казнь, испугался растущей власти командующего и начал планировать его устранение. Сорокин, однако, оказался быстрее. Когда до него дошли слухи, что от него хотят избавиться, он арестовал всех четырёх членов РВС и расстрелял их 21 октября. Затем он начал террор в Пятигорске, который был необычным даже по меркам Гражданской войны. Пострадали как большевики, так и антибольшевики; невиновные заложники, включая генералов Радко-Дмитриева и Рузского, были казнены, и даже большевистским организациям пришлось уйти в подполье. Центральный исполнительный комитет бежал из Пятигорска в Невинномысскую, фракция большевиков 27 октября объявила Сорокина предателем и вне закона. Командующий направился в Ставрополь, где в это время шли бои. Он попытался найти поддержку у армии против Исполнительного комитета, но тем не менее 2 ноября был задержан и убит людьми Матвеева.
Связь между изменчивостью военных успехов и беспорядками в большевистском лагере очевидна. Когда после прибытия Таманской армии в войсках Сорокина было наведено подобие порядка и создан Революционный военный совет, красногвардейцы выигрывали сражение одно за другим, давая понять, что «стратегическое окружение» имеет небольшое значение. 26 сентября Таманская армия вновь заняла Армавир, который был потерян, когда Жлоба отступил без приказа. 28 сентября Сорокин выбросил генерала Боровского из Невинномысской и даже нашёл достаточно сил, чтобы послать отряд во Владикавказ, чтобы помочь Терекской Советской республике в борьбе с восставшими казаками. Победы большевиков заставили Деникина изменить стратегию. Вместо того чтобы сужать круг, он сконцентрировал главные силы в районе Армавира и Ставрополя. Было очевидно, что именно здесь решается судьба Северного Кавказа.
7 октября, в день казни Матвеева, Сорокин приказал Таманской армии начать операцию по взятию Ставрополя. Основная атака на город началась 23 октября, в ней участвовало 50 тысяч солдат. Глубокой ночью 29 октября Таманская армия одержала победу над дивизией Дроздовского, защищавшего город, на следующий день она полностью освободила Ставрополь.
Победа в Ставрополе была главным успехом красных, и Деникин забеспокоился о стабильности своего фронта.
Большевики не могли продолжать свои наступательные операции, и Ставрополь стал жертвой анархии. Солдаты в городе ждали приказов командующего, но никто не появлялся. Эти дни, впустую потраченные красноармейцами и с пользой проведённые белогвардейцами, стали поворотным моментом в сражениях за Северный Кавказ. Деникин послал подкрепление Дроздовскому, которому удалось окружить город к 11 ноября. Таманской армии удалось прорвать окружение, но 14 ноября Ставрополь пришлось сдать. Бои продолжались до 20 ноября, когда большевистский фронт окончательно пал. Остатки Красной армии бежали на Терек, где большевики пытались подавить казачье восстание.
К концу ноября 1918 года командование Добровольческой армии оценило военную ситуацию как перспективную. Новости о победе Антанты на Западном фронте поселили надежду в антибольшевистских сердцах по всей России, но особенно в лагере Деникина, который всегда оставался преданным союзникам. Хотя армия понесла тяжёлые потери в результате двадцатиоднодневного сражения за Ставрополь, потери большевиков были гораздо больше. Не только Таманская, но и 11-я армия так и не смогли оправиться. Даже когда белогвардейцы страдали от разразившейся эпидемии, их враги страдали от неё гораздо сильнее, так как имели худшие санитарные условия, испытывали недостаток медикаментов.
Добровольческая армия так и не достигла выполнения своей главной цели — освобождения Северного Кавказа, но белогвардейцы были близки к полной победе. В начале января обезглавленные лучшие войска Красной армии были практически уничтожены. Белая контратака окончательно победила армию Советской республики на Северном Кавказе.