Взятие Екатеринодара 16 августа было одним из самых важных достижений за всю историю существования Добровольческой армии: оно дало белогвардейцам свою собственную первую военную базу. Раньше, до июля 1918 года, они могли распасться в результате одного решительного сражения, но своя база давала возможность расширить военные действия, проводить операции за 150 километров друг от друга. Политическое значение Добровольческой армии сильно возросло к середине августа. Ранним летом 1918 года центром антибольшевистских действий были Москва и Киев, к концу года Екатеринодар стал политической столицей Белой России.
Деникин, де-факто глава области, приобрёл много новых и сложных обязанностей, таких, как создание местной администрации, налаживание связей с другими антибольшевистскими организациями, принятие земельных реформ. Но обладание большей территорией дало ему также возможность увеличить свою армию.
Одним из первых приказов Деникина в Екатеринодаре был призыв на военную службу двух категорий иногородних и десяти категорий казаков. В результате армия насчитывала к середине сентября от 35 до 40 тысяч человек. Затем в течение нескольких месяцев численность армии оставалась практически неизменной, так как потери в сражениях на Кубани и Северном Кавказе были такими тяжёлыми, что новобранцы не могли их восполнить. Фактически армия перестала быть добровольческой, а название оставалось лишь по традиции. Те, кто вступил в армию только на четыре месяца, теперь могли выбрать: служить без временного ограничения или покинуть строй в течение семи дней. В ноябре Деникин предпринял ещё один шаг, призвав всех офицеров в возрасте до сорока лет, проживающих на территории, занятой Добровольческой армией.
Очень важным источником пополнения являлся захват военнопленных. Так как обе стороны объявили призыв в армию, различия в социальном плане двух армий, которые были значительны в первые месяцы после октября 1917 года, постепенно уменьшались. С точки зрения преданности и надёжности между призванными новобранцами и военнопленными, присоединившимися к армии, большой разницы не было. Белые формировали отдельные подразделения из захваченных в плен солдат, и эти подразделения не бездействовали во время сражений. Генерал Врангель так описывает зачисление в армию военнопленных:
«Я приказал 370 большевикам выстроиться в линию. Они все были офицерами, и некоторых я уже расстрелял. Затем я сказал остальным, что они тоже заслуживают смерти, но я позволю тем, кто сбился с истинного пути, искупить своё предательство, потому что хочу дать шанс ответить за преступление и доказать преданность своей стране. Им сразу же было выдано оружие, а две недели спустя их отправили на линию фронта, где они сражались с великой храбростью. Позднее этот батальон прославился, став самым лучшим из всей армии».
В октябре Деникин совершил ошибку, издав приказ о том, что захваченные офицеры будут подвергаться наказанию. Это заставило многих офицеров передумать дезертировать из армии большевиков, к тому же это было совсем не нужно, так как фактически офицеров наказывали редко, вместо этого их принимали обратно в армию. Поступив наоборот, большевики вели тонкую пропаганду, привлекая и офицеров, и солдат перейти к ним из лагеря противников.
Главным следствием призыва в армию стало то, что если и до Кубанской кампании в армии было казачье большинство, то теперь её переполняли казачьи войска. Лидеры казачьего сепаратизма, понимая, что Белая армия состоит в основном из казаков, что Краснов хотел освободить Дон без помощи Деникина, считали, что Кубанская армия должна освободить земли Войска, защитить его от большевиков. Они также настоятельно требовали разделить армию. К несчастью, ново-димитриевское соглашение не точно определяло этот пункт. Один пункт утверждал, что две армии должны объединиться, другой упоминал «командующего Кубанской армией». Согласно интерпретации казачьих политиков, в марте они согласились признать генерала Корнилова временным главой армии, а не командующим единой Добровольческой армией. По их мнению, смерть Корнилова аннулировала мартовское соглашение.
К этому времени стратегия Деникина и интересы кубанских политиков совпадали, так как все они желали освобождения Кубани. Обе стороны спрашивали себя: будет ли единство интересов объединять их и после достижения поставленной цели? Деникин и его советники сомневались, что независимая Кубанская армия захочет идти на Москву, а кубанские политики боялись, что Добровольческая армия вместе с её казачьей частью однажды покинет Войско на милость большевиков.
Деникин считал требования сепаратистов угрозой всему антибольшевистскому движению. Он, должно быть, понимал, что армия, состоящая из нескольких тысяч русских офицеров, окажется незначительной силой в сравнении с огромной Южной армией генерала Иванова. Он считал независимую Кубанскую армию первым шагом к независимости Кубани, а с этим он примириться никак не мог. Он очень хотел верить, что сепаратистские требования выдвигаются лишь несколькими десятками безответственных руководителей. Когда Л.Л. Быч, глава кубанского правительства, сказал на заседании, что пришло время организовывать отдельную армию, и обвинил командование Добровольческой армии в том, что оно нарочно расформировывает казаков по отдельным подразделениям, вместо того чтобы позволить им сформировать своё собственное, Деникин покинул собрание, сказав: «Я не позволю смятения среди моих храбрых казаков».
Если бы казачьи политики объединились, они бы одержать верх над несколькими русскими офицерами, и армия бы распалась, положив конец всему Белому движению в Южной России. Но, к счастью для Деникина, атаман Филимонов, линеец, нашёл союзников среди русских офицеров против черноморских казаков, которые превалировали и в Раде, и в правительстве. Филимонову удалось сохранить единство армии, встав на сторону Деникина против Быча и председателя Рады Рябовола, которые являлись сепаратистами. На заседании Рады 2 октября атаман защитил Добровольческую армию, твёрдо заявив, что, если органичная связь между кубанцами и добровольцами разорвётся, это приведёт к разрушению обеих организаций. Когда атаман не смог предотвратить принятие Радой резолюции о разделении армии в декабре 1918 года, он стал делать всё, что в его силах, чтобы саботировать это решение. К счастью для него, выбранный Радой полевой атаман Науменко, не будучи сепаратистом, всячески помогал атаману.
Деникин не сделал ничего, чтобы уладить разногласия с кубанским правительством. Он мог демонстрировать жесты доброй поли: сформировать казачьи дивизии, доверить их казачьим офицерам; наделить казачьих офицеров большей властью; но важнее всего, он мог хотя бы на словах признать кубанскую автономию. Не сделав ничего из этого, он усугубил и без того серьёзную проблему, которая достигла апогея к 1919 году, и в результате ему пришлось распустить Раду.
То, что армия состояла преимущественно из казаков, вызывало проблемы не только сепаратистского характера, но также разногласия, связанные с разницей происхождения, образом жизни, идеологией, способами ведения боя. Эти различия были очень заметны в спорах по поводу ведения партизанских действий ходе антибольшевистских сражений.
Те же самые споры происходили и на более высоком уровне среди большевиков, которые были серьёзно ослаблены постоянными ссорами между сторонниками «революционной войны» и постоянными военными структурами с «военными специалистами» (бывшими царскими офицерами). Среди большевиков, выступающих за принципы классовой борьбы, Троцкому пришлось использовать всю свою власть и твёрдость, чтобы установить военную дисциплину в «партизанщине».
В отличие от Белого движения Красную армию формировали императорские офицеры, которые задавали ей тон, им было легче воевать согласно принципам, в которые они верили всю свою жизнь. Тем не менее эти принципы не всегда имели отношение к Гражданской войне. Очевидно, что обе стороны нуждались в организации и традиционной дисциплине. Так же как генералы старой армии чувствовали себя неуютно в штабе большевиков, так и некоторые казаки чувствовали себя не в своей тарелке среди советников Деникина.
Самым энергичным и знаменитым белым казачьим партизаном был А.Г. Шкуро. Шкуро, кубанскому казаку, был только тридцать один год в 1918 году, но он уже стал полковником благодаря необычайной храбрости, проявленной во время Первой мировой войны, когда он командовал казачьим партизанским отрядом в тылу врага. Вернувшись с фронта, он узнал о растущих антибольшевистских настроениях среди казаков и в конце апреля 1918 года решил сформировать партизанский отряд. Вскоре после этого он был арестован большевиками, но в то время, когда красные больше боялись немцев, чем местных «контрреволюционеров», Автономов, командующий армией большевиков на Северном Кавказе, освободил его в обмен на обещание помочь в борьбе с иностранными захватчиками. Шкуро принял мандат большевиков о формировании партизанского отряда, но предал их без колебаний, набрав казаков против них, а не против немцев. Его отряд вначале насчитывал десять человек. Он сформировался в конце мая в предгорьях Кавказа. Отряд быстро рос, поэтому и друзья, и враги думали, что он гораздо больше, чем есть на самом деле. Впечатление мощи привлекало других, и в конце месяца Шкуро был достаточно силён, чтобы совершить нападение на город Кисловодск. Конечно, не шло речи о том, чтобы удержать город, и он отступил, забрав награбленное. Этот и другие набеги вдохновляли казаков на восстание. Вскоре появились и другие отряды, некоторые из них Шкуро удалось объединить. Через какое-то время он командовал бригадой из нескольких тысяч человек.
Атаман Андрей Шкуро
Когда Шкуро получил известия о том, что Деникин захватил Тихорецкую, он решил признать власть Добровольческой армии. Некоторые из его казаков были против и решили вернуться в свои родные станицы, но Шкуро всё-таки удалось убедить большинство в том, что в одиночку они не смогут освободить Кубань. Когда он решил нанести визит в штаб Деникина, то был весьма разочарован. Он понял из разговора с Деникиным, что старый генерал не имеет чёткого понятия о целях своего движения. Но разочарование было взаимное. Офицеры, окружающие Деникина, не признавали достижения и методы Шкуро, а также пренебрежительно относились к партизанской армии, которая смогла взять, но не удержать город. Кроме того, они не поддерживали метод конфискации, который считали просто мародёрством.
Деникин оказался в сложной ситуации. Шкуро считался одним из самых известных героев Белого движения. О нём ходили легенды, и его нельзя было так просто сместить. С другой стороны, генералы императорской армии очень возмущались, что человек, который был в их глазах больше вором, чем солдатом, может получить высокий командный пост. Когда Шкуро занял важный город в Ставрополье, Деникин подумал, что он не сможет его удержать, и послал полковника Улагая принять командование на себя. Шкуро был, очевидно, задет этим, но подчинился субординации, отказавшись от командования. В отличие от штаба Добровольческой армии, Кубанская рада считала его героем и в декабре 1918 года настояла на том, чтобы Деникин произвёл Шкуро в генералы. Время шло, а взаимное недоверие партизан и офицеров не исчезало.
Генерал Покровский был ещё одним неотёсанным выскочкой в глазах кадровых офицеров. Он не был казаком, но вёл армию во время Ледяного похода и установил тесные связи с Радой и правительством. Он был талантливым командиром, но также интриганом и садистом. Даже Шкуро был шокирован многочисленными приказами о повешении, изданными генералом. В своих мемуарах он описывает, как Покровский пытался убедить его: «Ты, брат, я слышал, либерал и вешаешь слишком мало людей. Я попрошу своих людей приехать сюда и помочь тебе с этим». Во время завтрака Покровский внезапно открыл дверь, позволив увидеть Шкуро повешенных пленных, при этом сказав: «Это тебе для улучшения аппетита».
Кроме того, Покровский хотел стать атаманом. Однажды он пытался убедить Шкуро арестовать тех членов Рады, которые мешали его планам, говоря Шкуро, что приказ об аресте шёл от Деникина. Несмотря на антипатию к Деникину, он почувствовал подвох Покровского, но такого человека сложно было отправить в отставку, так как он был очень популярен среди простых казаков.
Добровольческая армия начинала как организация кадровых офицеров, и постепенно стало очень сложно решить проблему повышения, которая была очень важна для всех офицеров. Сложность заключалась в большом количестве критериев. Высшие посты занимали все бывшие заключённые Быхова, все, кто участвовал в Корниловском мятеже. Офицеры, принимавшие участие в первых кампаниях, также получили неплохие назначения. Они укрепляли командный дух, поэтому косо смотрели на всех новичков, которые присоединились к ним только тогда, когда появились шансы на успех. Деникин не мог и не хотел смещать офицеров, которые хоть и занимали невысокие должности во время войны, но доказали свою преданность в самые тяжёлые времена, например, генерал Е.Н. Масловский, бывший штабной генерал Кавказского фронта, генерал Ирманов, командующий войсками против турок, и многие другие. Они чувствовали, что не должны занимать посты за свои прошлые заслуги. Именно эти люди и стали главными врагами молодых военачальников типа Шкуро. Все знали, что донское и украинское правительства, а также Южная армия свободно награждали высокими званиями. Как могли эти звания приравниваться к полученным в старой армии? Деникин создал комиссию, чтобы уладить эту проблему и расследовать истории старших офицеров, прежде чем их назначать, но эта комиссия не могла угодить всем.
Получилось так, что пока Деникин поддерживал казачьих партизан, многие думали, что он скрывает антиаристократические предубеждения. Поэтому он решил отменить все особые привилегии бывших офицеров гвардии. Таким образом, Деникин нажил новых врагов.