Видимо, не доверяя большевикам, Матковский, отвечая на вопросы обвинения и защиты подсудимых, соблюдал осторожность, чтобы не дать на себя компромат. Он по-прежнему отрицал участие в белогвардейской политике и пытался убедить большевиков в выполнении им сугубо профессиональных военных обязанностей, а также и незначительности своей роли в антисоветском управлении. Цель – дистанцироваться от колчаковской репрессивной машины.

Обвинитель (прокурор) Гойхбарг добивался обратного. И, будучи опытным юристом, он имел массу «профессиональных» козырей против Матковского. Так, обвинитель доказывал организацию им переворота в ночь с 20 на 21 сентября 1918 г. в Омске против «эсеров во власти».

Согласно Гойхбаргу Матковский действовал по приказу лидера сибирской атаманщины Иванова-Ринова (совмещал должности военного министра и командующего Сибирской армией), координируя с ним и «правыми» министрами действия. То есть замещая отсутствующего в Омске Иванова-Ринова и главнокомандующего войсками белых на Восточном фронте Болдырева, был там тогда главным.

Причина подобного внимания советского обвинителя к сентябрьскому перевороту была вызвана тем, что после него позиции «реакционеров» на востоке России укрепились. Благодаря чему атаманщина подготовилась к решающей схватке за власть. В которой Матковскому отводилась заметная роль.