Смерть Сигизмунда II Августа летом 1572 г. вызвала было в Москве надежды на разрешение конфликта из-за Ливонии дипломатическим путем. Иван IV вел одновременно переговоры с литовскими послами о своем избрании на польский престол и с германским императором о разделе Речи Посполитой, с тем чтобы к империи отошли Польша и Пруссия, а к Москве – Литва и Ливония.
Выборы короля в Польше затянулись, так как избранный было на сейме брат французского короля Карла IX после четырехмесячного правления покинул Польшу, считая для себя более выгодным променять польский престол на престол Франции, опустевший после смерти его брата. Только в декабре 1575 г. был избран новый король, Стефан Баторий, венгерец, бывший князь Семиградский. Впрочем, первое время Баторий, занятый осадой Гданьска (Данцига), отказавшегося признать его королем, не мог уделить внимания русским делам. Пользуясь этим, Иван IV опять развернул широкие военные действия в Прибалтике.
В январе 1577 г. русские войска осадили Ревель, и весной сам Иван IV выступил в поход в Ливонию одновременно с «королем» Магнусом. Поход увенчался большим успехом: было взято 26 городов. Осенью русские войска ушли из Ливонии на зимовку в собственные пределы, и тогда началось наступление войск Батория.
Баторий реорганизовал свою армию по европейскому образцу: вместо мало пригодного к войне шляхетского ополчения, он привлек наемные немецкие и венгерские полки, значительно усилил артиллерию и перешел к наступательной войне, заключив предварительно соглашение со Швецией. В августе 1579 г. Баторий осадил Полоцк. После трехнедельной осады и бомбардировки пожары и отсутствие продовольствия заставили русский гарнизон сдаться, но епископ и некоторые из воевод наотрез отказались сдаться и заперлись в соборе, откуда были вытащены силой.
После Полоцка пала крепость Сокол, в следующем году Баторий вступил па русскую землю и захватил Великие Луки и несколько соседних городов. В летнюю кампанию 1581 г. он взял Остров и 26 августа приступил к осаде Пскова. Но войска Батория, утомленные длительными военными действиями и далеко не аккуратно получавшие свою плату, проявляли большое неудовольствие и нетерпение. Сам Баторий, предвидя длительную осаду, покинул войско, поручив руководство осадой мало популярному Замойскому. В лагере начались волнения. В Польше и Литве ощущалось общее утомление войной. Сейм неохотно ассигновал новые средства на продолжение военных действий. Отсутствие скорых и решительных успехов действовало расхолаживающе. При таких обстоятельствах Батория должен был приступить к мирным переговорам.
С другой стороны, экономическое разорение, вызванное длительной войной на два фронта, делало невозможным ее продолжение и для Московского государства. В то время, когда Баторий стоял под Псковом, шведский полководец де-ла-Гарди взял штурмом Нарву и завладел Иван-городом и Ям-городом; Карела была занята шведами еще раньше. Иван IV решил мириться с Баторием, чтобы все силы свои направить против Швеции. Он обратился к посредничеству папского престола.
15 января 1582 г. в Запольском Яме, недалеко от Пскова, было заключено перемирие на 10 лет при участии представителя папы Григория XIII, иезуита Антония Поссевино. Обе стороны должны были отказаться от своих завоеваний. Для России это означало отказ от Ливонии. Баторий не добился уступки ни Пскова, ни Новгорода, ни Смоленска, которых он требовал, и, не удовлетворенный условиями мира, тотчас после заключения его стал готовиться к новой войне.
Заключение перемирия с Баторием развязывало руки Ивану IV в отношении Швеции. Но в июле 1582 г. Баторий потребовал от него прекращения военных действий в Эстонии на все время Ям-Запольского перемирия, и Ивану IV пришлось отказаться от своих планов и в этой части Прибалтики. В начале 1583 г. на реке Плюсе, в Новгородской области, было заключено трехлетнее перемирие со Швецией, с уступкой шведам захваченных ими Копорья, Яма, Иван-города.
Так закончилась 25-летияя война за Ливонию, встревожившая всю Европу, но истощившая русскую землю и подорвавшая ее экономические силы.
По развитию производительных сил и по культурному уровню Россия в XVI веке еще не была подготовлена к разрешению балтийской проблемы, которая лишь полтораста лет спустя оказалась по плечу только Петру Великому.
Длительная война, несомненно, способствовала углублению того кризиса, который переживало натуральное феодальное хозяйство в связи с развитием товарно-денежных отношений в стране. Пограничные области были страшно опустошены.
«Обыск», произведенный в 1571 г. в западной части Новгородского уезда, показал большое число заброшенных крестьянских хозяйств оттого, что хозяина «немцы убили, а двор сожгли» или «немцы убили и с детьми, а жена с голоду мертва» и т. д.
Но опустошение не ограничивалось только этими районами и было вызвано не только набегами шведов и литовцев. Война требовала все новых и новых расходов, которые всей тяжестью падали на тяглое (податное) население. Бремя налогов возросло неимоверно и привело к тому, что население разбежалось; наряду с деревнями, разоренными «немцами», то и дело встречались деревни, опустевшие от «царевых податей». В «обысках» читаем такого рода записи: «В той же деревне жребий пустой Федьки Иванова, Федька осиротел да сбежал от царевых податей»; памятью о былом владельце оставались две «хоромины» его прежнего двора.
Наконец, и хозяйничание опричников еще более усилило общее разорение. Новгородские «обыски» рисуют ужасающую картину Новгородской области после прохода через нее «государевой опричнины»: у одного крестьянина опричники «живот (имущество) пограбили, а скотину засекли, а сам умер, дети безвестно сбежали»; другого «опричные замучили, а скотину его присекли, а животы пограбили, а дети его сбежали от государева тягла»; третьего «опричные замучили и двор сожгли и с скотиною и с животами» и т. д.
Но дело было не в отдельных эксцессах разнуздавшихся опричников. Опричнина в целом, разгромив крупное землевладение, разорила и большое число деревенских хозяйств. Опричники, поделив на мелкие участки прежние крупные вотчины и не находя удовлетворения своим потребностям в денежных средствах, безудержно эксплуатировали своих крестьян. «Стали брать они с бедных крестьян, которые им были даны, все, что те имели; бедный крестьянин уплачивал за один год столько, сколько он должен был платить в течение десяти лет».