После государственного переворота, закончившегося отстранением А. Муталибова от власти, исполняющим обязанности президента Азербайджана стал председатель Верховного Совета Ягуб Мамедов, который был избран на эту должность только 5 марта.

9 марта под руководством Я. Мамедова было проведено заседание Совета безопасности, на котором МО было дано поручение организовать единое командование всеми войсками в зоне боевых действий, укрепить дисциплину в войсках и обеспечить управление ими⁵⁶⁶.

17 марта министром обороны был назначен ставленник НФА – Рагим Газиев. Начальником Генерального штаба остался генерал-майор Шахин Мусаев. Начальником Оперативного управления Генерального штаба – первым заместителем начальника Генштаба – был назначен подполковник Руфат Амиров. Заместителями начальника Генштаба были назначены полковники Нуреддин Садыхов и Сафар Абиев. Заместителем министра обороны по вооружению был назначен Баба Назарли.

1 марта 1992 года армянскими отрядами было захвачено и сожжено село Умудлу Агдеринского района. Мирные жители предварительно были вывезены на вертолётах в Агдамский район.

12 марта армянские отряды атаковали позиции азербайджанских войск в районе села Сырхавенд и одноимённой стратегически важной высоты. Рядом с Сырхавендом проходила единственная дорога, которая соединяла Агдеринский район с остальной частью Нагорного Карабаха. Одновременно был нанесён отвлекающий удар на Агдам с целью сковывания и отвлечения основных азербайджанских сил на защиту Агдама и исключения возможности оказать помощь обороняющимся в Сырхавенде азербайджанским отрядам. Атака на Агдам сопровождалась массированным обстрелом города и прилегающих сёл, в результате чего погибло 11 мирных жителей. Азербайджанские войска и местное население просто сбежали с позиций в районе села Сырхавенд, сдав эти стратегически важные позиции без боя. Армянские войска захватили сёла Сырхавенд, Казанчы, Маниклы, Орта Гюнейпая и Баш Гюнейпая, Баширлар и Гарашлар, а также высоты Сырхавенд, 1215.4, 1083.8, 1293.8. В течение всей войны азербайджанские войска предпримут неоднократные попытки отбить эти позиции, но каждый раз будут вынуждены отступить, понеся большие потери.

10 марта закончился вывод 366-го МСП из Ханкенди. Фактически был лишь вывезен личный состав. Всё вооружение и техника были переданы армянским отрядам. Роберт Кочарян в своих мемуарах прямо пишет, что была достигнута договорённость с первым заместителем командующего ЗакВО, генерал-лейтенантом Юрием Грековым, в соответствии с которым почти всё вооружение было оставлено армянским вооружённым формированиям⁵⁶⁷. Всего армянским вооружённым формированиям достались 1600 единиц стрелкового оружия, 9 танков Т-72, 5 БТР-70, 49 БМП-1, 28 БМП-2, 5 БРМ-1К, неустановленное количество артиллерийских систем.

После того как армянами была взята под полный контроль вся территория Нагорного Карабаха, было ясно, что следующей целью атаки будет Шуша и Лачин, чтобы создать транспортный коридор между Нагорным Карабахом и Арменией, т. к. долго вести боевые действия без сухопутного сообщения с Арменией армянские отряды в Карабахе не смогут. Уже в начале марта МНБ Азербайджана сообщало руководству страны и МО, что, несмотря на угрозу захвата Шуши, нет плана обороны города, вокруг города не проведены инженерно-фортификационные сооружения, у военных сил и полиции, размещённых в Шуше, нет должной боевой подготовки⁵⁶⁸. 28 марта МНБ вновь направило руководству страны и МО информацию о том, что в обороне Шуши есть серьёзные недостатки: нет плана обороны города, нет взаимодействия между силами МО, МВД и территориальными отрядами самообороны, нет специалистов, разбирающихся в современных вооружениях, боеприпасы расходуются впустую⁵⁶⁹.

Свергнув Муталибова, оппозиция растерялась. Цель была достигнута, но программа действий и «теневой кабинет», способный взять на себя управление страной в условиях войны, отсутствовали. Выяснилось, что, кроме опыта митинговой работы, лидеры НФА не имеют ни государственного, ни управленческого опыта. В этой ситуации лидеры НФА начали колебаться. Вначале они были категорически против президентских выборов в условиях войны, но за создание коалиционного правительства. Однако, когда Верховный Совет принимает решение о выборах и назначает их на 7 июня, НФА сразу же соглашается, выдвину кандидатуру А. Алиева (Эльчибея).

Перспектива полного перехода власти к НФА вызывала ужас у людей, которые понимали, какие катастрофические последствия для страны это несёт. Как отмечал один из лидеров социал-демократов А. Ализаде, «НФА – основная деструктивная сила, не способная созидать. Если здоровые силы общества не очнутся и не дадут отпор вакханалии люмпенов, то очень долго над Азербайджаном будет ночь»⁵⁷⁰. Но у «здоровых сил» нет своего лидера, да и сами они разобщены, и каждый сам по себе. Наиболее способны на такую роль Гейдар Алиев и Вагиф Гусейнов. Но Гейдар Алиев не может участвовать в выборах, т. к. ещё при Муталибове был принят закон, по которому президент Азербайджана не может быть старше 65 лет, а Вагиф Гусейнов после отставки отошёл в тень и не занимается активной публичной политикой.

Придя к власти, Ягуб Мамедов решил пойти на компромисс с оппозицией и отдал ряд ключевых должностей представителям НФА. Министром обороны был назначен Рагим Газиев, министром внутренних дел – Таир Алиев.

Период правления Я. Мамедова можно назвать безвременьем. Этот типичный представитель азербайджанской интеллигентско-бюрократической элиты взять в свои руки реальную власть не может и воспринимается всеми как переходная фигура. Всем было ясно, что Мамедов – временная фигура, случайно оказавшаяся у власти, и в преддверии президентских выборов в Азербайджане началась очередная внутриполитическая склока.

24–25 марта 1992 г. прошла чрезвычайная сессия Верховного Совета, на которой НФА потребовал отмены президентской формы правления, разделения полномочий президента между Кабинетом министров и парламентом, создания коалиционного правительства. Руководители НФА аргументировали свою позицию тем, что проведение президентских выборов в республике, находящейся в состоянии войны, может отвлечь силы от карабахского конфликта, привести к расколу общества и даже гражданской войне. Но 25 марта 1992 г. после долгих дискуссий Верховный Совет принял решение провести 7 июня 1992 года выборы президента Азербайджана. В стране, находившейся в состоянии войны, началась президентская предвыборная кампания.

В ней участвуют все крупные фигуры тогдашней политической сцены: А. Эльчибей, Т. Гараев, Я. Мамедов, Э. Мамедов, А. Ализаде и др. Но постепенно многие выходят из игры, смысл которой для них был просто в использовании кампании для саморекламы, и вырисовываются две основные фигуры – А. Эльчибея и очень колоритная фигура Низами Сулейманова, 1945 года рождения, члена-корреспондента Академии наук Азербайджана, председателя Демократического союза интеллигенции Азербайджана, разбрасывавшего обещания направо и налево.

В начале апреля визит в Азербайджан и в Карабахский регион совершил министр МИД РФ – А. Козырев. На пресс-конференции в Баку А. Козырев прямо заявил, что президент РФ Б. Ельцин может решить карабахский конфликт за несколько дней. По некоторым сведениям, он предложил российский план мирного урегулирования, предлагавший прекращение огня и ввод в зону конфликта российских миротворческих сил, в частности 337-й ПДП 104-й ВДД⁵⁷¹. Однако данный план был отвергнут азербайджанским руководством, в частности, из-за давления так называемых национально-патриотических сил (НФА, ПННА и т. д.), для которых был неприемлем сам факт ввода российских войск в Карабах. Кроме того, в то время руководство Азербайджана отдавало предпочтение посредническим усилиям Ирана.

31 марта армянские войска атаковали с. Гога (Учбулаг) Физулинского района. В ходе боя им удалось захватить село. Местное население и территориальный отряд самообороны были вынуждены отойти в соседние азербайджанские сёла.

1 апреля армянские войска атаковали заставу азербайджанской армии в районе с. Союдлу Кельбаджарского района. Азербайджанским войскам удалось отразить атаку противника.

По данным разведки МО Азербайджана, в начале апреля армянские войска сконцентрировали на Шуша-Лачинском направлении 24 БМП-2, 50 БМП-1, 10 танков Т-72, 8 БРДМ, 10 БТР-70, 10 БТР-80, 20 МТЛБ, 2 РСЗО БМ-21 «Град», 2 75-мм орудия. Концентрация такого количества военной техники на Шуша-Лачинском направлении свидетельствовала о подготовке противником наступления на этом участке фронта⁵⁷².

8 апреля со стороны с. Атерк Агдеринского района армянские войска атаковали азербайджанские н/п Агдабан, Чайковушан, Чаректар и Баглыпея. В ходе боя армянским войскам удалось захватить сёла Агдабан и Чайковушан. Только 11 апреля азербайджанские войска, подтянув подкрепления, смогли выбить силы противника из захваченных сёл⁵⁷³. Сами сёла были полностью разрушены. Были жертвы и со стороны местного населения. По азербайджанским данным, погибло 67 мирных жителей⁵⁷⁴.

10 апреля азербайджанские войска в составе батальонов «Мешя» и «Гуртулуш», а также мобильной бронегруппы ОМОНа заняли село Ленинаван Тертерского района. Ленинаван – это посёлок городского типа, состоял из двух сёл: Мараги (ближе к Тертеру) и Маргушевана (что дальше, вглубь села). В связи с тем, что основные бои развернулись в селе Марага, эти бои более известны как бой за Марагу. Целью операции было пленить как можно больше местных жителей для дальнейшего обмена на остававшихся в плену жителей Ходжалы. Рано утром 10 апреля село подверглось артиллерийскому (или миномётному) обстрелу, после чего азербайджанские войска перешли в атаку. Армянские силы отступили, и село на один день перешло под контроль азербайджанских войск. По данным правозащитных организаций и армянских источников, при захвате села были совершены массовые убийства мирного населения⁵⁷⁵, и жертвами массового убийства стали, по разным данным, от 50 до 100 гражданских людей⁵⁷⁶, а ещё около пятидесяти жителей были взяты в заложники.

11 апреля армянские войска захватили сёла Джамилли и Каджар Физулинского района. На следующий день азербайджанские войска смогли вернуть контроль над сёлами. В ходе боя было убито 17 армянских солдат и подбит 1 БМП противника⁵⁷⁷.

18 апреля азербайджанские войска атаковали посты армянских войск вблизи н/п Шиштепе и Ялтахыл. В ходе боя азербайджанским войскам удалось взять под свой контроль данные посты противника. Тем самым была обеспечена безопасность азербайджанских н/п Тапгарагоюнлу, Шафак и Зейва⁵⁷⁸.

19 апреля исполняющий обязанности президента, Ягуб Мамедов, подписал распоряжение «О деятельности МО Азербайджана», в котором от МО требовалось создать в Агдаме штаб по управлению всеми войсками и силами в Шушинском, Кельбаджарском, Физулинском, Лачинском, Губадлинском, Зангеланском, Джебраильском, Геранбойском, Тертерском районах. Также от МО требовалось согласовывать с ГКО планирование военных операций⁵⁷⁹.

В ответ МО потребовало от руководства страны огромный список военной техники (110 танков, 120 БМП, 60 ед. 122-мм орудий, 200 гранатомётов, 200 миномётов) и указало, что обеспечить безопасность данных районов возможно, только если вся указанная военная техника будет получена в течение 2–3 дней⁵⁸⁰. Вообще, такой ответ МО вызывает вопросы. Откуда руководство страны могло за 2–3 дня достать и передать в распоряжение МО такое количество военной техники?! Иначе как попыткой избежать ответственности за невыполнение распоряжения и. о. президента такой ответ трактовать нельзя.

2 и 20 апреля МНБ направляло информацию руководству МО о том, что оборона Шуши организована ненадлежащим образом, и сообщалось, что, согласно полученным данным, армянское командование планирует операцию по захвату Шуши⁵⁸¹.

24 апреля армянские войска с территории Кафанского района Армении атаковали сёла Агкенд, Газанчы, Дяряли, Шярикан, Сейидляр, Гюнгышлаг, Джанбир, Пирвейс и Йухары Гяйялм Зангеланского района. Но данная атака была отбита.

26 апреля армянские войска, вновь с территории Кафанского района Армении атаковали сёла Агкенд, Газанчы, Дяряли, Шярикан, Сейидляр, Гюнгышлаг, Джанбир, Пирвейс и Йухары Гяйялм Зангеланского района. Несмотря на сопротивление азербайджанских войск, противнику удалось захватить сёла Газанчы, Агкенд и Дяряли, а также окружить село Сейидляр.

27 апреля, перебросив в Зангеланский район подкрепления, азербайджанские войска перешли в контратаку и смогли к концу дня вернуть контроль над ранее потерянными населёнными пунктами. В ходе боя армянские войска потеряли 2 БМП и 1 БТР⁵⁸².

В первой половине 1992 года основная тяжесть борьбы с противником легла на плечи территориальных подразделений самообороны. В их рядах было много патриотично настроенных ребят, которые были готовы пожертвовать своей жизнью ради Родины, и многие погибли смертью героев. Некоторые территориальные отряды самообороны с честью выполняли возложенные на них задачи. Но то, что в Азербайджане отсутствовало единое командование всеми войсками, неорганизованность в вопросах обороны часто приводило к тому, что труд многих бойцов оставался безрезультатным. То, что многие территориальные отряды самообороны были под влиянием различных политических сил и использовались во внутриполитических распрях, приводило к тому, что они не подчинялись военному командованию, были небоеспособны и не готовы выполнять задачи по предназначению. Всё это в итоге создавало предпосылки для дальнейших поражений в войне.

16 апреля 1992 г. директивой МО № 041 по территориальному принципу были созданы первые бригады. 701-я МСБР – Кельбаджарский район, командир – полковник Задир Рзаев. 702-я МСБР – Физулинский район, командир – полковник Иса Гасымов. 703-я МСБР – Тертерский район, командир – полковник-лейтенант Наджмеддин Садыхов. 704-я МСБР – Шушинский, Лачинский районы, командир – полковник-лейтенант Эльбрус Оруджев. 708-я ОТБР – Агдамский район, командир – полковник Эльхан Оруджев. То есть в каждом районе создавалась бригада, в которую передавались все имевшиеся в районе отряды, батальоны, роты и т. д. В состав Шуша-Лачинской бригады входил также Лачинский полк под командованием функционера НФА – А. Пашаева. По первоначальному решению министерства обороны З. Рзаев должен был быть назначен командиром 704-й бригады, а Эльбрус Оруджев – командиром 701-й бригады. Но через несколько дней данное решение было пересмотрено, и Э. Оруджев поехал в Шушу, а З. Рзаев – в Кельбаджар. Для вновь назначенных командиров бригад, у которых бригады пока существовали на бумаге, стало большой проблемой подчинить себе добровольческие отряды самообороны, действовавшие в районах.

Отсутствие единого командования в зоне боевых действий, неспособность мобилизовать имеющиеся силы республики для войны, нахождение многих отрядов под влиянием политических сил и их участие в борьбе за власть, отсутствие сильной центральной власти в стране, кампания по выборам президента – всё это самым негативным образом сказывалось на боеготовности Вооружённых сил Азербайджана.

В этот период времени армянские отряды показали себя лучше подготовленными и оснащёнными. С первых дней было создано единое командование, руководство боевыми операциями осуществляли кадровые военные: генерал-лейтенант Христофор Иванян (являлся советником председателя Комитета самообороны НКР и первым заместителем командующего Армией обороны НКР), полковники Анатолий Зиневич и Аркадий Тер-Тадевосян, майоры Сейран Оганян и Валерий Читчян. В первый период войны большую роль в организации и руководстве армянскими отрядами в Карабахе играл генерал-майор Х. Иванян⁵⁸³. Активное участие в организации армянских войск в Карабахе также принимали Серж Саркисян, Роберт Кочарян и Самвел Бабаян. Тактика армянских отрядов заключалась в обороне внешнего периметра Нагорного Карабаха и активных наступательных операциях внутри территории Нагорного Карабаха с целью захвата всех азербайджанских сёл. Им удалось заблокировать все азербайджанские сёла в Нагорном Карабахе, изолировать их друг от друга и, создавая перевес на нужном направлении, захватить все азербайджанские сёла по одному.

Надо также отметить, что армянским войскам удалось наладить эффективное взаимодействие между кадровыми офицерами (Г. Андреасян, Г. Далибалтян, А. Тер-Тадевосян, Х. Иванян и пр.) и командирами отрядов самообороны (Р. Кочарян, С. Саркисян, С. Бабаян и пр.). Такое взаимодействие (с одной стороны – профессиональные знания кадровых военных, с другой стороны – авторитет местных командиров) позволяло успешно решать имевшиеся задачи.

К сожалению, с азербайджанской стороны так и не удалось наладить такое же эффективное взаимодействие между кадровыми военными и командирами отрядов самообороны. Между кадровыми военными и местными командирами постоянно были напряжённые отношения. Самый наглядный пример – это то, что в Азербайджане так и не пригодились профессиональные знания генерал-лейтенанта В. Баршадлы (единственного азербайджанца, окончившего Военную академию Генерального штаба ВС СССР), а местные командиры с подозрением относились к кадровым военным. Иногда кадровых военных просто избивали и выгоняли с территории района. Только в Тертерском районе, где местными отрядами командовал Сардар Гамидов, удалось наладить эффективное взаимодействие. И надо отметить, что это единственный примыкающий к Нагорному Карабаху район, который так и не удалось захватить армянским войскам. И заслуга Сардара Гамидова в этом несомненна.

Азербайджанские вооружённые формирования были плохо подготовлены и обучены и за несколько месяцев так и не смогли наладить единую систему командования и провести хотя бы одно организованное наступление. Единственное наступление в начале февраля с целью деблокирования Ходжалы закончилось неудачей. Азербайджанские сёла в Карабахе, будучи изолированы друг от друга и блокированы, были не в состоянии в одиночку отразить атаки армян. Так и не удалось наладить снабжение азербайджанских сёл в Карабахе, а также помощь в случае атаки армянских сил. Фактически азербайджанские сёла в Карабахе были брошены на произвол судьбы и могли лишь рассчитывать на свои ограниченные ресурсы. Все активные действия азербайджанских сил ограничивались лишь обстрелами армянских населённых пунктов, которые не оказывали особого влияния на ход боевых действий. Основная военная причина наших первых неудач в Карабахе была связана с отсутствием единого командования. Малочисленные армянские отряды, благодаря единому командованию, создавали решающее численное и огневое превосходство при атаке на отдельные азербайджанские сёла, в то время как более многочисленные азербайджанские отряды без единого командования были обречены издали наблюдать за агонией сжигаемых и депортируемых сёл.

В марте-апреле были реорганизованы армянские силы, созданы постоянные подразделения звена «рота – батальон», перераспределены оставленные техника и вооружение 366-го полка. На восточном и юго-восточном направлениях (Аскеран, Мартуни, Гадрут) спешно сооружались укреплённые районы. Укрепрайоны состояли из нескольких оборонительных рубежей, оборудовались долговременными огневыми сооружениями и прикрывались минно-взрывными и инженерными заграждениями. Снабжение группировки в Карабахе (доставка боеприпасов, горючего, предметов материально-технического обеспечения), переброска подкреплений осуществлялись по воздуху с территории Армении самолётами Як-40, Ан-2, вертолётами Ми-8, Ми-26 через аэропорт Ходжалы, вертолётные площадки Ханкенди, Колатаг. Отсутствие у азербайджанских войск каких-либо систем ПВО позволяло армянским войскам безнаказанно перебрасывать воздушным путём в Нагорный Карабах необходимое вооружение, боеприпасы и людские резервы. Опираясь на имеющиеся возможности, армянское командование приняло решение сосредоточить усилия на захвате г. Шуши и последующем обеспечении наземного сообщения территории Карабаха с Арменией.

Уже с конца марта 1992 года армянские войска начали подготовку к захвату Шуши и Лачина.