После распада СССР Азербайджан, уже как независимое государство, стал соседом Ирана. Во внешней политике Азербайджана Иран должен был занимать одно из важных мест. И это было не без причин. Народы обеих стран были связаны своей историей, географией, религией, культурой, имели языковую и этническую схожесть. Протяжённость азербайджано-иранской границы составляла 765 км. Согласно статистике, почти половина населения Ирана азербайджанцы; они проживают здесь на своей исторической земле и представляют три четверти всех азербайджанцев, проживающих в мире. Ни одна из этих двух стран не имеет с какой-либо другой страной таких тесных исторических связей. Всё вышеизложенное объясняет, почему всестороннее развитие отношений с Исламской Республикой Иран должно было стать одним из основных направлений внешней политики Азербайджана.
25 декабря 1991 г. Иран признал государственную независимость Азербайджана. Иран стал 11-й страной, признавшей государственную независимость Азербайджана.
Во время визита президента Азербайджанской Республики Аяза Муталибова в Иран в конце 1991 года была достигнута договорённость об установлении между двумя странами экономических связей и использовании территории Ирана для транспортного сообщения с Нахичеванью, об объявлении территории последнего свободной экономической зоной.
Во время визита в Иран в связи с годовщиной Иранской революции 12 февраля 1992 г. президент Азербайджана однозначно заявил о невозможности воссоединения Северного и Южного Азербайджана. В ходе проходящих в Иране переговоров были обсуждены вопросы о посреднических усилиях этой страны в прекращении армянской вооружённой агрессии.
После этого совершивший 25 февраля визит в Баку министр иностранных дел Ирана Али Акбар Велаяти выступил с инициативой посредничества между Арменией и Азербайджаном. В дни визита были подписаны новые документы, предусматривающие расширение торгово-экономических и политических связей между Азербайджаном и Ираном. Однако посредничество Ирана оказалось нерезультативным. Сразу после этого визита армянские вооружённые отряды захватили пос. Ходжалы, убив при этом сотни мирных жителей. В Азербайджане ситуация осложнилась. Президент страны Аяз Муталибов ушёл в отставку.
Дипломатические отношения между Азербайджаном и Ираном были установлены только 12 марта 1992 года. Иран стал, таким образом, 19-й страной, установившей дипломатические связи с Азербайджаном.
Иран выдвинул свою первую посредническую инициативу в марте 1992 г., когда пригласил делегации высокого ранга из Армении и Азербайджана в Тегеран на переговоры. Обсуждались временное прекращение огня, снятие блокады Армении азербайджанской стороной, размещение сил наблюдателей и обмен военнопленными и телами погибших. 15 марта в Тегеране делегации подписали декларацию о разрешении конфликта. В качестве первого шага в мирном процессе было объявлено семидневное прекращение огня. 19 марта Генеральный секретарь ООН Бутрос Бутрос Гали направил послание министру иностранных дел Ирана, в котором дал высокую оценку ООН посредническим усилиям Ирана и выразил поддержку попыткам Ирана достичь мирного урегулирования.
7–8 мая в Тегеране при посредничестве президента Ирана, Акбера Хашеми Рафсанджани, Ягуб Мамедов и Левон Тер-Петросян подписали документ о прекращении огня. Тогда же велись военные операции по захвату и оккупации города Шуши. 8 мая город Шуша был захвачен армянскими войсками. Иранское правительство осудило оккупацию Шуши. Но по позициям Ирана как посредника был нанесён непоправимый удар. Сам факт того, что захват Шуши произошёл во время переговоров в Тегеране при посредничестве Ирана, дал почву для всяких измышлений, что Иран причастен к захвату Шуши армянскими войсками. Недруги Ирана начали по полной использовать данное обстоятельство в своей антииранской агитации с целью ослабить позиции Ирана в Азербайджане. И надо сказать, что достигли больших успехов в этом.
5 августа 1992 года было принято решение об учреждении в столице Исламской Республики Иран, городе Тегеране, посольства Азербайджанской Республики. Насиб Насибзаде был назначен чрезвычайным и полномочным послом Азербайджанской Республики в Исламской Республики Иран. Ему была присвоена степень чрезвычайного и полномочного посла.
18–20 августа 1992 г. состоялся первый официальный визит министра иностранных дел Азербайджанской Республики Тофика Гасымова в Иран, где был подписан протокол о сотрудничестве между министерствами иностранных дел двух стран. Была достигнута договорённость об открытии консульств Ирана в Нахичевани и Азербайджана в Тебризе. Были согласованы вопросы о подаче газа из Ирана в Азербайджан и о въезде-выезде через территорию Ирана в Нахичевань. Через некоторое время после визита, 26 августа, в городе Тебризе было учреждено генеральное консульство Азербайджана.
Однако отношениям между двумя странами предстояло пройти тяжёлые испытания. Направить отношения между двумя странами в нормальное русло не удавалось из-за безответственных выступлений некоторых стоявших у власти в Азербайджане лиц. Избрание президентом Азербайджана пантюркиста и туркофила А. Эльчибея, который проповедовал лозунг «Рус, фарс, ермяни – тюркюн дюшмянляри»465, не могло не сказаться негативно на отношениях между Азербайджаном и Ираном. Абульфаз Эльчибей надеялся на объединение двух Азербайджанов – бывшей советской республики и иранского региона – с центром в Тебризе. После своего избрания президентом уже в первых своих публичных выступлениях обвинил Иран в нарушении нейтралитета и косвенной поддержке Армении, а также отказался от миротворческих инициатив Ирана466. Позиция Баку держала в нервозном состоянии иранское руководство, не без основания опасавшегося всплеска националистических движений на севере страны, и заявления типа: «Иран – империя, а дни империи сочтены» – ещё более подогревали ситуацию. Эльчибей не скрывал своего желания объединить Северный и Южный Азербайджан. Острые разногласия существовали и в вопросе о роли религии в жизни обеих стран. Во время визита в Турцию в конце июня Эльчибей заявил, что его беспокоит то, что в Иране религиозный фанатизм и подвергаются преследованиям атеисты467.
Остаётся только удивляться недальновидности таких заявлений А. Эльчибея, президента республики, которая только что получила независимость и, кроме того, вела войну с Арменией. В тяжёлый момент для Азербайджана он своими крайне резкими высказываниями фактически добивается разрыва отношений с крупной приграничной державой.
В результате в отношениях между Азербайджаном и Ираном начался период выжидания и недоверия. А через некоторое время отношения оказались замороженными. Одновременно Армения начала активно развивать отношения с Ираном. В результате после прихода к власти Эльчибея на иранском направлении началось два противоположных течения: ухудшение азербайджано-иранских отношений и улучшение армяно-иранских отношений. Конечно, эти обстоятельства не могли не сказаться на позиции Ирана в Карабахской войне.
Потепление в азербайджано-иранских отношениях началось после прихода к власти Г. Алиева, который ещё во время руководства Нахичеванской Автономной Республикой установил конструктивные отношения с иранским руководством. В конце июля 1993 г. верховный руководитель Ирана аятолла Хаменеи посетил Тебриз – крупнейший и важнейший город в Иранском Азербайджане. С целью продемонстрировать ясную поддержку Ираном нового азербайджанского руководства он объявил, что Иран не останется безучастным при виде любых дальнейших посягательств на азербайджанские территории, и обрушился на армянскую политику: «Правительство Армении и карабахские армяне угнетают мусульман региона, и мы осуждаем последние действия карабахских армян при поддержке правительства Армении. Мы также ожидаем, что армяне в нашей стране осудят эти действия»468.
6 сентября 1993 года был подписан протокол о гуманитарной помощи Ирана Азербайджану. Иран увеличил размеры гуманитарной помощи азербайджанцам, ставшим беженцами и вынужденными переселенцами в результате военной агрессии Армении против Азербайджана. Необходимо отметить, что Иран оказывал помощь вынужденным переселенцам в Азербайджане с самых первых дней войны с Арменией. Организация «Хелал Ахмар» («Красный полумесяц») в Иране построила палаточные лагеря в районах Имишли, Саатлы и Билясувар. Организация обеспечивала проживающих в лагерях питанием и товарами первой необходимости. Организация «Имдад» («Помощь») имени аятолла Хомейни также оказывала помощь вынужденным переселенцам в Азербайджане. В сентябре 1993 года она построила 7 палаточных лагерей для 55 тысяч переселенцев на юге Азербайджанской Республики.
26–28 октября 1993 года делегация Ирана во главе с президентом страны Хашеми Рафсанджани совершила официальный визит в Азербайджан. Во время переговоров была подчёркнута необходимость снятия недоверия во взаимоотношениях. Президент Азербайджана указал на важность расширения и углубления всесторонних отношений между двумя братскими и дружескими народами. В переговорах были обсуждены вопросы, связанные с осуществлением проекта «Шёлковый путь».
Также Иран отправил группу своих военных советников и инструкторов для помощи в подготовке азербайджанской армии. При помощи Ирана руководство Азербайджана установило связь с премьер-министром Афганистана Г. Хекметияром, который отправил несколько тысяч своих бойцов для помощи Азербайджану.
24 января 1994 года Насиб Насибзаде был освобождён от должности чрезвычайного и полномочного посла в Иране. Новым чрезвычайным и полномочным послом в Иране был назначен Алияр Сафарли. Ему было присвоено звание чрезвычайного и полномочного посла.
17 марта 1994 г. над Нагорным Карабахом, близ города Ханкенди, ПВО армянских войск был сбит военно-транспортный самолёт C-130 военно-воздушных сил Ирана с семьями иранских дипломатов на борту. На борту самолёта находились семьи сотрудников иранского посольства в Москве, направлявшиеся в Тегеран на празднование Новруза. Иранское посольство в Москве заявило, что в результате авиакатастрофы погибли 32 человека: 19 пассажиров, включая 9 детей, и экипаж из 13 человек. Останки погибших во время крушения иранских граждан были вывезены в Армению и отправлены в Тегеран из ереванского международного аэропорта Звартноц. В опубликованном МИД Ирана официальном заявлении о результатах работы комиссии ВВС вина за уничтожение военно-транспортного самолёта возлагалась на армянские силы. В заявлении отмечалось, что «Иран оставляет за собой право подать иск и получить компенсацию для жертв катастрофы и призывает армянское руководство выявить и наказать виновных в уничтожении воздушного судна».
Между Арменией и Ираном возник дипломатический конфликт, который, однако, не имел дальнейшего продолжения и был улажен.
Вплоть до окончания Карабахской войны Иран уже не смог снова играть активную посредническую роль между Азербайджаном и Арменией. Но политика Г. Алиева по улучшению отношений с Ираном привела к том, что Иран стал занимать более сбалансированную позицию в Карабахской войне.
В целом Иран в Карабахской войне занимал проазербайджанскую позицию. Но грубые ошибки, допущенные после прихода к власти Эльчибея, фактически толкнули Иран к созданию более близких отношений с Арменией. После прихода к власти Г. Алиева азербайджано-иранские отношения нормализовались, но вывести их на уровень стратегического партнёрства так и не удалось в силу целого ряда причин: Баку всегда опасался, что близкие отношения с Ираном дадут основания обвинять Азербайджан в исламском фундаментализме, а Иран всегда настороженно относился к угрозе начала сепаратистского движения среди азербайджанцев в северном Иране. Эти обстоятельства тормозили развитие азербайджано-иранских отношений.
Именно политика Муталибова и Эльчибея, таившая серьёзную угрозу для России и Ирана, вынудила их занять проармянскую позицию в карабахском конфликте. Таким образом, провозгласив себя сторонниками турецкой модели, открыто заявив о своих антироссийских взглядах и, ко всему прочему, объявив о долгосрочном курсе на объединение азербайджанцев Ирана под флагом единого Азербайджана, власти в Баку только ускорили создание политического союза России, Армении и Ирана в противовес турецко-азербайджанской оси. Эти грубые внешнеполитические ошибки очень дорого обошлись молодому азербайджанскому государству.