Готовя в 1939 году нападение на Польшу, Адольф Гитлер надеялся, что связанные с ней договором о взаимопомощи Великобритания и Франция не решатся вступить в войну и останутся в стороне. Однако в августе Ройял Нейви начал мобилизацию. Экипаж «Худа» также укомплектовали резервистами до полного штата. 31 августа линейные крейсера «Худ» и «Рипалс» в сопровождении трех эсминцев направились патрулировать воды между Исландией и Фарерскими островами. 1 сентября на кораблях по радио получили известие о нападение Германии на Польшу, а 3 сентября – о вступлении Великобритании в войну. 5 сентября сигнальщики «Худа» заметили след «прошедшей рядом с бортом» неприятельской торпеды, но это сообщение оказалось ложным. На следующий день корабли вернулись в Скапа-Флоу, где приняли полный запас топлива, продовольствия и другого снабжения. На берег, в свою очередь, свозили ненужное в военное время имущество. С 6 по 12 сентября отряд в составе линейных крейсеров «Худ» и «Ринаун», легких крейсеров «Белфаст» и «Эдинбург», а также четырех эсминцев вновь отправился патрулировать между Исландией и Фарерскими островами с целью перехвата возвращающихся в Германию торговых судов. Одновременно таким способом пытались воспрепятствовать прорыву кораблей Кригсмарине в Атлантику.
После краткого отдыха 14 сентября линейный крейсер отправился в Лох Ю, где экипаж занялся чисткой бортов со шлюпок. 17 сентября на борту корабля побывали Первый лорд адмиралтейства Уинстон Черчилль и адмирал сэр Чарльз Форбс. На палубе под навесом устроили импровизированный кинозал, и гости вместе с экипажем посмотрели фильм.
Осмотр повреждений после бомбежки 26 сентября 1939 г.
22 сентября «Худ» вышел в море, чтобы прикрывать рейд в Скагеррак 2-й эскадры крейсеров и восьми эсминцев. Однако британские корабли попали в густой туман, что привело к столкновению эсминцев «Джевелин» и «Джерси». Руководство решило не рисковать, и отряд вернулся в Скапа-Флоу.
25 сентября отряд в составе линейных крейсеров «Худ» и «Рипалс», линкоров «Нельсон» и «Родней», авианосца «Арк Ройял», 18-й эскадры крейсеров и 10 эсминцев направился к Доггер-Банке, чтобы прикрыть возвращение поврежденной у Хорнс-рифа подводной лодки «Спирфиш», которая потеряла способность погружаться и была вынуждена идти через все Северное море в надводном положении. На следующий день «Худ» подвергся атаке четырех Ju-88. В кормовую часть левого борта корабля попала одна из сброшенных 250-кг бомб, к счастью не разорвавшись при ударе. Скользнув по булю, она сдетонировала уже в воде. Осколками выбило несколько десятков заклепок, и внутрь буля поступило немного воды. От вызванного взрывом сотрясения повреждения, не влияющие на боеспособность корабля, получили холодильники.
После возвращение в Лох Ю командующий флотом потребовал «как можно скорее подвергнуть переборке все главные холодильники». Выполнить это распоряжение удалось далеко не сразу. 7 октября на линейный крейсер нанес короткий визит король Георг VI, а на следующий день «Худ» вместе с «Рипалсом», легкими крейсерами «Аурора» и «Шеффилд», а также четырьмя эсминцами составили Соединение Е, которому предстояло перехватить у берегов Норвегии германские линкор «Гнейзенау» и легкий крейсер «Кельн». По пути британский отряд подвергся массированным атакам германской авиации, но плохая погода мешала пилотам противника, и они ограничились тем, что отбомбились лишь по кораблям эскорта. Но и англичане не смогли найти немецкие корабли, поэтому 11 октября «Худ» вместе с линкором «Нельсон» вернулись в Лох Ю.
Фотоснимок «Худа» сделанный с линейного крейсера «Рипалс»
С 15 по 31 октября «Худ» находился в водах между Шотландией и Исландией, прикрывая вместе с линкорами «Нельсон» и «Родней», авианосцем «Фьюриес», легкими крейсерами «Аурора» и «Белфаст», а также девятью эсминцами корабли так называемого Северного патруля, составленного в основном из вспомогательных крейсеров, имевших целью перехватывать возвращающиеся в Германию торговые суда, а также препятствовать прорыву немецких военных кораблей в Атлантику. Одновременно в компании с линкорами «Худ» занимался охраной конвоя из нескольких транспортов, перевозивших из Норвегии в Великобританию железную руду, а также участвовал в поисках американского торгового судна «Сити оф Флинт» (9 октября его захватил германский «карманный линкор» «Дойчланд» и теперь, управляемый немецкой призовой командой транспорт шел в пока еще нейтральную Норвегию). 30 октября британское соединение атаковала немецкая подводная лодка U-56. Она выпустила по линкору «Нельсон» три торпеды, две из которых ударили в корпус, но не взорвались.
31 октября «Худ» вернулся в Гринок, где на его борту вновь побывал Уинстон Черчилль. Затем со 2 по 9 ноября вместе с «Нельсоном» он снова патрулировал у Гебридских островов и в Норвежском море. 4 ноября британское соединение пыталось перехватить немецкий пароход «Нью-Йорк», а 6-7-го – участвовало в проводке первого Скандинавского конвоя (ON1).
13 ноября «Худ» наконец-то встал на ремонт энергетической установки, но 25 ноября неожиданно поступило известие о нападении на атлантический конвой немецких рейдеров и гибели вспомогательного крейсера «Равалпинди». Ремонт пришлось срочно прервать, и корабль в течении нескольких часов подготовили к выходу в море. В районе Бреста он присо единился к французской эскадре под командованием вице-адмирала Марселя Жансуля в составе линкора «Дюнкерк», легких крейсеров «Жорж Лейг» и «Монкальм» и двух эсминцев. Отряд безуспешно пытался перехватить немецкие корабли к югу от Исландии.
Линкор «Вэлиант»
13 декабря «Худ» вместе с линкорами «Бархэм» и «Уорспайт», а также шестью эсминцами снова вышел в море. Первоначально перед отрядом поставили задачу перехватить находящиеся, по сообщениям разведки, в Северном море немецкое соединение из трех легких крейсеров и пяти эсминцев. Однако эти данные оказались недостоверными, и британские корабли перенацелили на сопровождение первого войскового конвоя, следовавшего из Канады, в состав которого входили такие крупные лайнеры, как «Аквитания», «Эмпресс оф Бритн», «Эмпресс оф Острейлиа», «Монарх оф Бермуда» и «Дачесс оф Бедфорд», перевозившие 7,5 тыс. человек военнослужащих 1-й канадской дивизии.
23-24 декабря «Худу» вместе с легкими крейсерами «Глазго» и «Эдинбург» пришлось сопровождать следовавший в Финляндию с грузом вооружения (шла «Зимняя война») конвой DHN-6, а с 27 по 31 декабря – патрулировать в районе Гебридских и Шетландских островов.
В наступившем 1940 году «Худ» продолжил нести службу с прежней интенсивностью, постоянно выходя в море для патрулирования и охраны конвоев. Например, 16 февраля, совместно с линкором «Уорспайт», он участвовал в прикрытии действий эсминца «Коссак», взявшего на абордаж в норвежских территориальных водах германское судно снабжения «Альтмарк». Однако столь необходимый ремонт энергетической установки далее уже нельзя было откладывать, и 4 апреля работы наконец-то начались. Дефектные трубки в котлах и холодильниках частично заменили. Однако из-за слишком короткого (две недели) срока ремонта полностью привести в порядок энергетическую установку не удалось, и «Худ» мог развивать скорость не более 27 узлов. Кроме того, с корабля сняли все 140-мм противоминные орудия, приспособив их для целей береговой обороны. Вместо этого на спардеке дополнительно разместили три спаренных 102-мм зенитных установки Mk.XVI, а также пять злополучных ракетных установок UP.
Пока линейный крейсер находился в ремонте, часть экипажа (250 морских пехотинцев и моряков) успели принять участие в британской высадке в Норвегии. Отряд высадился в Адальснесе с борта шлюпа «Блэк Суон». В дальнейшем немецкое наступление в Арденнах заставило союзников эвакуировать свои войска из Норвегии. 2–6 мая экспедиционный отряд (за исключением трех раненых) вернулся на родной корабль.
С 12 по 16 июня «Худ», вместе с канадскими эсминцами «Скина», «Рестигуш» и «Сен Лоран», участвовал в проводке войскового конвоя US-3, в состав которого входили знаменитые трансатлантические лайнеры «Куин Мэри», «Мавритания», «Аквитания» и «Эмпресс оф Канада», перевозившие военнослужащих австралийско-новозеландского экспедиционного корпуса (АНЗАК). А уже 18 июня корабль направился на Средиземное море к своему новому месту службы.