Шведы рассчитывали отрезать Финляндию от Новгородских земель и этим подготовиться для покорения племени емь, занимавшего центральную часть Финляндии. Неудача подрывала военный авторитет шведов и действовала ободряюще на финские племена, боровшиеся против шведской экспансии. В середине 1240-х годов натиск племени емь даже сделал реальной угрозу полного изгнания шведов из Финляндии. В этой ситуации шведские завоеватели могли рассчитывать удержаться на финской земле только в случае покорения этого племени. Внутри королевства в это время установилось спокойствие, что способствовало организации большого похода в Финляндию.

Инициатором Крестового похода был папский легат в Прибалтике Вильгельм Сабинский. Под предлогом спасения от язычников католической церкви в Финляндии он приложил все усилия для того, чтобы поднять население Швеции на большой поход в финские земли.

То, что завоевательной экспедиции папским легатом был придан характер Крестового похода, во многом обеспечило ее успех.

Швеция в то время не имела постоянного войска, а для покорения еми требовались значительные силы. Участие церкви позволяло привлечь шведское рыцарство. Осенью 1249 года начался Второй шведский крестовый поход под командованием Биргера. Единственным источником сведений о ходе Крестового похода является «Хроника Эрика», в то время как другие шведские источники, а также русские летописи его не упоминают.

Войско крестоносцев после высадки направилось во внутренние области Финляндии. Не имевшие хорошего вооружения и военной организации, финны не могли долго сдерживать хорошо обученных и подготовленных шведов. К зиме 1250 года центральная Финляндия покорилась. Местные жители повсеместно принудительно приводились в христианскую веру. На случай восстания в главных стратегических пунктах Биргером были посажены шведские колонисты. В «Хронике Эрика» упоминается также замок, основанный после завершения похода. Была предпринята серия попыток отождествить этот замок или с замком Хаме, или с замком Хакойнен в центральной Финляндии, но оба они традиционно датируются более поздним периодом. Начиная с 1249 года источники обычно называют Финляндию частью Швеции. Среди шведских епископств Финляндское перечисляется с 1253 года. В русских летописях первое достоверное упоминание о финнах как покоренном шведами народе относится к 1256 году. Однако о ситуации в Финляндии в следующие несколько десятилетий нам почти ничего не известно. Причина этого в том, что с тех пор Финляндия управлялась из Турку, сожженного новгородцами в 1318 году вместе со всей административной документацией. На результате борьбы шведских завоевателей и еми сказалось не только военное превосходство рыцарей, но и отсутствие поддержки со стороны Новгородской земли. Русь в 1240-е годы подверглась нашествию монголов и попала под власть Золотой Орды. Все русские земли выплачивали дань и посылали дружины на помощь войску хана. Это стало причиной того, что новгородцы не имели сил продолжать борьбу за центральную Финляндию.

Отсутствовал в Новгороде и князь Александр Невский, который в 1247 году отправился к великому хану в Монголию и вернулся домой только тогда, когда племя емь уже было покорено шведами. В его отсутствие никто в Новгороде не смог организовать отпор шведской агрессии на земли, входившие в сферу новгородских государственных интересов. В результате похода Биргера шведские владения вплотную приблизились к коренным русским землям.

Поход ярла Биргера в 1249 году стал важнейшим успехом шведской завоевательной политики. Почти вся Финляндия оказалась в руках шведов. Позиции Швеции укрепились, ее территория расширилась по ту сторону Ботнического залива. Но важность захвата земель племени емь была не только в этом. Угроза землям, завоеванным и заселенным шведскими колонистами в Юго-Западной Финляндии, была ликвидирована.

Почти вся территория Финляндии в XIII веке оставалась практически неосвоенной. Жившие по принципам родовой общины саамы кочевали в полярной тундре, занимаясь охотой и рыболовством. Вытесненное с побережья Балтийского моря финское население сосредоточилось в южных внутренних районах: Тавастленде, Сатакунте, Саволаксе. Они стали нести в пользу завоевателей различные повинности и платить дань – мехами, зерном, а в дальнейшем и деньгами. В результате шведского господства в Финляндии происходит формирование дворянского и духовного сословий, в том числе и из туземного населения, а также увеличивается крупное частное (светское и духовное) землевладение. Также нельзя забывать о том, что завоевание земель племени еми было ударом по государственным интересам Новгорода. Это мнение высказано в конце рассказа о походе Биргера в «Хронике Эрика»: «Ту страну, которая была вся крещена, русский князь, как я думаю, потерял».

Неожиданным косвенным результатом похода стала потеря Биргером возможности получить шведскую корону. После смерти короля Эрика в 1250 году шведская знать, воспользовавшись отсутствием самого влиятельного ярла, выбрала новым правителем не его, а старшего сына – Вальдемара.