Григорий IX родился между 1145 и 1170 годами в Ананьи в знатной семье. Был родственником Иннокентия III. Григорий IX получил образование в университетах Болоньи и Парижа.

В 1206 году возведен в сан кардинала-епископа. В 1220 году стал кардиналом-протектором ордена францисканцев.

В 1227 году был избран папой. В 1231 году Григорий IX учредил папскую инквизицию и передал разбирательство дел еретиков в ведение Доминиканского ордена. Григорий IX продолжил политику Иннокентия III по насильственной христианизации. В 1232–1234 годах он призвал к Крестовому походу против штедингов[21], в 1237 году организовал Крестовый поход в Финляндию.

Григорий IX вступил в конфликт с императором Фридрихом II.

По восшествии на престол Фридрих II дал обет отправиться в Крестовый поход, однако был вынужден вернуться из него, не достигнув цели, из-за начавшейся эпидемии. За это Григорий IX отлучил Фридриха II от церкви, и отлучение не было снято даже тогда, когда Фридрих сумел договориться с мусульманами о передаче Иерусалима христианам (Шестой крестовый поход 1229 года).

Вернувшись из похода, Фридрих II напал на Григория IX. Хотя стороны и смогли прийти к перемирию, в 1239 году конфликт вспыхнул вновь, поскольку Фридрих II вмешался в итальянские дела и разгромил Ломбардскую лигу. Григорий IX вновь отлучил Фридриха от церкви, но созвать собор для осуждения императора папа не смог.

На протяжении всего своего понтификата Григорий IX вел борьбу с гибеллинами в Риме, которые выступали за ограничение светской власти папы и организацию в Риме республики. Григорий IX придерживался идеи о том, что иудеи должны оставаться в вечном рабстве. В 1239 году Григорий IX приказал конфисковать все рукописи Талмуда и сжечь их. При Григории IX были составлены пять книг папских декреталий, которые дополнили «Декрет Грациана».

В булле от 24 ноября 1232 года папа римский Григорий IX просил орден направить войска, чтобы защитить наполовину языческую Финляндию, крещение которой проводили шведские епископы, от колонизации ее новгородцами.

В этот период орден меченосцев объединился с Тевтонским орденом.

Григорий IX умер в Риме 22 августа 1241 года.