Под Прусским крестовым походом традиционно понимают серию кампаний балтийских крестоносцев, главным образом рыцарей Тевтонского ордена, проводимых с целью покорения и христианизации языческих балто-славянских племен пруссов под эгидой буллы папы Гонория III.
Тевтонцы были призваны на помощь поляками после неудачных военных походов польских князей против соседей на востоке и многочисленных набегов пруссов на пограничные польские земли. В 1230 году крестоносцы начали военные кампании против пруссов. К концу века, преодолев сопротивление пруссов и подавив ряд бунтов и мятежей, крестоносцы установили полный контроль над Пруссией.
Папа Гонорий III (1150 – 18 марта 1227) был епископом Рима Ченсио Савелли. В 1197 году он стал наставником молодого Фридриха II. Избранный папой в 1216 году, он принял имя Гонорий III и с 18 июля 1216 года до своей смерти был руководителем католической церкви и правителем Папской области. Как Папа он работал над продвижением Пятого крестового похода, который планировался еще при его предшественнике. Гонорий неоднократно призывал короля Андрея II из Венгрии и императора Фридриха II выполнить свои клятвы и участвовать в Крестовых походах. Он также одобрил недавно образованные доминиканские и францисканские религиозные ордены. Христианские государи Европы не раз предпринимали попытки христианизации воинственных прусских племен. В 997 году польский король Болеслав I послал чешского епископа Адальберта Пражского с миссией в Пруссию. Миссия обернулась провалом, а Адальберт был убит. Его последователь, Бруно Кверфуртский, также был убит пруссами в 1009 году. Поляки вели непрерывные войны с прусскими племенами в течение двух веков. Целью поляков было подчинение прусских земель с последующей их полонизацией. Пруссы со своей стороны совершали непрерывные грабительские набеги на приграничные польские территории, в частности Мазовию и Хелминскую землю. Многие пруссы лишь номинально принимали крещение и вновь возвращались к своей традиционной вере после окончания очередного конфликта. В 1166 году в бою с пруссами погиб польский князь Генрих Сандомирский.
Грандиозные, но крайне неудачные походы в Пруссию совершали короли Болеслав IV и Казимир II. Походы против Самбии, населенной прусскими племенами самбов, организовывал датский король Вальдемар II.
В 1206 году цистерцианский епископ и миссионер Христиан Прусский, поддерживаемый датским королем и польскими князьями, получил неожиданно теплый прием в разоренной войной Хелминской земле. Ободренный своими успехами, он отправился в Рим, чтобы уговорить папу послать в языческие земли более крупную христианскую миссию. Вернувшись, он, к своему удивлению, отметил, что все его предыдущие успехи в христианизации язычников были сведены на нет: озлобленные набегами рыцарей-меченосцев и постоянной угрозой со стороны польских князей, пруссы отвернулись от христианства, убили крещеных соплеменников и разорили пограничную Хелминскую землю, Мазовию и Восточное Поморье, осадив Хелмно и Любаву.
В марте 1217-го папа римский Гонорий III издал буллу с призывом к христианским рыцарям организовать экспедицию против этих самых пруссов. Обещанные льготы – те же самые, что и для участников Крестовых походов в Палестину. Крестоносцы – польские и германские – собирались не слишком охотно. Готовиться к походу начали только в 1219 году, а выступили так и вообще в 1222-м.
Крестоносцы почти 100 лет завоевывали достаточно небольшую территорию. Помимо жестокости и резни происходил и параллельный процесс: строились крепости, замки и города. В новые поселения прибывали немецкие колонисты, неся свою культуру.
Земли Пруссии были полностью покорены Тевтонским орденом. Скоротечные восстания местного населения, имевшие место в 1286 и 1295 годах, были жестоко подавлены. Крестоносцы твердо удерживали захваченные территории. Покоренные пруссы насильственно обращались в христианство, несогласные просто истреблялись; любые проявления язычества подвергались жесточайшим преследованиям. Начался процесс заселения прусских земель немецкими колонистами, которые селились около основанных рыцарями замков. Эти замки и возникшие под их защитой города послужили главными опорными пунктами германизации коренного населения. Прусское население сохранило часть своих обычаев и прав. Права крещеного населения были подтверждены и регулировались Христбургским договором, подписанным еще в 1249 году между орденом и языческими племенами, однако после многочисленных восстаний эти права даровались лишь представителям местной племенной верхушки. Уцелевшие покоренные пруссы постепенно ассимилировались среди германоязычного населения орденских земель. Племенная знать на язык завоевателей перешла примерно к исходу XIV века, но сельское население еще долго оставалось этнически прусским (за исключением северных и южных областей будущей Восточной Пруссии).