Осенью 1806-го турки объявили о запрете прохода через Босфор и Дарданеллы военных кораблей под Андреевским флагом, на проход же торговых судов были наложены существенные ограничения. Были также турецким султаном заменены прорусские господари Молдовы и Валахии. Кстати, каждая враждебная по сути турецкая внешнеполитическая акция была синхронно связана с успехами французских войск в Европе.
Русское правительство, опасаясь захвата Дунайских княжеств французскими войсками, высадившимися в Далмации, в ноябре-декабре 1806 года ввело в них войска под командованием генерала Михельсона.
Иван Иванович Михельсон был опытный служака, участвовавший во многих кампаниях (например, в Семилетней и русско-шведской войне). К концу ноября русские войска заняли Молдавию и Валахию, но турецкие гарнизоны упорно держались в многочисленных и достаточно мощных здешних османских крепостях. При этом часть вверенных ему подразделений была изъята из подчинения и переброшена в Пруссию, так что Михельсон располагал к указанному периоду не более чем 40 тысячами солдат при 144 орудиях. У турок было в районе Дуная, по разным оценкам, от 50 до 80 тыс. человек. Причем в эту численность входили и гарнизоны турецких крепостей и опорных пунктов на Дунае.
В ноябре 1806 года русские войска перешли Днестр и начали планомерно занимать города. Крепости Яссы, Бендеры, Аккерман, Галац были сданы турками без какого-либо сопротивления. 12 декабря отрядом генерала Милорадовича был взят Бухарест. Формально война еще не была объявлена, и турки предпочитали не ввязываться в открытые боестолкновения. На левом берегу Дуная османы контролировали теперь только три достаточно сильные крепости: Измаил, Журжа и Браилов.
Умело манипулируя настроениями турецкой верхушки, играя на их желании взять реванш и одновременно раздавая щедрые обещания, французский посол Себастьяни сумел настоять, чтобы 18 (30) декабря 1806 года султан Селим III объявил Российской империи войну. На данном этапе планы Франции ввергнуть своего самого сильного сухопутного противника в еще один конфликт увенчались успехом.
Общая численность турецкой армии к началу войны достигала 266 тыс. регулярных войск и более 60 тыс. иррегулярных. Конечно, на будущем театре войны находилась только часть этих внушительных сил. Турецкий флот был весьма неплох в техническом и довольно значителен в количественном отношении. Он состоял из 15 линейных кораблей, в большинстве своем французской постройки, 10 фрегатов, 18 корветов и более ста кораблей иных классов. Главные силы флота были сосредоточены в Мраморном море.
Русский Черноморский флот после периода славных ушаковских побед находился в несколько запущенном состоянии. Виновником такого положения считали тогдашнего главного командира Черноморского флота и будущего морского министра вице-адмирала де Траверсе. К началу войны с Турцией Черноморский флот под его командованием насчитывал шесть линейных кораблей, пять фрегатов, два брига и около 50 канонерских лодок.
Важнейшим обстоятельством, облегчающим положение относительно немногочисленного Черноморского флота, было наличие к началу войны в Средиземноморье эскадры под командованием адмирала Сенявина. Направленная сюда в комплексе мер, принятых Россией в рамках Третьей антифранцузской коалиции, корабельная группировка Сенявина должна была действовать против военно-морских сил Франции и ее союзников. Оперативной базой для русских кораблей являлись Ионические острова. Силы Сенявина были достаточно внушительными: 16 линейных кораблей, семь фрегатов, семь корветов, семь бригов и около 40 других судов. Именно такой состав имела средиземноморская эскадра после прихода с Балтики отряда капитан-командора И.А. Игнатьева – подкрепления, которое получил Сенявин к началу боевых действий. Имелся также экспедиционный корпус сухопутных войск, дислоцирующийся на Ионических островах, и 3 тыс. вооруженных ополченцев из местного населения.
В феврале 1807 года русская эскадра вице-адмирала Д.Н. Сенявина, находившаяся около острова Корфу, начала военные действия и в июне 1807-го в Афонском и Дарданелльском сражениях разбила османский флот. Однако для полной победы над турками у России явно не хватало сил, война затягивалась. Образовался замкнутый круг: война с французами в Западной Европе не давала быстро выиграть русско-турецкую войну, а последняя отвлекала силы и не давала успешно сражаться с Наполеоном в Европе. На Дунае турецкие войска потерпели ряд поражений и отошли за Дунай.
После заключения Тильзитского мира 1807 года между Францией и Россией Наполеон, согласно условиям договора, выступил посредником в заключении мира между Россией и Турцией. В августе 1807-го было заключено перемирие, продолжавшееся до марта 1809-го.
Весной 1809 года 80-тысячная русская армия под командованием фельдмаршала А.А. Прозоровского (с августа 1809-го – генерала П.И. Багратиона) начала действия против турецких крепостей, овладела Исакчей, Тулчей, Бабадагом, Мачином, Измаилом, Браиловом и осадила Силистрию, но в октябре была вынуждена снять осаду, вследствие движения к Силистрии 50-тысячной турецкой армии.
В феврале 1810 года главнокомандующим русской Дунайской армией был назначен генерал-лейтенант Н.М. Каменский. В мае русская армия переправилась через Дунай и овладела крепостями Пазарджик, Силистрия и Разград, а в июне осадила Шумлу. Штурм Рущука (Русе) в июле окончился неудачей.
Турецкий главнокомандующий Юсуф-паша попытался разбить русские войска под Рущуком, но потерпел поражение при Батине (в августе), а Рущук и Журжа капитулировали.
В начале 1811 года Дунайская армия была ослаблена переброской части войск на западную границу. Назначенный в марте 1811 года главнокомандующим генерал М.И. Кутузов сосредоточил немногочисленные силы (45 тыс. человек) на основных направлениях. В июне 60-тысячная армия Ахмет-паши начала наступление на Рущук, но Кутузов, имея всего 15 тыс. человек, отразил удар противника, а затем отвел войска за Дунай.
В конце августа Ахмет-паша переправился через Дунай и сосредоточил 35 тыс. человек на левом берегу. В октябре русский 10-тысячный корпус переправился западнее Рущука на правый берег Дуная. Главные силы турок, находившиеся на левом берегу, оказались окруженными в районе Слободзеи и капитулировали 23 ноября (5 декабря).
В октябре были начаты мирные переговоры, завершившиеся благодаря дипломатическому искусству Кутузова подписанием 16 (28) мая Бухарестского мирного договора 1812 года, который зафиксировал присоединение Бессарабии к России.