Название XVIII—XIX веков.

Переулок назван по монастырю Воздвижения Честного Креста Господня, называвшегося также Крестовоздвиженским и просто Воздвиженским.

После упразднения Воздвиженского монастыря (см. Воздвиженка улица) его храм стал приходским. Церковь, построенная в начале XVIII века, находилась на углу Воздвиженки и Крестовоздвиженского переулка, в ней сохранялись стенопись и древние иконы.

Крестовоздвиженская церковь была снесена в 1934 году.

Крестовоздвиженский переулок в 1957 году был переименован в переулок Янышева в память М.П. Янышева (1884—1920) – большевика, члена МК, председателя Московского революционного трибунала.