Название XVI—XVII веков.
Переулки названы по Казенной слободе.
Казенная слобода объединяла в себе целый ряд слобод ремесленников разных профессий и служилых людей, обслуживавших царский двор. Тут же находились склады казенного имущества. Это самая большая слобода в Москве, которая находилась в ведении Казенного приказа (отсюда ее название). Казенная слобода занимала значительную территорию; среди современных переулков, находящихся на ее месте, два – Большой и Малый Казенные – сохранили память о ней.
В Малом Казенном переулке до революции находилась Полицейская больница для бесприютных, в казенной квартире при ней жил и умер известный врач-гуманист Ф.П. Гааз (1780—1853), он служил главным врачом московских тюрем и все свои силы и средства тратил на заботу о бедняках и арестантах. В 1909 году перед больницей установлен памятник Гаазу, на котором высечен знаменитый призыв доктора к людям: «Спешите делать добро!»

Большой Казенный переулок. Елизаветинская гимназия
Большой Казенный переулок в 1957 году переименован в переулок Аркадия Гайдара. Известный советский детский писатель А.А. Гайдар (Голиков) (1904—1941) жил в этом переулке в доме 8 в 1937—1941 годах.
Малый Казенный переулок в 1958 году переименован в переулок Мечникова. И.И. Мечников (1845—1916) – академик, бактериолог; в переулке находится Московский научно-исследовательский институт вакцин и сывороток имени И.И. Мечникова.