Название начала XIX века.
Переулок назван по фамилии домовладельца.
Этот переулок, как и все московские переулки, образовался из проезда между двумя владениями. Произошло это в середине XVIII века. Поначалу и, видимо, довольно долго он не имел никакого названия, потому что именно отсутствие названия дало ему имя Безымянный, о чем сообщает А.А. Мартынов. В 90-е годы XVIII века переулок получил название по домовладельцу– полковнику Николаю Ивановичу Сабурову, ничем особенным себя не проявившему. Зато в старых московских преданиях сохранилась память о его матери, которая, опасаясь за свое голландское столовое белье, не доверяла русским прачкам и дважды в год отправляла его стирать в Голландию. Однако название Сабуровский просуществовало недолго, едва ли десятилетие, потому что с начала XIX века переулок на планах города уже назван Скарятинским.
Среди домовладельцев переулка А.А. Мартынов обнаружил поручика В.М. Скарятина, это позволило ему утверждать, что переулок назван «по дому поручика». Название оказалось устойчивым, потому что дом принадлежал нескольким поколениям Скарятиных.
Из московских Скарятиных первой половины XIX века наиболее известен и интересен Федор Яковлевич – приятель А.С. Пушкина. Есть упоминания о нем в письмах поэта: на масленицу 1831 года они вместе катались на тройках. Восемнадцатилетний юнкер Ф.Я. Скарятин (1806– 1833) привлекался по делу декабристов: «членом тайных обществ не был, но от Ф.Ф. Вадковского знал об их существовании». В наказание ему было зачтено пребывание на петербургской гауптвахте, затем он был отправлен в полк под надзор, в 1826—1828 годах учился в школе гвардейских юнкеров, после ее окончания служил адъютантом при московском генерал-губернаторе. Скарятин был художником-любителем, одним из основателей Московских художественных классов, которые впоследствии были преобразованы в Московское училище живописи, ваяния и зодчества. Умер Ф.Я. Скарятин в Москве, похоронен на Ваганьковском кладбище. Скарятинский переулок имеет прямое отношение к биографии А.С. Пушкина: на его углу с Большой Никитской в одноэтажном домике, окруженном хозяйственными постройками, жили Гончаровы, и сюда, будучи женихом Н.Н. Гончаровой, он часто приезжал.
В 1960 году Скарятинский переулок был переименован в улицу Наташи Качуевской – в память студентки, ушедшей в начале Отечественной войны добровольно на фронт и погибшей в 1942 году.
Историю этого переименования рассказал литератор Илья Окунев («Московская правда», 6 сентября 1994 г.). Она развивалась как раз в те времена, когда высшие партийные инстанции потребовали ликвидировать в Москве все названия, связанные с церковной тематикой и фамилиями «прислужников царского режима», то есть домовладельцев. «В бытность свою студентом, – рассказывает Илья Окунев, – занимаясь на филологическом факультете МГУ, однажды, роясь в старых книгах, я обнаружил, что Скарятин, по фамилии которого был назван переулок, соединяющий улицу Воровского и Никитскую, не только владел здесь домом. Он прославился тем, что был реакционным публицистом, редактором крепостнической газеты «Весть» и к тому же сотрудником 3-го отделения. Его бойкому перу принадлежала статья «О табунных и некоторых других свойствах русского человека». Поэт Шумахер, современник Скарятина, тогда же заклеймил автора этого позорного трактата краткой, но выразительной строкой в стихотворении «Клеветникам России»: «Скарятин стабунит народ». Это библиографическое открытие побудило меня обратиться в Моссовет с предложением переименовать переулок. Снять с него имя мракобеса и присвоить имя Наташи Качуевской».
К сожалению, И. Окунев в своем гневе на реакционного публициста В.Д. Скарятина не обратил внимания, что тот был петербуржцем, в Москве не жил, да и переулок еще до его рождения назывался Скарятинским.
В 2005 году название «Улица Наташи Качуевской» дано новой улице в Восточном административном округе.