Эта проблема является самой значительной. Оценивая наследуемость при сравнении выборок однояйцовых и разнояйцовых близнецов, психогенетики делают критическое допущение: среда, в которой росли два типа близнецов, не имеет систематических отличий и, таким образом, любые расхождения между двумя группами связаны с различиями не среды, (такими как воспитание, реакция ровесников или школьных учителей и т. д.), а исключительно зиготности.

Однако имеются достаточные и неопровержимые свидетельства того, что это предположение неверно и что к однояйцовым и разнояйцовым близнецам относятся не настолько одинаково (Joseph, 2015). Сейчас широко признано, что согласно доказательствам предположение об одинаковой среде неверно: в более схожей среде растут однояйцовые близнецы. Простым примером может служить их внешность. Многочисленные исследования демонстрируют, что на то, как мы реагируем на тех или иных людей, значительно влияет их физическая привлекательность. Привлекательных людей чаще считают приятными, и они чаще бывают успешными, чем непривлекательные (Etcoff, 1999). Поскольку однояйцовые близнецы выглядят совершенно одинаково, их привлекательность в одинаковой степени влияет на отношение к ним, в то время как на разнояйцовых близнецов, чья внешность не идентична, реагируют по-разному. Получается, что в свете результатов исследований ПГЧ более значительное совпадение психических свойств однояйцовых близнецов по сравнению с разнояйцовыми, весьма вероятно, связано с влиянием внешнего сходства на отношение к ним, а не с генетически наследуемыми различиями в психике.

Тот факт, что предположение об одинаковой среде может быть необоснованным, делает данные о наследуемости ненадежными. Это не сводит на нет результаты исследований близнецов в целом (это делают результаты исследований ПГЧ), но обусловливает неизвестную степень влияния на уровень совпадения, лежащий в основе метода исследования близнецов.