В 1865 года в составе Оренбургского генерал-губернаторства была образована отдельная Туркестанская область. Само название области символизировало тот факт, что Российская империи окончательно пришла в Центральную Азию и стала одним из ее владельцев — наряду с Кокандом, Бухарой и Хивой. В том же 1865 году российскими войсками под руководством генерал-майора и начальника области Михаила Черняева был захвачен крупный торговый город Ташкент, который после дебатов в Петербурге о возможности создания в нем отдельного протектората был все же включен в состав империи и стал центром российского присутствия в регионе. Воодушевленный победами Черняев готов был продолжать поход в Бухару и Коканд, но вскоре был отозван в Петербург.
В 1867 году, после завоевания еще нескольких кокандских и бухарских городов, вместо области было создано Туркестанское генерал-губернаторство с собственными административными институтами. Согласно принятому тогда же временному положению, край был разделен на две области — Семиреченскую и Сырдарьинскую, с уездными подразделениями. Система управления в российском Туркестане была военно-народной. Это означало, что генерал-губернаторство подчинялось Военному министерству и основные административные позиции — включая уезды и города — занимали военные, исполнявшие гражданские функции. «Народные» черты этой системы заключались в том, что самые низшие административные единицы — сельские общества и волости — управлялись выборными представителями из числа местных жителей, которые имели отдельную судебную систему, устроенную по шариату или обычному праву, за исключением некоторых сфер, напрямую контролировавшихся российской судебной системой.
Генерал-губернатором нового административного образования и командующим Туркестанским военным округом был назначен 49-летний генерал-адъютант и генерал-лейтенант (с 1874 года — инженер-генерал) Константин фон Кауфман. Он принадлежал к немецкой династии, принявшей российское подданство и православие, более десятка лет служил на Кавказе и участвовал в военных сражениях с войсками имама Шамиля и армией Османской империи. Состоя в свите императора, он был близко знаком с Александром II, а будучи директором канцелярии Военного министерства, являлся доверенным лицом влиятельного военного министра Милютина. Доверительные личные отношениями с Петербургом давали Кауфману возможность во многом самостоятельно определять политику, в том числе внешнюю, относящуюся к Туркестанскому генерал-губернаторству, и лоббировать свои планы, часто минуя формальные согласования c петербургскими министрами. Его статус был известен и мусульманским правителям центральноазиатских государств, которые называли генерал-губернатора «ярым-падишахом», то есть «полуцарем».
Кроме Кауфмана политику в Туркестанском крае определяли еще несколько военных. 48-летний генерал-лейтенант Герасим Колпаковский стал военным губернатором Семиреченской области и заместителем Кауфмана на периоды его отъезда из края. И хотя у него отсутствовало высшее военное образование, за его плечами был огромный опыт жизни и деятельности в Центральной Азии, он служил еще с 1850‑х годов. 44-летний генерал-майор (с 1873 года — генерал-лейтенант) Николай Головачёв был назначен военным губернатором Сырдарьинской области. В 1873 году 32-летний генерал-майор Виталий Троцкий занял должность начальника штаба Туркестанского военного округа. Вышеперечисленные, а также некоторые другие военные чиновники и принимали основные решения в повседневной жизни и текущей ситуации в Туркестанском генерал-губернаторстве на рубеже 1860–1870‑х годов.
Высокая степень самостоятельности туркестанских чиновников была обусловлена рядом обстоятельств. Прежде всего это удаленность региона от Центра и даже относительная удаленность Ташкента от основных областных и уездных центров в самом Туркестане. Вся коммуникация происходила по почтовым трактам и требовала продолжительного времени, не говоря о безопасности перемещения по местностям с не всегда доброжелательным населением. В ситуациях, когда действовать и реагировать приходилось стремительно и обстоятельства менялись буквально с каждым часом, согласовывать каждый шаг с вышестоящим начальством, тем более с центральным правительством, не представлялось возможным, поэтому многие решения утверждались или отвергались задним числом, что вносило путаницу в распоряжения военных и чиновников разных уровней. Только в 1873 году в Ташкент была проведена телеграфно-проводная связь, и контроль за принятием решений из Петербурга стал более быстрым и интенсивным.
Но более важная причина заключалась в том, что далекая окраина, хотя и была включена в состав Российской империи, находилась фактически на чрезвычайном положении. Центральная Азия была с точки зрения россиян абсолютно чуждым в религиозном, культурном и языковом отношении миром. Не просто чуждым, но и враждебным, так как мусульмане считались отсталыми и жестокими фанатиками и потенциальными союзниками извечного врага России — Османской империи. Только что ставшие — не вполне по своей воле — российскими подданными жители региона рассматривались, таким образом, в качестве постоянной угрозы. Туркестанское генерал-губернаторство было со всех сторон окружено мусульманскими государствами, которые относились к россиянам как нелегитимным захватчикам и неверным (кафирам). Наконец, близкое соседство с Китаем, Британской Индией и находившимся под протекторатом Британии Афганистаном дополняло картину глобальных опасностей и одновременно предоставляло почву для самых фантастических и, как казалось, реальных проектов новых походов. При таком внутреннем и внешнем положении законы и правила, действовавшие во внутренних губерниях Российской империи, как и система международных договоров по аналогии с Европой, не могли распространяться на Центральную Азию. Необходимые правила и неформальные отношения с местными жителями и элитами, в том числе с китайскими и британскими партнерами-соперниками, нужно было вырабатывать на месте — путем внимательного изучения, наблюдения, контакта, проб и ошибок. Это предполагало самостоятельность и инициативу военных наместников в Туркестане, действовавших не дожидаясь инструкций чиновников из Петербурга, где слабо представляли себе здешнюю обстановку.
Туркестанский край на рубеже 1860–1870‑х годов не был ни доходным экономическим предприятием, ни территорией, привлекательной для колонистов-переселенцев; экономическое освоение региона россиянами только-только начиналось. В тот момент это была фактически военная база. Две трети государственных расходов, которые приходились в этот период на Туркестан, предназначались на содержание войск и военное управление: большинство россиян здесь были военными, военными чиновниками, составлявшими новую управленческую бюрократию, или бывшими военными, которые после увольнения оставались там в качестве своеобразного военнообязанного резерва. К гражданским лицам относились семьи военных и бывших военных, некоторые государственные или частные служащие, немногочисленные предприниматели и их работники, причем в особых случаях и их могли поставить под ружье. Шла постоянная ротация российского населения: одни приезжали — другие уезжали. Россияне жили в отдельных поселениях — «русских» городах или кварталах — рядом с «туземными» городами. Такие поселения или городские кварталы включали казармы, военно-хозяйственные постройки и жилые кварталы вокруг крепостей, которые должны были служить защитой от нападений внутреннего и внешнего врага. В небольших городах часто вовсе не было гражданских людей — только военные чиновники и военные, представлявшие здесь российскую власть.
Основной мотивацией россиян в Туркестане, помимо исполнения приказов, были желание отличиться в военных походах, заработать награды, чины и славу. Многие офицеры делали в Центральной Азии стремительную карьеру и потом переезжали в другие регионы Российской империи, а самые удачливые из них — в Петербург. Дополнительным плюсом для россиян, оказавшихся в постоянно воюющем регионе, была возможность легально или нелегально заработать, в том числе грабежом местного населения во время военных действий, на что начальство закрывало глаза, а то и вовсе поощряло. Военные чиновники, пользуясь бесконтрольностью, могли также заработать присвоением казенных денег или незаконными поборами с местного населения. Об этом знали в Петербурге и в канцелярии генерал-губернатора, время от времени проводились расследования и наказывались виновные, но это не предотвращало новые нарушения, покуда регион представлял собой серую зону с военным режимом вместо полноценной и умиротворенной территории империи. О дурной славе Туркестана того времени можно судить по роману Михаила Салтыкова-Щедрина «Господа ташкентцы».