Крах СССР и отказ от марксизма в качестве официального ориентира привел не к пересборке исторического нарратива вокруг новых идей, а к дальнейшей фрагментации на множество разных интерпретаций истории. Хотя завершение советской эпохи рассматривается часто как распад империи, антиколониальная риторика, став объяснительной моделью, вовсе не превратилась в господствующую аналитическую рамку. Для многих российских политиков и историков отказ от обязательной марксистской лексики, напротив, стал толчком к возвращению нарративов о славе, могуществе и цивилизационной миссии Российской империи, ее особом пути, что означало окончательное расставание с антиколониальными посылами. Не стала антиколониальная тема преобладающей и в политике памяти новых национальных государств, которые выкристаллизовались из бывших центральноазиатских республик. Включение в глобальный мир с новыми возможностями и зависимостями, сложная внутренняя структура местых обществ и многовекторная внешняя политика создали неопределенность и незавершенность и даже хаотичность в идеологических взглядах на имперское и советское прошлое.
В российской исторической науке наблюдается несколько концептуальных траекторий. Одна из них — продолжение позднесоветской формулы: завоевание было не завоеванием, но присоединением Центральной Азии, жертвы и насилие если и были, это не стоит смаковать, так как последующее экономическое и социальное развитие с лихвой компенсировало потери и принесло в регион современность, капитализм, просвещение и национальную идею. Вторая вернулась к имперскому языку и попыталась его реконструировать: не надо стесняться прежних завоеваний, они были, были громкие и славные победы, были герои; все империи в это же самое время расширяли свои территории захватами и походами, и Российская не была исключением: завоевания в Центральной Азии были ее законным правом как мировой державы, которая не могла терпеть «отсталые» и «дикие» народы у своих границ и не должна была допустить близко к своим рубежам конкурентов. Заново, хотя и непублично, установленный памятник Скобелеву в Москве символизировал эту имперскую преемственность. Третья траектория воссоздает язык «школы Покровского» с антиколониальной критикой: Россия всегда была империей, несла соседям насилие и подчинение, а завоевание Центральной Азии было, при всех последующих позитивных изменениях, прежде всего злом. Из этих трех трактовок последняя, хоть и сохранила легитимность в 1990-е годы, не стала доминирующей и скорее находится в тени первых двух. Первая же, советскообразная концепция, очищенная от остатков марксизма, входит в официальные тексты учебников и государственных изданий, вторая, имперскообразная — распространилась больше в популярной литературе и российском интернет-пространстве.
Примером второй траектории можно назвать изданную в 2010 году книгу востоковеда Евгения Глущенко «Россия в Средней Азии», где целая глава посвящена «ликвидации Кокандского ханства». Две трети главы посвящены поездке Скобелева в Коканд в июле и интриге его отношений с Колпаковским, само же завоевание описано без подробностей, а, например, Пулатхан в ней и вовсе отсутствует. Историк рисует портрет «недалекого», «алчного» и жестокого Худаяра, политика которого, несмотря на предостережения российских политиков, привела к мощному «антиханскому движению». «Как это всегда бывает на мусульманском Востоке, социальный протест приобрел религиозную окраску <…> Во всех трудностях кокандского населения были объявлены виновными русские». Худаяр бежал, а кокандские «участники газзавата» вторглись в пределы Туркестанского края, желая отбить у русских Ташкент и другие бывшие кокандские земли, «расчленить и отрезать Туркестанский край <…> от России»; повстанцы убили россиян и напали на Ходжент, так началась «Кокандская война». Малочисленные русские отряды в ответ разбили кокандцев под Махрамом.
Глущенко спорит с Халфиным, который утверждал, что народные массы не хотели воевать с русскими: «Во-первых, крови эти массы пролили изрядно, а во-вторых, если бы цели были им чужды, они не собрались бы в таком количестве и не двинулись бы в русские пределы <…> Были массовый фанатизм и эксзальтированность, стремление к наживе». После заключения договора с Кауфманом «мятеж вспыхнул вновь». «В последние месяцы 1875 г. Скобелеву пришлось метаться из конца в конец Кокандского ханства, где один за другим вспыхивали мятежи»; автор даже называет экспедиции «карательными», упоминая «наказание» Андижана и Намангана: «Скобелев и его казаки жалости не ведали, кипчаки, со своей стороны, своим изуверством по отношению к русским пленным возбуждали ответную ненависть и жестокость казаков». Россияне в такой интерпретации действовали только в ответ.
Отличием этого постимперского нарратива стало отсутствие малейшей критики, которая была в имперское время у того же Терентьева, отсутствие упоминания о жертвах с кокандской стороны и описания жестокостей, которыми в имперское время гордились. Постимперская интерпретация, хотя и стремится оправдать завоевание Центральной Азии в XIX веке, не копирует полностью моральные аргументы той эпохи и пытается их частично переписать или цензурировать.
Распад СССР привел к тому, что прежний плотный, жесткий и мелочный контроль центра за историческими нарративами в подчиненных республиках сменился на более мягкое влияние Москвы на независимые государства Центральной Азии. Последние стали в большей мере ориентироваться на свою внутреннюю аудиторию и мнение третьих стран. Однако каждая страна по-прежнему преследует свои интересы и отображает свой взгляд на прошлое.
В Таджикистане тема завоевания Кокандского ханства не является приоритетной и не становится специальной темой для изучения в музеях, учебниках и научных трудах. Например, в «Истории таджикского народа», изданной в 2010 году, завоевание Центральной Азии названо именно «завоеванием» со всеми сопутствующими ему разрушениями, убийствами, грабежом, но все эти подробности опущены при описании событий 1875–1876 годов в Коканде, а война объяснена тем, что «молодой бесхарактерный извращенный хан потерял всякое доверие у населения и русских», впрочем, между строк читается и мотив «народного восстания против колониальных притязаний России». В Кыргызстане по-прежнему господствующей является точка зрения, что кыргызы противостояли Кокандскому ханству, поэтому официально доминируют истории, как северные и южные кыргызы, борясь с кокандцами, добровольно вошли в состав Российской империи. При этом второстепенная в событиях 1875–1876 годов фигура Курманжан-датки, связанная с историей заключения договора с россиянами, стала одной из ключевых в героическом пантеоне современного Кыргызстана: ей поставлено множество памятников, ее именем названы улицы, ей посвящаются фильмы и различные мероприятия. Одновременно вполне легально продолжают существовать антиколониальные нарративы, созданные в духе исследований советского периода, и попытки привлечь внимание к фигуре Пулатхана как защитника интересов кыргызов. Но последние пока остаются если не в оппозиции, то в подчиненном положении к очень осторожному в обращении с антиколониальной тематикой преобладающему историческому нарративу.
Такой относительно мягкий и примирительный тон в отношении российского завоевания объясняется рядом причин. Во-первых, советской инерцией, сложившейся в советское время дискурсивной традицией, которая овеяна авторитетом многих ученых и общественных деятелей. Во-вторых, нежеланием вступать в идеологическую конфронтацию с Россией, которая, хотя и не имеет прямых рычагов давления на исторические нарративы в странах Центральной Азии, по-прежнему ревниво следит за ними, пытаясь косвенно влиять на них и выражая обиду из-за нелояльного описания истории Российской империи. Побочным эффектом этих отношений с Россией является нежелание вносить смуту в собственное общество, поскольку в нем сохраняются русскоязычные сообщества, которые болезненно относятся к критике российской роли в регионе, воспринимаемой нередко как ограничение собственных прав. В-третьих, Кыргызстан и Таджикистан на протяжении нескольких десятилетий политически и идеологически дистанцировались от Узбекистана, рассматривая его как регионального соперника и гегемона и, соответственно, не хотели принимать на себя ответственность за Кокандское ханство, которое считается узбекским, и травматизировать его печальный конец. Все эти причины не носят неизменного характера. Отношения стран Центральной Азии между собой и с Россией меняются: то улучшаются, то ухудшаются, — на что историческая политика тоже реагирует достаточно чутко.
Наиболее противоречивая ситуация с исторической памятью о российском завоевании сложилась в Узбекистане. На рубеже 1980–1990-х годов там произошел разворот от прежней политики замалчивания темы завоевания Центральной Азии к политике ее публичного обсуждения. В 1990 году историк Хамид Зияев раскритиковал увлечение иследованиями прогрессивных последствий вхождения Центральной Азии в состав Российской империи, призвал «называть вещи своими именами» и вернуть термин «завоевание», а также отказаться от оценки событий 1873–1876 годов в Кокандском ханстве как реакционных.
В том же году появилась монография Хайдарбека Бабабекова «Народные движения в Кокандском ханстве и их социально-экономические и политические предпосылки (XVIII–XIX вв.)», в которой целая глава была посвящена «восстанию Пулатхана». Узбекский историк, подробно описывая события 1873–1876 годов, предложил собственную периодизацию. Сначала это было, по его мнению, антифеодальное возмущение кыргызов против кокандской верхушки и Худаярхана, к этому восстанию присоединилось оседлое население. В июле 1875 года началось «всеобщее народное восстание», у которого было два лагеря — сторонники Абдурхамана-автобачи и Пулатхана, назревала «гражданская война», и, чтобы предотвратить ее, был провозглашен «газзават против русских колонизаторов». В августе восставшие вторгаются на российскую территорию, местные жители поддерживают их, что Бабабеков считает «началом народно-освободительного движения». Он пишет, что «основной движущей силой были все слои населения. Идеологией было освобождение всей бывшей территории ханства и восстановление независимости». Царские войска нанесли поражение восставшим под Махрамом, и Кауфман вынудил подписать «на кабальных условиях» договор с Россией. «Если прежде определенная часть населения смотрела на К. П. Кауфмана как освободителя, дарящего мир и спокойствие, то после этого договора они поняли, чего стоил этот мир. Весь народ возмутился. Начинался новый этап восстания — общенародное освободительное движение», главной фигурой которого стал Пулатхан. Второй штурм Андижана в январе приводит к разгрому повстанцев и сдаче Автобачи, «историческая закономерность о предательстве феодалов в критические моменты народных восстаний еще раз подтвердилась». «Завершающим этапом народно-освободительного движения» были военные действия весной и летом против кыргызов. Бабабеков подытоживает: «Последний этап народного движения наглядно показал роль царизма как международного жандарма, который беспощадно подавлял восстание в бывшем Кокандском ханстве». Выводы этой работы были в 1990–2000-х годах повторены в целом ряде публикаций на узбекском и русском языках.
В постсоветский период в Узбекистане появилась целая серия работ, посвященных Кокандскому ханству и с разной степенью подробности упоминающих его завоевание. В этих исследованиях ставятся разные акценты. В одних обсуждаются причины поражения кокандцев; кто-то винит в этом Худаярхана, кто-то — Абдурахмана-автобачи и Пулатхана. В других публикациях, как в работе Бахтияра Бабаджанова «Кокандское ханство», изданной в 2010 году, больше внимания уделяется расколу местного общества на разные группы, борющиеся между собой за власть и по-разному оценивающие необходимость сопротивления завоевателям, и реже употребляются характеристики «антиколониальный» и «национально-освободительный». В третьих публикациях говорится о столкновении местных мусульман и российских завоевателей, часто в эмоциальной публицистической форме подчеркиваются последствия военного вторжения. Как писал историк Зияев в своей книге «Борьба в Туркестане против агрессии и господства России», опубликованной на узбекском языке в 1998 году, «[в] 60–70-е годы XIX века произошло последнее решающее захватническое вторжение России. Защитники родины смело сражались в эту эпоху бесчисленного кровопролития, тысяч трупов, разграбления, разорения и беспримерных страданий».
Таким образом, перед самым распадом СССР новая оттепель позволила узбекским ученым в очередной раз вернуться к антиколониальной интерпретации завоевания Центральной Азии в духе «школы Покровского». Впрочем, марксизм в этой очередной версии антиколониального нарратива уже играл больше символическую роль и постепенно изымался из академической лексики. Тем не менее, несмотря на все дискуссии по конкретным фактам и разницу в акцентах, в Республике Узбекистан, ставшей в конце 1991 года независимым государством, интерпретация событий 1875–1876 годов как насильственного вторжения и подчинения Центральной Азии стала официальной точкой зрения, была внедрена в государственные учебники и музеи. Одним из символических мест, где такая политика находит свое наиболее полное воплощение, является Музей памяти жертв репрессий, экспозиция которого начинается с российского завоевания Центральной Азии, а заканчивается так называемым «хлопковым делом» 1980-х годов. Впрочем, этот нарратив предназначен в основном для внутренней аудитории и в гораздо меньшей степени, в более мягких выражениях — дабы избежать ухудшения межгосударственных отношений — предъявляется внешнему миру и современной России.