Еще в ноябре 1875 года в ближайшие планы российских политиков и военных повторное завоевание Кокандского ханства и тем более его аннексия не входили. Речь шла лишь о необходимости зимней спецоперации на территории ханства с целью разбить войска Автобачи. Однако развитие ситуации заставляло их менять свои планы.

5 декабря Кауфман писал военному министру Милютину:

Продление в ближайшем нашем соседстве подобной анархии и беспорядка, каковые ныне господствуют в Кокандском ханстве, нетерпимо в смысле политическом. Непрекращение с нашей стороны такого состояния в Кокандском ханстве, подрывая наш престиж в Средней Азии, дискредитирует веру всего здешнего населения в нашу силу. Подобный порядок вещей, если бы он почему-либо мог затянуться на долгое время, весьма для нас невыгоден. (Если бы и удалось хану Насреддину воссесть на свой престол, или если бы Фулат-бек пожелал войти в мирные с нами сношения и взялся выполнить условия трактата, заключенного с Насреддин-ханом, то ни в том, ни в другом случае нет никакой гарантии, что при первом же беспорядке на другой какой границе нашей не поднимется на «газ[зав]ат» беспокойное население ханства, которое или свергнет слабого Насреддина или двинется против нас с Фулат-беком во главе.) Я высказываю поэтому мое твердое убеждение в необходимости действовать скоро и решительно. Способ действия заключается в занятии предстоящею раннею весной 1876 года всего Кокандского ханства.

Прибыв в Петербург, Кауфман продолжал обсуждение этого вопроса с Милютиным и получил от него добро на операцию. Стали обсуждаться планы усиления туркестанских войск. 15 января пришла телеграмма от Скобелева об успешном захвате Андижана, и Милютин решил воспользоваться этой новостью, чтобы доложить Александру II планы в отношении Коканда. Вместе с Кауфманом они прибыли к императору, «Государь изъявил согласие на занятие Кокана предстоящею весною», с этим согласием они тут же отправились к Горчакову, который был главным противником новых территорильных расширений, но в этот раз канцлер спокойно принял решение государя, невнимательно выслушал генералов и переключился на разговор о Балканах. Официальное объявление об окончательном решении откладывалось до того момента, когда в Туркестанский край прибудут дополнительные военные части. Однако последовавшая в конце января сдача Абдурахмана-автобачи ускорила процесс. Горчаков писал в начале февраля: «Я предвижу в недалеком будущем аннексию Коканда. Это противно всем нам, начиная с императора, но этот исход мне кажется неизбежным». 3 февраля Милютин написал, что «смуты и раздоры дошли до такого предела, что обе соперничающие партии нашлись вынужденными положить оружие пред русскою силою», после чего у царя было испрошено разрешение срочно объявить о ликвидации Кокандского ханства.

В период с 15 января до 3 февраля в самом Кокандском ханстве начался процесс его восстановления. В начале января бежавший в октябре из Коканда Насриддин попытался с тысячным войском вернуться в Коканд, но был разбит отрядом кыргызов, которые сохраняли верность Пулатхану. Скобелев писал:

Успехом обязаны мы решимости флигель-адъютанта Меллера-Закомельского, отваге кавалерии, влиянию Афтобачи-Абдурахмана, отныне честно посвятившему себя окончательному умиротворению ханства. Значение Абдурахмана огромное: стараюсь извлекать пользу; депутации всех городов ханства, Маргелан, влиятельные кишлакские бии стекаются [в] Андижан с покорностью. Коканцы уведомляют письмом Абдурахмана, что под начальством Абдулла-бека они разбили Наср-Эддина [с] большим уроном у обоих. Узнав [про] плен Абдурахмана, ныне испрашивают меня, как поступить с Наср-Эддином. Получил письма Наср-Эддина, просящего помощи, и Абдулла-бека, извещающего, что все без исключения жители Кокана желают быть под властью русских и ждут приказания впустить ли Наср-Эддина или нет. Шайки расходятся, или, как например, джигиты Абдурахмана, служат нам.

И далее: «Ханству угрожает анархия, в наших интересах невыгодная. Настоящий момент наиболее удобный для подчинения ханства видам высшего Правительства без борьбы. Осмеливаюсь настоятельно просить разрешения двинуться [к] Кокану, утвердить Наср-Эддина. Подобное решение, гарантируя ханство от анархии, даст нам время».

30 января, когда кыргызские отряды, узнав о бегстве Пулатхана, отступили, Насриддинхан вернулся в столицу, занял престол, который он считал своим законным, в том числе по соглашению от 22 сентября, и стал спешно восстанавливать свою власть. Им было собрано войско в 3 тысячи сарбазов, приведена в порядок артиллерия и укреплена кокандская урда на случай новых возмущений. Хан произвел первые назначения на разные должности и разослал эмиссаров в другие города для воссоздания там подчиненной ему администрации. Он амнистировал бывших своих недоброжелателей, включая Абдугаффара и Абдумумина, даже включил их в состав своего правительства. Российские военные, которые находились в Ферганской долине, поспешили отправить правителю свои поздравления.

Наконец, 3 февраля в Ташкенте была получена телеграмма о принятом в Петербурге плане в отношении Кокандского ханства:

Сниходя к общему желанию всего коканского народа принять подданство России, а также не видя возможности успокоить население другим способом, государь император повелеть соизволил ныне же принять ханство в подданство его величества <…> Бывшее Коканское ханство переименовать в Ферганскую область. Начальником области — Скобелев. Насрэддина пока в Ташкент.

Объявление о скорых переменах создало щекотливую ситуацию во взаимоотношениях Скобелева и Герасима Колпаковского, оставленного после отъезда в Петербург Кауфмана исполняющим обязанности генерал-губернатора. Между ними, видимо, уже были натянутные отношения; во всяком случае, в отличие от Кауфмана, Колпаковский сдержанно относился к осенним отчетам начальника Наманганского отдела о постоянных победах. Чтобы объявить о ликвидации Кокандского ханства, в Коканд должен был приехать сам и. о. начальника Туркестанского края, эта миссия считалась символической и почетной; именно Колпаковский, таким образом, становился главным завоевателем региона и обладателем славы победителя. Между тем Скобелев, получив информацию о решении императора — по слухам, с припиской Троцкого «Миша, не зевай», — не дожидаясь приказаний, возвратился из Андижана в Наманган, а оттуда с тысячным отрядом выдвинулся к Коканду. Историк Терентьев, не жалея негативных эпитетов в адрес Скобелева, описывает февральский конфликт двух генералов. «Ненасытная жажда Скобелева к отличиям и славе, а также его увертливость перед начальством, которому он кадит», заставляла его действовать самоуправно. Скобелев, по словам историка, «одурачил» и «околпачил» Колпаковского, «выхватил у него Коканд из-под носа».

Не поставив своего начальника в известность, Скобелев «гнал свой отряд во весь дух» и уже 7 февраля вошел в Коканд, объявил Насриддину волю Александра II и занял ханский дворец. По версии Терентьева, Скобелев не сразу вошел в столицу, а явился к Насриддину поначалу как гость на прием и, лишь узнав о приближении основных войск, объявил новость, после чего «хан неутешно зарыдал на своем престоле». Скобелев потребовал выдать все пушки, российские войска заняли все ворота Коканда и ханскую урду, превратив ее в свою крепость и командный пункт. Затем только будущий начальник Ферганской области написал Колпаковскому телеграмму с объяснением, что слишком поздно получил сведения о его приезде, добавив, что «народ повсеместно ликует». В рассказе Алексея Маслова эта история выглядит иначе:

Скобелев <…> не решаясь до прибытия главных сил занимать открыто столицу, прибегнул к хитрости. При нем находился некто Евграф Греченко, беглый нижегородский драгун [Куропаткин называл другую фамилию Евграфа — Марченко, и описывал его «по своему прошлому и нравственности каторжником»], двадцать лет проживший в ханстве и последнее время занимавший какую-то придворную должность. По вступлении наших войск в Фергану, он добровольно явился к Скобелеву, сопровождал его в делах и заслужил два георгиевских креста. Напоследок Скобелев сделал из него дипломата, поручив ему выманить хана Наср-Эддина из урды. Евграф исполнил удачно поручение, Наср-Эддин явился и был немедленно отправлен в Ходжент. После этого Скобелев занял урду и арестовал несколько влиятельных чиновников. Так было покорено богатейшее и плодороднейшее Коканское ханство.

Скобелев арестовал кокандских мусульманских лидеров — шейх-уль-ислама и верховного судью, — а сами эти должности ликвидировал. Позже Скобелев арестовал высших религиозных деятелей в Маргелане. Бывший советник Пулатхана Абдумумин попытался скрыться, но был пойман и позже казнен, Абдугаффарбек же бежал и исчез из Центральной Азии. Для временного управления Скобелев назначил новых чиновников из числа местных лояльных жителей.

«Можно представить, — писал Терентьев, — как был зол на Скобелева Колпаковский!» 16 февраля Колпаковский добрался до Коканда, где был встречен с почетом, хлебом-солью, «несколько триумфальных арок, — вспоминал Куропаткин, — должны были смягчить сердце опоздавшего вождя войск», «Скобелев, нарядный, надушенный, на прекрасном коне, картинно подскакал к Колпаковскому <…> и представил почетный рапорт. Герасим Алексеевич наружно оставался спокоен, но в душе негодовал на Скобелева, поставившего его в глупое положение». «Вечером город был иллюминирован, играла музыка <…> Войска и туземцы пели». Колпаковскому был вручен «адрес» от жителей Ферганской долины:

Мудрое управление русское бывшими нашими областями радовало нас за население этих областей. Мы видели, что наши единоплеменники по воле Великого Аллаха ограждены от самоуправства, имущество сделалось неприкосновенным, даны законы, ограждающие от всякого своеволия; мы видели все это и сами думали о принятии подданства великому Белому Царю, только злые люди удерживали нас от этого. Беспорядки последнего времени, когда мы не были спокойны не только за целость своего имущества, но опасались за свою жизнь и за жизнь своих жен и детей, побуждали просить Русское Правительство принять нас в свое подданство. Обстоятельства предупредили наше намерение. Благодаря силе храброго генерала Скобелева шайки вредных людей уничтожены, спокойствие восстановлено, и мы теперь счастливы так же, как и наши соотечественники в Туркестане, потому что мы теперь верные дети Великого отца России. Да продлит Бог его жизнь! Позвольте благодарить Вас, генерал, за присоединение нас к Великой России и донести Белому Царю, что мы будем всегда верными ему подданными.

19 февраля был подписан теперь уже официальный указ Александра II:

О порядке управления в Ферганской области.

В видах упрочения спокойствия и безопасности на Юго-Восточной границе Туркестанского края, признав за благо присоединить к Империи вновь занятую Нашими войсками территорию, составлявшую до прошлого 1875 года Ханство Коканское, повелеваем: образовать из нее область Ферганскую, с включением в состав Туркестанского Генерал-Губернаторства и Туркестанского военного округа. Сообразно сему, главное управление новой области возложить на Туркестанского Генерал-Губернатора, а местное областное управление на Военного Губернатора, с подчинением сему последнему и расположенных в области войск, с званием Командующего войсками области. Частное управление в Ферганской области предоставляется Туркестанскому Генерал-Губернатору ввести, применяясь к настоящим обстоятельствам и местным условиям, в виде временного положения, впредь до утверждения оного в установленном порядке.

Если в указе речь шла о спокойствии и безопасности, то российскому обществу это решение было представлено как добровольное волеизъявление ферганского населения. Как сообщали российские газеты, «представители разных народностей Коканского ханства просили генерала Колпаковского повергнуть к стопам Его Императорского Величества их верноподданническую благодарность за принятие их в подданство России и за дарование им законов, ограждающих их религиозные, семейные и имущественные права». Колпаковский обратился к жителям бывшего Кокандского ханства с воззванием:

Оседлые и кочевые народы долины Фергана!

По воле Великого русского Императора, Белого царя, переданной мне Туркестанским генерал-губернатором, генерал-адъютантом Фон-Кауфманом, обращаюсь к Вам со следующей речью:

Много столетий прошло с тех пор, как вы, соединившись в одно независимое и самостоятельное ханство, управлялись ханами из династии Минг.

Неисповедимою и неизменною волею всемогущего Бога, русские утвердились в странах, соседних с землями, вами обитаемыми, и, таким образом, Россия сделалась ближайшим соседом Кокандского ханства.

Великий Российский Император, Белый Царь, уклоняясь от всяких завоеваний, желал одного — утвердить искренние и дружеские отношения между Россиею и соседними независимыми ханствами и, покровительствуя торговле и промышленности, — даровать мир и благосостояние как своим подданным, так и жителям соседних стран.

Постоянно стремясь к этой благой цели, Государь Император в 1868 году Высочайше соизволил утвердить мирный договор, заключенный между туркестанским генерал-губернатором, генерал-адъютантом Фон-Кауфманом 1-м и вашим ханом Сеид-Мухамед-Худаяром. По договору этому устанавливались навсегда дружественные и искренние отношения между Россиею и Кокандским ханством.

Со времени заключения этого договора прошло более семи лет, и дружба между Россией и Кокандским ханством ни разу не нарушалась, но в июле месяце прошлого года (джумади-эль-сани 1292 года) вы восстали против своего законного хана Худаяра и, свергнув его с престола, вторглись в наши пределы и открыли враждебные против нас действия.

Я не буду говорить о подробностях вашей неравной борьбы с русскими победоносными войсками, — они известны всем; скажу только, что после махрамского погрома судьба ханства зависела вполне от воли Государя Императора, Белого Царя, который, милосердно простив ваше заблуждение и дурные дела, и полагая, что махрамский урок вас образумит, сохранил независимость ханства, утвердив на престоле избранного вами хана Наср-Эддина.

Едва успели уйти русские войска из Кокана, на правый берег Сырдарьи, как вы восстали и изгнав из столицы Наср-Эддин-хана, увлеклись льстивыми обещаниями ваших вожаков и несбыточными надеждами и вновь открыли враждебные действия против войск Русского Государя.

Вам хорошо известны печальные последствия этого безрассудства; ведя неравную борьбу, Вы потеряли много тысяч людей и имущество, а города ваши — Наманган, Андижан, Ассаке и другие взяты русскими. Но, по благости господа Бога, такой урок не остался без добрых для вас последствий: после уничтожения ваших скопищ под Ассаке, Богу угодно было образумить вожака вашего, Абдурахмана-автобачи и, приведя его к полному сознанию невозможности вести дальнейшую борьбу с русскими, вложил в него счастливую для ферганского народа мысль: прекратив борьбу, добровольно явиться к начальнику действовавших в Кокандском ханстве войск, свиты Его Императорского Величества генерал-майору Скобелеву и, повергая свою повинную голову на милосердие русского Монарха, просить о даровании мира его отечеству. Вслед за этим и весь ферганский народ, как оседлый, так и кочевой, следуя совету лучших людей, отправил к генералу Скобелеву депутацию с просьбою, забыв ваши дурные дела и недавнюю вражду с русскими, принять весь ферганский народ, как кочевой, так и оседлый, с принадлежащею ему землею в подданство могущественного Русского Государя, Белого Царя, единственно который и может даровать вам счастие, безопасность и спокойствие.

Эта просьба, заявленная посланными вами депутациями от лица всего ферганского народа, была повергнута Туркестанским генерал-губернатором, генерал-адъютантом Фон-Кауфманом 1-м на милостивое воззрение Государя Императора. Его Императорское Величество, в своем бесконечном милосердии, предав забвению все прежние дурные дела ферганского народа и желая даровать ему счастие и спокойствие, и твердо сознавая, что при существовании в ханстве различных народностей и партий с различными стремлениями ханская власть, как показала и история, не в состоянии сдерживать народные страсти и водворить порядок и мир, снизошел к просьбе ферганского народа и Высочайше повелеть соизволил:

Ныне же весь кокандский народ, как оседлый, так и кочевой, принять в российское подданство, а земли, им занимаемые, составлявшие прежде Кокандское ханство, присоединить к Российской империи под наименованием Ферганской области. Военным губернатором вновь образуемой Ферганской области Всемилостивейше назначен свиты Его Величества генерал-майор Скобелев; принятие же в подданство бывшего Кокандского ханства поручено мне.

Во исполнение приказания Туркестанского генерал-губернатора генерал-адъютанта Фон-Кауфмана, объявляя всему ферганскому народу, как кочевому, так и оседлому, означенную выше волю Великого Русского Монарха, Белого Царя, о принятии его отныне в российское подданство, с радостью в сердце, поздравляю вас с этою монаршею милостию, которая дарует вам отныне счастие, спокойствие и благосостояние.

Милосердное и искренное желание Русского Государя умиротворить край и доставить вам счастие, благосостояние и спокойствие — сбудется; но чем скорее последует полное умиротворение края, тем выгоднее для вас, и потому, для вашей же пользы, я приглашаю весь ферганский народ, не слушая злых людей, отказаться от всяких дурных помыслов и теперь же приступить к обычным своим занятиям; особенно приглашаю купцов открыть, возможно скорее, торговлю, в коей, благодаря несчастным событиям последнего времени, последовал полный застой.

Я верю в добрый смысл ферганского народа и, уповая на всемогущего Бога, убежден, что ферганский народ поймет мои слова, истекающие от искреннего сердца и, приняв подданство Русского Государя, Белого Царя, найдет под кровом его счастие и благополучие и залечит раны, нанесенные ему злонамеренностью дурных людей и собственным легкомыслием. Религия и имущество ваши останутся неприкосновенными, а народные обычаи и суд будут сохранены в той мере, насколько они не противоречат общим законам империи.

Да поможет Бог вам начать мирно новую, счастливую жизнь под скипетром милосердного и искренно желающего вам добра Русского Государя, Белого Царя.

Итак, если в Бухаре и Хиве Российская империя ограничилась установлением протектората — в чуть более жесткой форме в Хиве и чуть более мягкой в Бухаре, то такой же план в Коканде дал сбой и был выбран путь его аннексии. Причиной такого развития событий стали не экономические выгоды обладания плодородной Ферганской долиной и не соперничество за обладание регионом с Британией. Причиной было серьезное сопротивление кокандского населения российскому нашествию, какого не было ни в Бухарскую экспедицию, ни в Хивинскую. Российские военные и чиновники, поняв, что даже в форме протектората Коканд останется постоянным источником недовольства, наподобие Северного Кавказа, который пришлось усмирять многие десятилетия, приняли решение отказаться от проекта протектората в пользу аннексии с постоянным контролем за ситуацией.

При этом российские источники старались убедить себя и всех остальных, что подавляющее большинство ферганского населения, сильно пострадав от боевых действий и видя бесперспективность усилий победить россиян, не сочувствовала меньшинству, которое возбуждало население к сопротивлению, даже, как писал Серебренников, «в глубине души всегда симпатизировала русским». Именно это будто бы стало основанием, по которому Александр II согласился ликвидировать Кокандское ханство — вместо попыток в том или ином виде сохранить его в вассальном состоянии. Еще одной, уже привычной оправдательной формулой были подозрения, будто Насриддин пообещал своим соратникам продолжить газзават, священную войну с русскими. Все такого рода аргументы не подтверждались фактами и скорее имели пропагандистский характер. Впрочем, усталость от войны и отсутствия какой-либо власти, способной поддерживать понятный порядок вещей, действительно утомляли все стороны. Выгодой же от вхождения в состав Российской империи была, несомненно, отмена военной службы, поскольку имперские чиновники пообещали не брать (и даже опасались этого) местных жителей на военную службу против их желания. И конечно, отмена сентябрьского договора означала отмену оговоренной в нем контрибуции, то есть отмену повышения налогов; теперь обычные налоги должны были идти в российскую казну. Такой исход выглядел для многих вынужденным, но вполне приемлемым компромиссом.