После разгрома в Андижане кокандцы все еще сохраняли значительные силы для сопротивления. Пулатхан находился в Маргелане, Абдугаффарбек — в Коканде, Абдурахман-автобачи — сначала стал лагерем около городка Кува, а потом передвинулся в Ассаке. Кокандские войска могли по-прежнему выставить несколько десятков тысяч воинов. Передвижения Автобачи, который не убегал, но расположился недалеко от Андижана, Скобелев расценивал как угрозу атаки на город и желание поднять его жителей на восстание. Генерал решил не ждать такого развития событий и с тысячным отрядом кавалерии и пехоты, усиленным пушками и ракетными станками, 19 января двинулся вглубь долины. Достигнув Ассаке, Скобелев с прежней своей решительностью бросился на штурм. Войско обошло городок с фланга, заняло более высокую площадку, на которой были установлены дальнобойные пушки. Кокандцы, видя этот маневр и опасаясь вновь попасть под обстрел в скученной городской застройке, отошли из Ассаке по маргеланской дороге. Какое-то время противники стояли друг против друга в поле и готовились к сражению, здесь к отрядам Автобачи присоединились кыргызы, состоявшие в войске Пулатхана, но в бой кокандцы пойти не решились и стали уходить. Российская кавалерия, несмотря на глубокий снег, бросилась вдогонку за неприятельской пехотой. «Началась рубка, — писал очевидец. — Пешие коканцы были частью сарбазы, частью жители, почти все с ружьями <…> Коканцы сделали лишь по одному выстрелу, а затем защищались, как могли, прикладами; многие же с места побежали; но мало кто из них успел добежать до садов и скрыться <…> Люди побойчее положили каждый по несколько человек коканцев. Киргизенок Нарумбай (сопровождавший потом генерала Скобелева на войну 1877–1878 годов и умерший от раны, полученной 30-го августа под Плевной) зарубил человек шесть». Опустевший Ассаке был после этого занят без боя.
В середине января кокандцы активизировались в западной части Ферганской долины — в Кураминских предгорьях, где проходил основной маршрут из Намангана в Ходжент и Ташкент. Ноябрьские экспедиции Пичугина и Меллер-Закомельского в этих районах, в частности погром в Ошобе, не остановили попыток кокандцев прервать или затрудить подвоз припасов в Наманган. Участие здешних российских отрядов в походе в Междуречье и Андижан только подзадорили сопротивление. Несколько отрядов в сотни всадников — кыргызов, кураминцев и местных ополченцев — во главе с Танаберды и Ахмедом-удайчи стали, пользуясь замерзшими переправами, переправляться через Сырдарью и нападать на проходящие обозы. В горных районах также актвизировались силы сопротивления и нападали на большие селения Пап и Гурумсарай. Оставшиеся в регионе российские военные вынуждены были защищаться, устраивать засады у переправ и иногда совершать вылазки на левый берег реки, чтобы разгромить там кокандские базы. В это время Меллер-Закомельский, вернувшийся из Андижана с частью войск в Наманганский отдел, сделал несколько экспедиций на восток и запад, разгоняя отряды противника, которые попытались проникнуть на российскую территорию.
Обострилась обстановка в Верхнем Зеравшане, или Когистане, после того как россияне, в ноябре закончившие зачистку региона, покинули снежные горы, он опять перешел под контроль Календербека и его сторонников. Для того чтобы предупредить вторжения кокандцев, генерал Александр Абрамов в январе направил туда новую военную экспедицию во главе с Георгием Арендаренко. Горные ущелья были зачищены от восставших, 20 января Календербек был схвачен и позднее повешен в Самарканде. Собрав оружие у местных жителей и разрушив дома активистов сопротивления, россияне усилили военное присутствие в горах и восстановили свою власть в регионе.
Война, пусть и не очень успешно для кокандцев, продолжалась. Но в этот момент произошло то, что окончательно переломило ситуцию. 20 января Абдурахман-автобачи, который потерял Андижан, свою главную базу и опору, и перемещался из кишлака в кишлак, меняя убежище, написал письмо андижанскому пансаду Арзикулбеку, близкому к российскому руководству, о своем желании заключить мирное соглашение с российской стороной в обмен на безопасность свою и своей семьи. Скобелев от имени Арзикула посоветовал сложить оружие, предлагая вместо наказания амнистию и российское содержание. Автобачи послал к Скобелеву для переговоров своего племянника, а потом трех генералов, «кипчакского, каракиргизского и сартовского», причем одного из них — кыргызского, который был противником мирного соглашения, — он через доверенного человека фактически сдал россиянам. Стороны, возможно, по-разному оценивали характер переговоров: российская сторона требовала полной сдачи на милость Кауфмана, сам же Автобачи считал, что речь идет не о сдаче, а о мирном договоре с возможностью для него занять в восстановленном Кокандском ханстве заметное политическое положение. Скобелев и Абдурахман согласовали личную встречу, чтобы обсудить подробности будущего мира.
24 января российские войска остановились у Инду-Кишлака (ныне селение Хинди-Мазар) недалеко от Андижана, Скобелев с Меллер-Закомельским и в сопровождении еще нескольких человек выехали вперед. Российские отряды между тем приготовились к тому, чтобы быстро прийти на помощь своим переговорщикам или окружить Автобачи для захвата. Автобачи с приближенными, включая Батыр-туру, Исфандияра и других кокандских военачальников, выехали из кишлака навстречу Скобелеву. Противники слезли с коней, пожали друг другу руки и после короткого разговора вместе двинулись в Андижан, к российской армии присоединились четыре сотни кокандских воинов, сопровождавших своего полководца. По приезде в Андижан кокандцы добровольно сдали оружие, а Абдурахман-автобачи, при полном вооружении, отправился во дворец для заключения мирного договора, по дороге «жители встречали его на своем пепелище с выражением величайшей преданности и повиновения».
В письме на имя императора предводитель восстания писал:
Чувствуя свое бессилие против храбрых и непобедимых воинов Белого царя, равно желая прекратить действие войны, разоряющей мое отечество, я сдался генералу Скобелеву, надеясь на милосердие могущественного во всем мире Белого царя. При этом с полною надеждою обращаюсь к Вам, как доброму покровителю края, что Вы меня не пустите на несчастный путь. Обещанию, данному генералом Скобелевым, я верю и надеюсь, что Вы не оставите обратить на это милостивое Ваше внимание.
Получивший это известие, Александр II «изволил остаться очень доволен». Правда, предложение Скобелева дать Абдурахману чин полковника и привлечь на российскую службу было отвергнуто. Автобачи с семьей были сосланы в Екатеринослав с пенсией 3 тысячи рублей в год — это было не то, на что он рассчитывал, но ему пришлось смириться. Сопровождавшие его кокандские командиры, несколько месяцев создававшие россиянам множество проблем, тоже были отправлены в почетную ссылку.
Сдача Автобачи переломила ситуацию. Кипчаки, сарбазы и сипаи, составлявшие основное ядро сопротивления, по его приказу вернулись в свои дома. Для них война закончилась. Некоторые кокандские отряды, по решению Автобачи, перешли на службу россиян и теперь должны были не бороться с ними, но помогать устанавливать мир и порядок. Скобелев вернулся в Наманган, передав командование экспедиционным корпусом своему заместителю барону Меллер-Закомельскому, расположившемуся в Андижане.
Позже Скобелев так характеризовал своего пленника:
Личность Абдурахмана Автобачи весьма замечательная, по своим качествам донельзя симпатичная и даже заслуживающая, в известном смысле, доверия <…> он, после изъявления покорности, послужил нам значительно своим влиянием в деле быстрого, бескровного умиротворения ханства Кокандского <…> он держал себя относительно нас во время войны с крайним достоинством и без обычной азиатской жестокости.
Что подвигло на этот шаг Абдурахмана, главного зачинщика антироссийского сопротивления, последовательно и яростно воевавшего с россиянами почти полгода и все еще, несмотря на сдачу Андижана, сохранявшего силу для продолжения борьбы? Достоверно это неизвестно. Возможно, сказалась усталость от затянувшейся войны, постоянных физических и эмоциональных перегрузок, гибели товарищей и близких, понимание, что имеющихся сил недостаточно для того, чтобы переломить ситуацию в свою пользу, истощение военных — материальных и людских — ресурсов. Возможно, тактика тотальных зачисток, которую стал постоянно использовать Скобелев, подорвала дух сарбазов, ополченцев и кочевников, чьи семьи, родители и дети подверглись жесточайшим испытаниям и страданиям. Возможно, Автобачи надеялся на какую-то помощь извне — из Бухары и Кашгара, вел параллельно тайные переговоры с различными политическими кокандскими группировками, которые пока еще сохраняли нейтралитет, и эти переговоры оказались в итоге неудачными. Возможно, его тяготил союз с Пулатханом, который стремился установить полный контроль над ним и его сторонниками, из-за чего Абдурахман все больше опасался измены в своем окружении и среди своих союзников, а потом и неизбежной гибели от рук безжалостного самозванца, предпочтя этому сдачу россиянам в обмен на гарантии жизни.
Возможно, Автобачи был осведомлен о том, что сам Пулатхан отправил к россиянам послов с просьбой о мирных переговорах. 19 января они прибыли в Ходжент. И хотя Колпаковский с подачи Кауфмана отказался обсуждать с ними этот вопрос и предложил дождаться возвращения генерал-губернатора из Петербурга, ситуация выглядела для кипчакского предводителя тревожно. Ведь если бы Пулатхану первому удалось договориться с россиянами, Автобачи оказался бы в двойном проигрыше — сопротивление в любом случае стало бы невозможным, но при этом он сам уже не смог бы претендовать на роль почетного партнера россиян — им стал бы Пулатхан. Абдурахману необходимо было опередить самозванца.
После поражения в Балыкчи в ноябре 1875 года Пулатхан весь декабрь и январь 1876 года находился в стороне от эпицентра сражений с россиянами. В конце ноября он перенес свою резиденцию в Маргелан, подальше от границы с россиянами. Пытаясь утвердить свою единоличную власть, самозванец поставил на поток казни неугодных и потенциальных соперников, многие из которых были его союзниками. Эти казни часто не столько укрепляли власть Пулатхана, сколько подрывали ее, превращая бывших соратников во врагов. По словам Николая Корытова, «12 палачей из киргиз, одетых в особый красный костюм, с арсеналом ножей всяких размеров за поясом, имели постоянную работу». 15 декабря Пулатхан въехал торжественно в Коканд, чтобы продемонстрировать свою власть над столицей; его путь был устлан коврами и шелковыми тканями, но, подтвердив власть Абдугаффара и кыргызского командира Абдуллабека, он вскоре вернулся в более лояльный ему Маргелан.
В конце декабря Пулатхан послал доверенных людей, Шамирза-датху и Ярмат-датху, в Андижан для усиления там своих позиций. Однако, получив донос об измене посланников, вспыльчивый правитель тут же принял решение о назначении новых беков в город, заодно казнив несколько бывших подчиненных в самом Маргелане. Новые беки Ишмат и Амаль-ишикагаси уведомили своих предшественников в Андижане о решении хана, вызвали их на встречу, схватили и убили. Эти хаотические и поражавшие своей жестокостью решения усиливали взаимное недоверие в среде антироссийского сопротивления и мешали скоординированным действиям. Отчасти из-за этого защитники Андижана в январе не смогли выстроить устойчивую оборону города и потерпели сокрушительное поражение.
Сдача Автобачи привела в отчаяние Пулатхана: кипчакский лидер переиграл его, и теперь у него не было шансов своими силами продолжить борьбу. В ярости он приказал казнить трех братьев и сноху Абдурахмана, которые оставались у него в заложниках, а также российских пленных и многих соратников, подозревавшихся в сотрудничестве с Автобачи. Предвидя приближение российских войск, Пулатхан созвал совет из своих приближенных, на котором мнения разделились. Одни предлагали уйти в сторону города Ош, закрепиться в неприступных горах и собрать новую армию. Другие, включая его каратегинского тестя Музаффар-шаха, предлагали выйти к предгорному кишлаку Учкурган (где Музаффар, добродушно-грубоватый «здоровенный детина огромного роста, смуглый, с окладистой черной бородой», как его увидел Федченко в 1871 году, жил после своего смещения с каратегинского престола). Оттуда дорога шла в горный Каратегин, традиционное пристанище беглых потомков Алимхана, к которым причислял себя Пулат. Музаффар допускал захват Пулатханом Каратегина, свержение его племянника Рахим-шаха, восстановление власти самого Музаффара и создание там нового форпоста для борьбы с россиянами. Наконец, третьи выдвигали план движения на Коканд и создание там нового центра сопротивления. Пулатхан выбрал каратегинское направление и отступил с верными ему людьми — пятью тысячами всадников и пятьюстами пехотинцами — в Учкурган[17]. При этом он казнил тех советников, которые предлагали идти в Коканд, сочтя это ловушкой.
27 января Меллер-Закомельский послал вдогонку за самозванцем тысячный отряд под командованием своего младшего брата — флигель-адъютанта ротмистра барона Сергея Меллер-Закомельского. Впереди шел отряд конных казаков в 600 человек, за ним четыре сотни пехоты вместе с обозом, не считая джигитов, которых Автобачи выделил для поимки своего теперь уже кровного врага. Сделав из Ассаке маневр в сторону Маргелана и получив оттуда сообщение, что Пулатхан покинул город, российская армия повернула в сторону Учкургана, стараясь не дать Пулатхану уйти в недоступные горы. В Маргелан отправились воины Автобачи, которые должны были освободить город от остатков солдат и чиновников самозванца.
Кавалерия и конные стрелки, загнав лошадей, сделали за день 100 километров пути по снежной дороге, к вечеру достигли лагеря Пулатхана и застали его врасплох. Две группы российских солдат перекрыли пути отступления из Учкургана, в то время как на штурм самого селения пошла отдельная колонна спешившихся стрелков и казаков под предводительством Куропаткина, в сопровождении Исфандияр-датхи, соратника Автобачи и его джигитов. Без криков «ура», в темноте, колонна быстрым шагом двигалась к крепости, кокандцы-пулатхановцы, вдруг увидев противника, рассеивались и не вступали в бой, пытались закрепиться в стороне и отстреливались. Вслед за отступающими россияне ворвались в урду, захватили, заколов защитников, завалы и батарею, после чего бросились с атакой на дворец, где расположился сам Пулатхан. В это время в кишлак вошла подоспевшая вторая колонна российских войск, и он был полностью захвачен. Пытавшиеся убежать по каратегинской и маргеланской дорогам кокандцы были встречены стрелковым и артиллерийским огнем. Весь обоз Пулатхана, который перевозился на 120 верблюдах, был захвачен, армия частью уничтожена, частью рассеяна, но сам хан вместе с группой приближенных, включая главного советника Абдумумина, сумели бежать и скрыться в горных ущельях. В спешке самозванец даже потерял костыль, с которым ходил после случившегося в октябре падения с лошади. В этом скоротечном штурме у россиян было лишь несколько раненых и ни одного убитого. Захваченные личные ценности Пулата частью были отправлены в Петербург и Ташкент, частью разделены между, по выражению Куропаткина, «участниками набега».
Добравшись до Алайской долины, Пулатхан встал с остатками своих войск у границы с Каратегином, ожидая помощи от горных таджиков. Здешний правитель Рахим-шах, хотя и подчинялся формально Бухаре, был самостоятельным правителем, укреплял и вооружал свою отдельную армию и был противником Худаяра, поддерживал Назарбека и кыргызов в восстаниях, поначалу присоединился к антироссийскому восстанию в Фергане и даже якобы планировал захватить Ура-Тюбе и Матчу. Однако, верно оценив ситуацию, Рахим-шах, который пользовался поддержкой бухарского эмира, задержал своего дядю Музаффара и направил каратегинские отряды против самозванца, оттеснив его обратно в горы. Раненный Пулатхан бродил по горам в сопровождении 30 верных сторонников, прятался в пещерах, но 19 февраля его обнаружили и пленили местные кыргызы, затем передали россиянам. Пулатхан был доставлен в Маргелан, где на площади перед дворцом, в котором он жил во время своего короткого правления, была воздвигнута высокая виселица. Под конвоем российских солдат при четырех пушках Пулат был привезен на место казни. По словам Боголюбова, «накануне он спокойно выслушал приговор, сказал „хоп“ (хорошо), по обыкновению плотно поел и лег спать. Умер с большим достоинством; когда перед эшафотом исполнители эксзекуции заторопились было и потащили его, Пулат спокойно их остановил: „Чего вы торопитесь? Разве вы не видите, у меня нога болит? Успеете еще“». Пулатхан был повешен 1 марта, в присутствии огромной толпы местных жителей.