Обершарфюрер СС Карл Френцель дождался, пока стихнет стрельба, потом попытался позвонить в штаб-квартиру СД в Люблин, в 40 километрах от Собибора. Но телефон молчал, и Френцель, который в этот момент был старшим в лагере, не знал, что ему делать.
Он вышел через главные ворота, пересёк рельсы и, войдя в маленькую железнодорожную станцию, подал телеграфисту поляку записку: «Евреи восстали… некоторые смогли убежать… значительная часть персонала СС и охранников погибла… часть евреев ещё находится в лагере… пришлите помощь».
Служба безопасности направила в Собибор подразделение СС, чтобы расстрелять всех остававшихся там евреев. Армии был отдан приказ прочесать окрестные леса, к поискам была подключена авиация. На следующий день, 15 октября, из штаб-квартиры СД в Берлин было направлено следующее сообщение: «14 октября 1943 года около 5 часов вечера евреи устроили мятеж в лагере СС Собибор. Они напали на охранников, захватили склад оружия и, после перестрелки с гарнизоном, разбежались в неизвестных направлениях. 9 эсэсовцев убито, один пропал без вести, погибло двое охранников. Убежало около 300 евреев. Военная полиция была немедленно уведомлена о происшедшем, порядок в лагере был восстановлен к 1 часу ночи. Армейские части и полиция ведут поиски убежавших к югу и юго-западу от Собибора».
Прибывшее в лагерь подразделение СС расстреляло остававшихся там 159 евреев. Только у нескольких из них было оружие, и они отстреливались до конца. После того, как украинцы закопали трупы расстрелянных, эсэсовцы разломали газовые камеры, снесли бараки и посадили на их месте сосновые деревья. Нацисты оставили Собибор в таком виде, каким он был до того, когда они здесь появились. Из всего лагеря осталась только сторожевая вышка и дом, где жил комендант.
19 октября, через 5 дней после побега евреев из Собибора, глава СС Генрих Гиммлер объявил об окончании операции «Рейнхард». Красная Армия находилась в 500 километрах от Собибора, и ото всех свидетельств нужно было избавиться заранее.
Операция «Рейнхард» завершилась полным успехом. За 20 месяцев её проведения в газовых камерах было уничтожено почти 2 миллиона евреев (нацисты не знали точную цифру, они не вели учёта убитых). И теперь в гетто восточной Польши, Латвии, Литвы, Эстонии, Белоруссии и Украины некого было убивать.
Но Гиммлер был не в состоянии уничтожить все свидетельства. Когда русские форсировали реку Буг и вошли в Польшу в нескольких километрах от Собибора, свидетели, воевавшие вместе с партизанами и прятавшиеся в амбарах и лесах, были среди первых, кто их обнимал.