С 11 по 25 июля 2000 г. в Кэмп-Дэвиде состоялся Ближневосточный мирный саммит с участием президента Соединенных Штатов Билла Клинтона, премьер-министра Израиля Эхуда Барака и председателя Палестинской автономии Ясира Арафата.

Переговоры в конечном счёте провалились, и каждая сторона обвинила другую. На пути к соглашению было четыре основных препятствия: территория, Иерусалим и Храмовая гора, беженцы и право на возвращение, а также опасения Израиля по поводу безопасности. Разочарование ситуацией, сложившейся летом, привело к значительному расколу ООП, поскольку многие группировки ФАТХ покинули её, присоединившись к ХАМАС и «Исламскому джихаду».

13 сентября 2000 г. Ясир Арафат и Палестинский законодательный совет отложили запланированное одностороннее провозглашение независимого палестинского государства.

28 сентября лидер израильской оппозиции Ариэль Шарон и делегация партии «Ликуд» в сопровождении сотен израильских спецназовцев посетили Храмовую гору, которая считается третьим по значимости святым местом в исламе. Израиль претендует на суверенитет над горой и остальной частью Восточного Иерусалима с 1980 г., и этот комплекс является самым священным местом в иудаизме.

29 сентября 2000 г., на следующий день после визита Шарона, после пятничной молитвы в Старом городе Иерусалима вспыхнули массовые беспорядки. Израильская полиция обстреляла палестинцев на Храмовой горе, бросавших камни через стену Плача в еврейских верующих. До двухсот палестинцев и полицейских были ранены. Ещё трое палестинцев были убиты в Старом городе и на Масличной горе. К концу дня семь палестинцев были убиты и 300 ранены. В столкновениях также пострадали 70 израильских полицейских.

В последующие дни демонстрации вспыхнули по всему Западному берегу и Газе. Израильская полиция ответила штатными боеприпасами и пулями с резиновой оболочкой. За первые пять дней были убиты не менее 47 палестинцев и 1885 ранены.

30 сентября 2000 г. смерть Мухаммеда ад-Дурраха, палестинского мальчика, застреленного, когда он прятался за спиной своего отца в переулке в секторе Газа, была заснята на видео. Первоначально смерть мальчика и ранение его отца приписывали израильским солдатам. Сцена приобрела культовый статус, поскольку была показана по всему миру и неоднократно транслировалась по арабскому телевидению.

События октября 2000 г. относятся к нескольким дням беспорядков и столкновений на территории Израиля, в основном между арабскими гражданами и израильской полицией, а также к крупномасштабным беспорядкам со стороны как арабов, так и евреев. Двенадцать арабских граждан Израиля и палестинец из сектора Газа были убиты израильской полицией, в то время как израильский еврей погиб, когда его автомобиль попал под камень на автостраде Тель-Авив – Хайфа. За первый месяц интифады был убит 141 палестинец и 5984 были ранены, в то время как 12 израильтян были убиты и 65 ранены.

8 октября тысячи израильтян-евреев приняли участие в актах насилия в Тель-Авиве и в других местах, некоторые бросали камни в арабов, уничтожали арабскую собственность и скандировали «Смерть арабам».

12 октября полиция Палестинской автономии арестовала двух израильских резервистов, случайно попавших в Рамаллу, где за предыдущие недели была убита сотня палестинцев, почти две дюжины из которых были несовершеннолетними. Быстро распространились слухи о том, что в здании находились израильские агенты под прикрытием, и разъяренная толпа из более чем тысячи палестинцев собралась перед зданием вокзала, требуя их смерти. Оба солдата были убиты.

В ответ Израиль нанёс серию ответных авиаударов по объектам Палестинской администрации на Западном берегу реки Иордан и в секторе Газа. Полицейский участок, где имело место линчевание, был эвакуирован и разрушен в ходе этих операций.

Столкновения между израильскими войсками и палестинцами резко усилились 1 ноября, когда трое израильских солдат и шесть палестинцев были убиты, а четыре солдата ЦАХАЛ и 140 палестинцев получили ранения. В последующие дни число жертв увеличилось, поскольку ЦАХАЛ пытался восстановить порядок, и столкновения происходили каждый день. В общей сложности было убито 122 палестинца и 22 израильтянина. 27 ноября, в первый день Рамадана, Израиль ослабил ограничения на провоз товаров и топлива через контрольно-пропускной пункт Карни. В тот же день иерусалимское поселение Гило подверглось обстрелу из крупнокалиберных пулемётов палестинцев из Бейт-Джалы. Израиль ужесточил ограничения неделю спустя, и палестинцы продолжили столкновения с ЦАХАЛом и израильскими поселенцами, в результате которых в декабре был убит в общей сложности 51 палестинец и 8 израильтян. В последней попытке администрации Клинтона достичь мирного соглашения между израильтянами и палестинцами в декабре был запланирован саммит в Шарм-эль-Шейхе.

Саммит между Израилем и Палестинской автономией проходил с 21 по 27 января 2001 г. в Табе на Синайском полуострове. Премьер-министр Израиля Эхуд Барак и президент Палестины Ясир Арафат подошли ближе к достижению окончательного урегулирования, чем любые предыдущие или последующие мирные переговоры, но в конечном счёте не достигли своих целей.

17 января 2001 г. израильский подросток Офир Рахум был убит после того, как его заманила в Рамаллу 24-летняя палестинка Мона Джауд Авана, член организации ФАТХ «Танзим». Она связалась с Офиром по Интернету и несколько месяцев крутила с ним онлайн-роман. В конце концов она убедила его поехать в Рамаллу, чтобы встретиться с ней, где вместо этого он попал в засаду, устроенную тремя палестинскими боевиками, и получил более пятнадцати выстрелов. Позже Авана была арестована в ходе масштабной военной и полицейской операции и пожизненно заключена в тюрьму. В январе были убиты ещё пятеро израильтян и восемнадцать палестинцев.

Ариэль Шарон, в то время представлявший партию «Ликуд», баллотировался против Эхуда Барака из Лейбористской партии. Шарон 6 февраля 2001 г. на внеочередных выборах был избран премьер-министром Израиля. Шарон отказался лично встретиться с Ясиром Арафатом.

Насилие в марте привело к гибели 8 израильтян, в основном гражданских лиц, и 26 палестинцев. В Хевроне палестинский снайпер убил десятимесячного израильского младенца на перевале Шалхевет. Убийство потрясло израильскую общественность. Согласно расследованию израильской полиции, снайпер намеренно целился в ребенка.

30 апреля 2001 г. в результате взрыва были убиты семь палестинских боевиков, один из которых был участником убийства Офира Рахума. Армия обороны Израиля отказалась подтвердить или опровергнуть обвинения палестинцев в том, что она несёт за это ответственность.

7 мая 2001 г. военно-морские коммандос ЦАХАЛА захватили судно «Санторини», которое двигалось в международных водах в направлении Газы, контролируемой Палестинской администрацией. Корабль был загружен оружием. Последовавшее израильское расследование утверждало, что груз был приобретён Народным фронтом освобождения Палестины Ахмеда Джибриля – Главным командованием (НФОП-ГК). Стоимость судна и его груза оценивалась в 10 миллионов долларов. Сообщается, что экипаж планировал выгрузить груз бочек с оружием – тщательно запечатанных и водонепроницаемых вместе с их содержимым – в заранее оговоренном месте у побережья Газы, где Палестинская администрация их заберет.

8 мая 2001 г. двое израильских подростков, Яаков «Коби» Манделл (13 лет) и Йосеф Ишран (14 лет), были похищены во время пешего похода недалеко от своей деревни. Их тела были обнаружены на следующее утро в пещере неподалеку от того места, где они жили. Газета «USA Today» сообщила, что, по словам полиции, оба мальчика были «связаны, заколоты и забиты до смерти камнями». Далее сообщалось: «Стены пещеры в Иудейской пустыне были покрыты кровью мальчиков, по сообщениям, размазанной там убийцами».

После того как 18 мая 2001 г. террорист-смертник совершил теракт в Нетании, Израиль впервые с 1967 г. применил военные самолёты для нанесения ударов по объектам Палестинской администрации на Западном берегу и в секторе Газа, в результате чего погибли 12 палестинцев. В прошлом авиаудары наносились с боевых вертолётов.

Палестинские террористы в 2001 г. совершили ряд нападений террористов-самоубийц позже, среди них резня в пиццерии «Сбарро» с 15 жертвами среди гражданского населения (в том числе 7 детей); взрыв на железнодорожном вокзале в Нагарии, взрыва автобуса в Пардесе и т. д.

В дополнение к многочисленным стрельбам и атакам с применением гранат, в течение месяца в Израиле было совершено 15 взрывов, совершенных террористами-смертниками, в среднем по одному взрыву каждые два дня. Высокий уровень нападений вызвал повсеместный страх по всему Израилю и серьёзные нарушения повседневной жизни по всей стране. Март 2002 г. стал известен в Израиле как «Чёрный марш». 12 марта была принята резолюция 1397 г. Совета Безопасности ООН, которая подтвердила принцип сосуществования двух государств и заложила основу для Дорожной карты мира.

Кульминацией волны насилия 27 марта стал взрыв смертника во время празднования Песаха в отеле «Парк» в Нетании, в результате которого погибли 30 человек. Нападение получило название «Пасхальная резня». В общей сложности около 130 израильтян, в основном мирных жителей, были убиты в результате нападений палестинцев в марте 2002 г.

29 марта Израиль начал операцию «Оборонительный щит», которая продолжалась до 3 мая. ЦАХАЛ предпринял масштабные вторжения по всему Западному берегу и во многие палестинские города. Арафат был взят в осаду в своем комплексе в Рамалле. По оценкам ООН, 497 палестинцев были убиты и 1447 ранены в результате израильского вторжения с 1 марта по 7 мая. Доклад ООН снял с Израиля обвинения в массовых убийствах, но раскритиковал его за применение чрезмерной силы к гражданскому населению. Израильские силы также арестовали 4258 палестинцев. Потери Израиля в ходе операции составили 30 убитых и 127 раненых. Кульминацией операции стало занятие районов, контролируемых Палестинской администрацией.

В 2004 г. в ответ на неоднократные обстрелы израильских населённых пунктов ракетами «Кассам» и миномётными снарядами из Газы ЦАХАЛ действовал в основном в Рафахе – для поиска и уничтожения контрабандных туннелей, используемых боевиками для получения оружия, боеприпасов, беглецов, сигарет, автомобильных запчастей, электротоваров, иностранной валюты, золота, наркотиков и тканей из Египта. В период с сентября 2000 г. по май 2004 г. было обнаружено и уничтожено девяносто туннелей, соединяющих Египет и сектор Газа. Рейды в Рафахе оставили многие семьи без крова. Официальная позиция Израиля заключается в том, что их дома были захвачены боевиками и разрушены во время боёв с силами ЦАХАЛ. Многие из этих домов заброшены из-за израильских вторжений и позже разрушены. По данным организации «Human Rights Watch», для создания большой буферной зоны в городе было разрушено более 1500 домов, многие «в отсутствие военной необходимости», что привело к перемещению около 16 тысяч человек.

2 февраля 2004 г. премьер-министр Израиля Ариэль Шарон объявил о своём плане переселения всех еврейских поселенцев из сектора Газа.