Вместо Петропавловской крепости и имитации расстрела на Семёновском плацу Егор Петрович по личному указанию государя везёт в Сибирь группу египетских инженеров, желавших научиться отыскивать золотые месторождения.

Правитель Египта Мухаммед-Али решает возобновить добычу золота, которая во времена фараонов и Птолемеев успешно велась в Нубии, ныне именовавшейся Суданом. Этот паша албанского происхождения добился фактической независимости вверенной ему территории от Османской империи и начал там проводить модернизацию. С помощью европейских инженеров по его приказу стали строиться предприятия.

Вот к нему-то и направил Николай I золотоискателя подполковника Ковалевского.

Посланник в Константинополе Титов написал инструкцию, в соответствии с которой Ковалевский должен был собрать «ценные краткие сведения о больших работах, проектируемых пашей Мухаммедом Али, таких как плотина через Нил, Суэцкий канал и другие».

Предполагалось также, что в экспедиции будут собраны «интересные и ценные сведения относящиеся непосредственно к работорговле, которая…процветает в Египте, а также о торговых отношениях, которые существуют в этой стране и в более отдалённых местностях, как Абиссиния или средняя Аравия».

Егор Петрович стал доверенным собеседником паши.

«В конце декабря 1847 г. приехал я в Каир. Приготовления к экспедиции начались деятельно… Мухаммед Али теперь сосредоточил все свои надежды во мне. Во время двухнедельного моего пребывания в Каире я бывал очень часто у вице-короля и, смею думать, пользовался его особенным к себе расположением.

Он говорил со мной о барраже Нила, занимавшем его особенно, укреплении Александрии, об учреждении кадастра и нередко спрашивал моих советов; часто посмеивался над интригами англичан и французов, из которых в то время одни хлопотали об устройстве железной дороги, другие – канала через Суэцкий перешеек, между тем как Мухаммед Али твердо решил не допускать ни того, ни другого и отделывался от двух враждующих между собой партий одними обещаниями.

С восторженной благодарностью отзывался он о милостях государя императора, приславшего ему своего офицера для споспешествования к достижению его любимой цели и очень часто с гордостью говорил европейским консулам о своей связи с русским двором…

Часто в суждениях его, обличавших иногда детское незнание предметов довольно обыкновенных, проявлялись мысли, поражавшие своею ясностью, логической последовательностью, можно сказать, гениальностью. Он с жадностью следил за политикой Европы, занимался историей, и любимыми героями его были Наполеон и Петр Великий».

В 1847–1848 годах Ковалевский провёл геологические исследования на северо-востоке Африки, где ему удалось одному из первых, задолго до англичанина Генри Стенли, указать правильное географическое положение истоков Белого Нила, что было подтверждено окончательно только в 1903 году. А тогда он доложил о результатах своих изысканий только канцлеру графу Карлу Васильевичу Нессельроде, а в своей книге «Путешествие во внутреннюю Африку» (СПб., 1849; 2 изд. 1872) сказал об этом вскользь и неуверенно.

Он был первым из русских, кто побывал в Абиссинии и Уганде.

«Несмотря на все преграды, представляемые неграми и природой, мы достигли 8° северной широты до вершин Тумата. Тут простирается обширная роскошная равнина, некогда населённая, но теперь пустынная, обитаемая множеством слонов: я осмелился назвать её Николаевской, а речку, текущую по ней и впадающую в Ту мат, Невкой: это был крайний пункт, до которого доходил я с этой стороны и до которого ещё никто из европейцев не достигал. Я определил географическую широту в нескольких пунктах, сделал измерение высот посредством барометра, кроме того, мы собрали любопытные коллекции горных пород, птиц и растений», – писал Ковалевский.

Своей основной цели он тоже добился: открыл и описал три золотых месторождения в Судане.

«Беру смелость исчислить здесь результаты, которых достигли мы моей экспедицией… Открыты три золотосодержащие россыпи, построена золотопромывальная фабрика и при ней укрепление, приучены к работам этого рода туземцы, в доказательство чего золото, добытое при мне на фабрике привезено мной правителю Египта.

Для географии приобретено огромное пространство страны негров от истоков Голубого Нила до Белого Нила, куда ещё не проникал никогда ни один европеец, несмотря на все усилия Лондонского Географического общества», – докладывал Ковалевский канцлеру Нессельроде.

В 1849 году Николай I направил Ковалевского в Пекин. Формально целью путешествия считалось сопровождение православной миссии, а на деле – получение права для русских купцов пользования удобным торговым путём. И это ему удалось. В 1851 году в Кульдже он подписал договор на эту тему. Государь, довольный достигнутыми им в Китае результатами, пожаловал ему 600 руб. пожизненной пенсии; впоследствии Император Александр II повысил эту пенсию до 2000 рублей.

В 1853 ГОДУ? во время турецко-черногорской войны, Ковалевский в качестве русского комиссара был вновь послан в Черногорию.

Он способствовал прекращению военных действий и началу мирных переговоров, предотвративших вторжение в Черногорию армии Омер-паши. Князь Данило был благодарен государю за этот визит давнего друга его страны. Но если Черногория была спасена, то сама Россия вступила в войну с османами, а затем и с англо-франко-сардинской коалицией.

Генерал-майор Ковалевский перемещается в Дунайскую армию, а затем в осаждённый Севастополь вслед за князем Михаилом Горчаковым.

Александр II, как и его отец, высоко ценил Егора Петровича. В 1856 году Ковалевский быт назначен на пост директора Азиатского департамента министерства иностранных дел, членом-корреспондентом Академии наук и помощником председателя Русского географического общества. При его участии был выработан Айгунский договор с Китаем, по которому за Россией закреплялись обширные территории к северу от реки Амур. С тех пор уже абсолютно на законных основаниях «на высоких берегах Амура часовые Родины стоят».

В письме А.М. Горчакову от 27 ноября 1860 г. Н.Н. Муравьев-Амурский писал: «Теперь мы законно обладаем и прекрасным Уссурийским краем, и южными портами, и приобрели право сухопутной торговли из Кяхты и учреждения консульств в Урге и Кашгаре. Все это без пролития русской крови, одним умением, настойчивостью и самопожертвованием нашего посланника, а дружба с Китаем не только не нарушена, но скреплена более прежнего».

В 1861 году Егор Петрович становится сенатором и генерал-лейтенантом. Ковалевский – один из основателей и многолетний председатель Общества для оказания помощи нуждающимся литераторам и учёным, которое потом было преобразовано в Литературный фонд. Ковалевский справедливо писал тогда:

«Те, которым громкая литературная известность даёт возможность более чем безбедного существования, не могут себе представить, в каком положении находится меньшая их братия, эти труженики второстепенных и мелких журналов, и с какими усилиями зарабатывается ими скудная плата. Мы видели между ними нужду потрясающую…»

Литфонд и стал главной заботой Ковалевского вплоть до его кончины 2 октября 1868 года. Упокоился Егор Петрович рядом с умершим годом ранее братом Евграфом в Троице-Сергиевой пустыни в Стрельне, ныне входящей в городскую черту Санкт-Петербурга. Захоронение братьев Ковалевских было снесено большевиками, как и родовой дом в Ярошевке. Ныне на месте усадьбы стоит памятный знак.

Ф.И. Тютчев в стихотворении «Памяти Е. П. Ковалевского» писал: