Сразу после вступления на престол Александр I формирует свою, как теперь говорят, команду молодых реформаторов. В ней поначалу не было места ни «екатерининским орлам», ни павловским служакам. Государь создаёт Негласный комитет – неофициальный совещательный орган – на основе «кружка великого князя», сложившегося ещё в 1797 году. В него входили ближайшие приближенные молодого царя: граф П. А. Строганов, князь А. Чарторыйский, Н. Н. Новосильцев и граф В. П. Кочубей.

В круг задач этого органа входит: «прежде всего узнать действительное положение дел; затем реформировать различные части администрации и, наконец, обеспечить государственные учреждения конституцией, основанной на истинном духе русского народа».

В комитете обсуждались реформа сената, проект учреждения министерств, крестьянская реформа. Уже в 1801 году было дано право землевладения купцам, мещанам и казённым поселянам. Тогда же упразднена Тайная экспедиция, отменены пытки, разрешён ввоз иностранных книг и деятельность частных типографий. Вернулись на службу все уволенные Павлом военные и чиновники.

Кочубей считал Англию лучшим и естественным другом России. Однако Александр I все более поддаётся влиянию Пруссии, и Кочубей вступает с ним в противоречие. Кроме того, вице-канцлер считал неуместным новое расширение границ империи и всячески противился присоединению Грузии, уже фактически осуществлённому в последний год павловского царствования. Его переводят на другую работу.

8 сентября 1802 года был утверждён Манифест Александра I «Об учреждении министерств». Для управления государственными делами создаётся единое Министерство, разделённое на восемь отделений: военное, морское, иностранных дел, юстиции, внутренних дел, финансов, коммерции и народного просвещения. Руководитель каждого отделения именуется министром, и сами отделения официально называются министерствами.

Сразу три малоросса стали руководить ключевыми направлениями государственной жизни: Петр Завадовский создавал систему народного просвещения, Дмитрий Трощинский сначала возглавлял министерство уделов, а затем – юстиции. И, конечно, третий, но первый в ряду министров внутренних дел Российской империи – Виктор Павлович Кочубей. Никогда до хрущевских и брежневских времён выходцы из южнорусских губерний не имели такого представительства в высших эшелонах власти.

Старый приятель Кочубея и его сосед по имению Иван Котляревский оставил такой диалог в пьесе «Москаль-чарівник»:

– «Солдат. (…) У нас пословица есть: хохлы никуда не годятся, да голос у них хорош.

Михайло. Нiкуди не годяться? Нi, служивий, така ваша пословиця нiкуди тепер не годиться. Ось заглянь у столицю, в одну i в другу, та заглянь в сенат, та кинь по мiнiстрах, та тогдi i говори – чи годяться нашi куди, чи нi?»

В своё время Кочубею пришлось даже испытать гнев Павла I, который отрицательно отнёсся к его записке «О недостатках устройства южных земель России», но в 1802 г. именно по его инициативе Новороссия обрела своё окончательное административно-территориальное деление: была разделена на Таврическую, Херсонскую и Екатеринославскую губернии. В.П. Кочубей высказал тогда надежду, что в ближайшем будущем Одесса сделается важнейшим портом и экспортным пунктом империи.

В 1807 году император Александр отправляется в Тильзит и заключает союз с Наполеоном. Граф Кочубей не побоялся высказать государю своё несогласие, ибо считал, что беспринципный компромисс с агрессором не приведет к долговременному миру. Кочубей стал не жертвой власти, а жертвой интриг. Французский посол Савари раскрыл перед царём контакты Кочубея с английским послом. Александр посчитал это оскорбительным лично для себя – и Кочубей был лишён министерского поста на двенадцать лет.

Теперь экс-министр, наконец, мог заняться своей Диканькой. По некоторым данным, там он побывал на крещении своего родственника, будущего классика Николая Гоголя. Там появляются дворец и триумфальная арка, сохранившаяся до наших дней.

В 1810 году Кочубей стал членом Государственного совета, а два года спустя, когда Наполеон напал на Россию, он вновь оказался вблизи государя. Именно Кочубей рекомендует государю кандидатуру будущего фельдмаршала Михаила Кутузова, героя войны и кумира народа, на пост главнокомандующего.

После войны Кочубей снова удалился в Малороссию, но с 1819 года по июнь 1823 года – вновь на посту главы МВД. Он так и не сумел вернуть себе утраченного с 1807 года доверия Александра. Из министерства были выделены целые сегменты, у государя в фаворе были совсем другие советники – А. Аракчеев, кн. А. Н. Голицын. Ни тема военных поселений, ни создание библейского общества Виктора Павловича не увлекали. Свои усилия он направил на создание непротиворечивого законодательства.

После смерти Александра граф возвращается к активной деятельности. Николай I привлёк Кочубея к разбору дел, оставшихся после предшественника. Ему поручалось подготовить такие предложения, которые бы сделали невозможным повторение восстания декабристов.

В 1831 году Кочубей получил кроме графского ещё и княжеское достоинство, а тремя годами позднее – чин канцлера. Таким образом, к концу жизни по чинам и титулам он полностью сравнялся с дядей – Александром Андреевичем Безбородко.

3 июня 1834 года князь Виктор Павлович Кочубей скончался от припадка грудной жабы (стенокардии) и был похоронен в церкви Святого Духа Александро-Невской лавры в Петербурге.