В Петербурге-Петрограде проходили опыты Заболотного до тех пор, пока революция не перепутала все планы ученого. Уже Временное правительство решило закрыть лабораторию, большевики были согласны с предшественниками, но из-за эпидемии холеры в Петрограде это решение было выполнено лишь в 1920 году. Впоследствии Даниил Кириллович вспоминал:

«Особенно трудно было применение массовых предохранительных прививок. Главным препятствием была нехватка лабораторной посуды и питательных сред для приготовления вакцин. Приходилось искать и реквизировать агар в кондитерских, пользоваться флаконами из-под одеколона как посудой, придумывать приспособления для обогрева термостатов, вместо ампул и пробирок применять бутылки, но все-таки готовить необходимое количество вакцины и пускать ее в дело».

Сохранился текст поздравительной телеграммы, которую он отослал в 1918 году Ленину: «Владимир Ильич я искренне поздравляю Вас с годовщиной Советской власти, я верю в светлое будущее нашей страны, счастливую жизнь советского народа».

У супруги профессора обнаружили туберкулёз. И он решил ее отвезти в Чеботарку. По дороге она еще и заразилась тифом. Всего за пару часов езды до места назначения – Крыжополя – Людмила Владиславовна умерла. До этого он уже похоронил брата и сына.

С тех пор профессор жил один (и это при том, что троих детей Заболотные усыновили официально, а еще десятью сиротами Чеботарки занимались. Также профессор принял участие в воспитании осиротевшего в 1912 году племянника Федора Ивановича).

После смерти супруги Даниил Кириллович решается пробраться по степным дорогам из Чеботарки в занятую к февралю 1920 г. Красной армией Одессу. Здесь он организует бактериологическую лабораторию, собрав для нее по всему городу уцелевшее оборудование. 12 июня 1920 г. Ученый совет Одесского медицинского института на основе представления Д.К. Заболотного принял решение открыть немедленно курс по эпидемиологии.

С 1923 по 1928 г. он снова работает в Петрограде, ставшем за это время Ленинградом. После своего избрания президентом Всеукраинской академии наук в августе 1929 г. Заболотный покидает Ленинград. За время своей непродолжительной деятельности на посту президент ВУАН ученый успел основать в Киеве Институт микробиологии и эпидемиологии. Вот запись в его дневнике от 14 июня 1929 года:

«За последние три месяца выступал двенадцать раз, между прочим в Совнаркоме, на съезде Советов Киевщины, на конференции научных работников Харькова, на съезде комсомола, перед донбассовскими рабочими, на заводах – Краснознаменном и в главных мастерских Юго-Западной железной дороги».

Так царский генерал под конец жизни стал главным украинским ученым.

Даниил Кириллович Заболотный скончался в Киеве 15 декабря 1929 г. На гражданской панихиде выступил приехавший из Москвы нарком просвещения Луначарский. Академика похоронили во дворе его дома в Чеботарке, ставшей Заболотным, рядом с женой. В усадьбе открыли музей, работающий по сей день.