В 1900 г. Даниил Кириллович Заболотный получает орден Св. Станислава II степени. А 23 июня определением Киевской духовной консистории по Ведомству православного вероисповедания «брак врача Даниила Кирилловича Заболотного… по причине нарушения им святости брака прелюбодеянием расторгнуть с осуждением Даниила Заболотного на всегдашнее безбрачие».

Однако выход был найден быстро. Бракосочетание с девицей Людмилой Владиславовной Радецкой состоялось 15 августа 1900 г. в церкви Св. Стефана в Париже, свидетелями были профессор Пастеровского института Мечников и доктор Харьковского бактериологического института Г. Острянин. Год спустя Заболотный представил директору ИИЭМ брачное свидетельство, выданное греческой православной церковью в Париже и засвидетельствованное в Русском консульстве. Данные о его втором браке были внесены в послужной список и вид на жительство.

Врач Петр Красавицкий писал в своих воспоминаниях: «Жена Данилы Кирилловича, действительно, была эффектная, высокого роста дама. Как теперь ее вспоминаю на улице в черном нарядном костюме, в черной большой шляпе. Рядом с ней Д.К. выглядел каким-то старым замухрышкой… высокий, слегка сутулый, рыжеватый, с розовым лицом, серо-голубоватыми небольшими хитрыми глазками, с пыхтящей папиросой в зубах, в военном пальто нараспашку, с придворными вензелями на узких погонах военного врача, без малейших признаков военной выправки, с пружинящей в коленях походкой, покачиванием сзади наперед…»

Исследования на кроликах и макаках в области экспериментального сифилиса были положены в основу докторской диссертации Заболотного. В отчете ИИЭМ за 1905 г., по разделу личный состав, читаем: «Даниил Кириллович Заболотный, надворный советник, состоящий при ЕГО ВЫСОЧЕСТВЕ Принце Александре Петровиче Ольденбургском, по званию Попечителя Института, в качестве специалиста, прикомандированного к Отделу Общей Микробиологии для исполнения научных работ; и. д. профессора бактериологии в Женском Медицинском Институте».

В 1906 г. младший брат ученого Иван был избран думским депутатом и вошел в Трудовую группу. Что же касается политических взглядов самого Данилы Кирилловича, то по этому поводу академик Василий Омелянский отмечал:

«Д. К. Заболотный никогда не был активным политическим борцом. По своим политическим воззрениям он примыкал к партии народных социалистов, в частности был очень близок к кружку, группировавшемуся вокруг «Русского богатства». Одно время он довольно аккуратно посещал еженедельные собрания в редакции этого журнала, где у него было много друзей.

За принадлежность к партии эн-эсов (народных социалистов) Д.К. даже пришлось пострадать: по распоряжению свыше он был уволен от должности врача-специалиста по организации противочумных мероприятий. Д.К., которому в сильной степени был присущ украинский юмор, не мог отказать себе в удовольствии некоторое время после этого подписывать официальные бумаги, ставя перед своей фамилией буквы Н.С., которые можно было понимать и как «народный социалист», и как «надворный советник» – чин, который у него был в то время».

А вот как академик Омелянский описывал Даниила Кирилловича в повседневной жизни:

«Крайне беспечный и до последней степени непрактичный, почти беспомощный в денежных делах, он постоянно нуждался в средствах, хотя и получал их достаточно. Еле сводя концы с концами и живя «от 20-го к 20-му», он умудрялся широко благотворительствовать и, не задумываясь, отдавал нуждающемуся последнюю бумажку, завалявшуюся в его кармане. Не многие знают, что он и его жена дали образование и обеспечили средствами 5 или 6 крестьянских детей из его родного села Чеботарки…» А еще и мальчику-сироте Ян Гую, подобранному в Манчжурии.

В 1915 г. Д. К. Заболотного назначают главным эпидемиологом русской армии, он получает первый чин действительного статского советника. Он добивается решения Ставки Главного Командования об обязательных прививках против холеры, дизентерии, тифа и других инфекционных заболеваний.

Генерал Брусилов в своих воспоминаниях особо отметил, что во время войны 1914–1918 гг. на фронте проблем с инфекционными заболеваниями не возникало. Вот вам и «отсталая Россия»! При этом и во французской, и в германской армиях инфекции косили личный состав.