К 622 г., когда император Ираклий начал активные военные действия против персов, вряд ли Юстиниан I или даже Маврикий узнали бы государство, которым они управляли. Балканский полуостров, а также часть континентальной Греции стали добычей аваров и славян, лангобарды контролировали значительную часть Италии, а вестготы отвоевали у римлян испанские территории. При Фоке (602–610 гг.) и в первые годы правления самого Ираклия в руки к персам попали богатые восточные провинции (Месопотамия, Сирия, Палестина, Египет); персидским войскам удалось проникнуть даже на анатолийский полуостров.

Этот этап мог вполне оказаться финальным в истории Восточной Римской империи, если бы не прочность и адаптивность ее военной организации, сформировавшейся к началу VII в. Успешные военные кампании Ираклия служат убедительной иллюстрацией того, что преобразованная в постюстини-ановский период армия могла действовать на полях сражений достаточно эффективно даже при неблагоприятных обстоятельствах.

Длительная война с персами завершилась полной победой Ираклия и возвращением всех утраченных восточных территорий. Однако успехи были куплены дорогой ценой. Значительные потери, понесенные армией в этой борьбе, привели к последующему ухудшению качества войск и нехватке необходимого снаряжения. Следствием долгих и дорогих (во всех смыслах) кампаний Ираклия станут неудачи, которые постигнут римские войска в грядущей борьбе с новым противником.

В период войны Ираклия с персами в имперской военной организации происходят важные изменения. Две центральные армии (praesentales), по всей вероятности, были объединены. Группировки под командованием магистров Востока и Армении (magistri militum per Orientem и per Armeniam) на востоке и магистра Фракии (magister militum per Thracias) на Балканском полуострове продолжили свое существование. Позже эти три армии приняли участие в войнах с арабами.

О силах, находившихся под командованием магистра Иллирика (magister militum per Illyricum), в источниках нет упоминаний. Учитывая, что в период 610–630 гг. большая часть центральной и северной части балканских провинций была занята славянскими племенами, подчиненными Аварскому каганату, можно предположить, что эта армия прекратила свое существование, а отдельные сохранившиеся ее части вошли в состав других воинских группировок.

После окончания персидских войн, в начале 630-х гг., происходит восстановление отдельных традиционных для имперской военной организации структур. Так на некоторых участках восточной границы вновь появ-лись гарнизоны лимитанов; кроме того, была воссоздана система союзных приграничных арабских государств.

Более глубокие изменения имперской военной организации связаны с утратами обширных территорий в результате начавшихся в конце правления Ираклия столкновений с арабами. Арабские завоевания лишили Восточную империю двух третей ее владений, включая такие важные с экономической точки зрения земли, как Египет, Сирия и Северная Африка.

Пройдя через все эти испытания, Восточная Римская империя сохранила за собой основную территорию в центральной и северной части Малой Азии, южное побережье Балканского полуострова, Эгейские острова, включая Крит. Кипр подвергался нападению арабского флота несколько раз, пока в 688 г. император Юстиниан II (685–695; 705–711 гг.) не достиг соглашения с Халифатом, по которому впредь создавалось совместное управление островом на демилитаризированной основе. Фактически остров затем перешел под контроль мусульман. На западе Империя удержала за собой части Италии, Сардинии, центральные и западные области Северной Африки. Но ситуация в Африке и Италии постоянно ухудшалась, так что территория, подчиненная Константинополю, несмотря на существование сильного флота, все более и более ограничивалась восточным средиземноморским бассейном.

В результате произошедших потрясений государственные общественные институты оказались полностью расстроенными. В этих условиях правительству Империи пришлось коренным образом перестраивать фискальную и административную системы, которые в итоге в VII в. приняли существенно иной облик, чем в предыдущем столетии. Это обстоятельство привело к полному изменению военных структур и формированию качественно новой военной организации — фемного строя, гораздо лучше отвечавшего новым историческим реалиям.

После поражения на реке Ярмук в 636 г. римские войска отступили сначала в Северную Сирию и Месопотамию, а вскоре еще далее — к линии Тавра-Антитавра. Оказавшись в Малой Азии, эти силы подверглись реструктуризации, соответствовавшей сложившемуся военному и экономическому положению Империи.

Балканский лимес, как было отмечено, был уничтожен уже в начале VII в., но отдельные крепости в дельте Дуная и вдоль побережья Черного моря устояли. В дальнейшем их снабжение обеспечивалось морским путем. Эгейские области, как и ранее, оставались источником людских и материальных ресурсов для имперского флота. Остальную часть восточноримских вооруженных сил образовывали войска под командованием экзархов Италии и Африки. Группировка на территории Италии сохранялась вплоть до завоевания Равеннского экзархата лангобардами (751 г.); военные силы Африки прекратили свое существование еще раньше, после того как Карфаген был захвачен арабами (698 г.).