В конце девяностых власть в Чечне была номинальной. Республика превратилась в криминальный анклав, где не действовали российские законы, процветали терроризм, похищение людей и работорговля. Сотни людей в России похищались и переправлялись в Чечню, где за них требовали выкуп либо превращали в рабов.

Исламский террорист Хаттаб под лозунгом создания на Северном Кавказе халифата организовал здесь лагеря подготовки боевиков для проведения терактов в России. После вторжения летом 1999 года в Дагестан боевиков Шамиля Басаева и арабского террориста Хаттаба началась вторая чеченская война.

В Чечне был введен режим контртеррористической операции, который длился почти 10 лет. Это была война во имя защиты территориальной целостности России, и 60 % населения страны поддерживало использование войск для наведения конституционного порядка на Кавказе.

Однако эта война вызвала неоднозначную реакцию в мире. Общественное мнение западных стран по поводу второй чеченской войны расходилось с общероссийским мнением. Главными оппонентами России в мире по поводу событий на Кавказе были США, страны НАТО и Турция. Там считали, что в Чечне происходит не уничтожение террористов, а подавление российскими войсками восстания маленького народа, что нарушаются права человека и ведутся «этнические чистки». При этом западные СМИ цинично скрывали преступления чеченских экстремистов, похищение и торговлю людьми, культивирование рабства, средневековых нравов и законов.

Учитывая опыт первой чеченской войны, российским властям пришлось серьезное внимание уделить информационной войне, разъяснять мировому общественному мнению, что действия федеральных войск направлены прежде всего на осуществление контртеррористической операции на Северном Кавказе.

Группировка федеральных сил в Чечне насчитывала 90 тысяч человек, из них около 70 были солдатами срочной службы и 20 тысяч контрактников. Численность боевиков составляла 20–25 тысяч, которыми руководили Масхадов и Басаев и многочисленные полевые командиры. Основной контингент их составляли 10–15 тысяч профессиональных наемников, которых возглавлял Хаттаб.

К марту 2000 года активная фаза чеченской войны была завершена. Однако боевики продолжали активно вести на территории Чечни партизанские действия, осуществляя теракты, диверсии. К этому времени федеральные силы наладили взаимодействие армии и МВД, стали больше уделять внимания разведке и к середине 2000 года разгромили большую часть организованных боевых формирований сепаратистов и взяли под свой контроль практически все города и села Чечни.

В годы второй чеченской войны группировкой федеральных сил на Северном Кавказе «Запад» командовал генерал Владимир Шаманов, а руководителем опергруппы ФСБ был генерал Сергей Бабкин, который в 2001–2003 годах был начальником УФСБ по Чеченской Республике.

ФСБ всемерно способствовала выполнению поставленных задач по восстановлению мира и правопорядка в Чеченской Республике. Главным было разгромить боевиков и восстановить конституционный порядок при минимальных потерях личного состава и гражданского населения.

Генерал Шаманов, используя опыт афганской войны, старался договариваться со старейшинами, обещая не наносить удары по населенным пунктам, если оттуда не будет обстрелов федеральных войск. Эта тактика часто приносила положительные результаты. Чеченцы нередко даже сдавали незаконно хранящееся у них оружие.

В результате практически все лидеры боевиков были уничтожены. После этого основная часть воинских подразделений была выведена с территории республики, и власть была передана от военных комендатур к Администрации Чечни, созданной по указу президента Путина, и ее местным органам, которые возглавили местные чеченцы.

Однако после взятия территории Чечни под контроль армии боевики перешли к тактике партизанской войны. В этой ситуации силовые структуры и ФСБ перенесли основные усилия на агентурно-оперативную работу, а гражданские власти – на создание экономической базы и рабочих мест для возврата людей к мирной жизни.

Однако остатки банд боевиков, которые укрылись в труднодоступных горных местах Чечни, продолжали систематически устраивать взрывы на дорогах, убийства работников Администрации Чечни и российских военнослужащих. Только в первом полугодии 2001 года ими было совершено более 230 терактов, повлекших гибель сотен людей.

Российское руководство усвоило уроки первой чеченской, особенно в части информационного сопровождения войны и тактики ее ведения. В составе контингента российских войск стало больше опытных частей, и они старались избегать потерь среди личного состава, проводя перед вступлением в бой пехоты серьезные артподготовки и воздушные бомбардировки.

В октябре федеральные войска перешли реку Терек и начали подготовку к штурму Грозного, который длился около трех месяцев. В ходе боев обе стороны понесли значительные потери. Грозный был взят, и остатки чеченских отрядов покинули город.

Был проведен референдумом по новой Конституции Чечни, президентские и парламентские выборы, в ходе которых президентом Чечни был избран Ахмат Кадыров, после гибели которого президентом стал Алу Алханов, а главой правительства сын Ахмата Кадырова Рамзан.

После официального завершения военной кампании в Чечне российским оперативным штабом руководила Федеральная служба безопасности. Его начальник являлся заместителем директора ФСБ. Однако в 2003 году руководство штабом передали в МВД, чтобы показать, что для подавления боевиков уже достаточно только полицейских сил и возможностей.

ФСБ предпочитала не нести ответственность за ситуацию в республике. Тем более что в состав штаба вошли несколько чеченских силовиков, которым федеральные спецслужбы не доверяли, и при проведении операций каждое ведомство действовало самостоятельно.

С приходом к власти в России президента Путина прекратились факты предательства со стороны московских властей, армия и спецслужбы получили возможность действовать в Чечне уверенно и профессионально.

В результате огромных политических, военных, административных и экономических усилий российских властей, а также с помощью настоящих патриотов Чечни в республике удалось установить мир, и контртеррористическая операция была завершена.

Военная контрразведка в эти годы свою роль в достижении мира и безопасности на Кавказе выполнила достойно.