Тело Моцарта подготовили к погребению двое слуг и Йозеф Дейнер. Констанция была в состоянии истерической прострации. После того как тело вынесли, чтобы доставить в собор Св. Стефана, она задержалась, чтобы записать несколько слов в тетрадь Моцарта, в память о совместных годах «нежнейшего, неразделимого брачного союза» и с молением о том, чтобы она смогла в скором времени с ним воссоединиться в жизни вечной. Она еще тогда бросилась (согласно ее последующему рассказу) на смертное ложе, в надежде заразиться смертельной болезнью мужа – похожей, скорее всего, на водянку или злокачественный тифус, осложненный нервным истощением и недостаточным питанием. Она не пошла ни в церковь, ни к могиле. Довольно скоро ей пришлось собраться, чтобы принять на себя массу долгов, которые были ее единственным наследством, и участвовать в петиции, написанной от ее имени императору Леопольду от 11 декабря, через шесть дней после смерти. Император дал разрешение на проведение благотворительного концерта под собственным его патронатом, а затем назначил ей пенсию в 22 гульдена (около $10) в месяц. Имея эти средства, а также доходы с продажи издателям рукописей Моцарта и отельные случайные льготы, она сняла жилье и брала плату с жильцов, как это делала ее мать в подобных обстоятельствах.

В 1799 году у неё поселился Георг Николаус фон Ниссен, советник датского посла в Вене. Вскоре после этого она стала его любовницей. Он хорошо к ней относился и помогал обеспечивать ее сыновей, которые проживали в Праге, где оба получили приличное музыкальное образование. Карла обучал друг его отца, Франц Душек. В 1809 году Ниссен готовился к возвращению в Копенгаген, и он женился на Констанции, чтобы она могла сопровождать его без скандала. В этом браке у нее не было детей. В 1808 году, вероятно, предвидя отъезд из Вены, Констанция в первый раз отправилась на кладбище Святого Марка и спросила, где могила Моцарта. Сторож, который 17 лет тому назад опустил гроб с телом в общую могилу, к тому времени умер, и спросить (все общие могилы перекапывались каждые 10 лет), где покоился Моцарт, было не у кого. Никто не подумал о том, чтобы заказать крест или камень и обозначить место захоронения.

Констанция фон Ниссен прожила в Копенгагене 10 лет, после чего супруг оставил дипломатическую службу, и они вернулись в Австрию, чтобы работать над первой биографией Моцарта. Ниссен умер в 1826 году, а Констанция проследила за публикацией книги издательства «Брейткопф и Гертель», вторично оставшись вдовой, и подписывалась она «Констанция, вдова фон Ниссен, прежде вдова Моцарт». Биография Ниссена ненадежна во всем, что касается личной жизни Моцарта и его семьи, поскольку всё было пропитано предубеждениями Констанции и ее заботой о сохранении репутаций. Использованные письма также были подделаны. После смерти Ниссена Констанция переселилась на постоянное жительство в Зальцбург (где в 1829 году умерла Наннерль, ослепшая), и оставалась там до конца своей жизни, навещаемая сыновьями и выдающимися музыкантами, совершавшими паломничество на родину Моцарта. Шестого марта 1842 года, в возрасте 79 лет, Констанция скончалась и была похоронена на кладбище Св. Себастьяна, в одной могиле со своим неумолимым врагом, свекром Леопольдом.

Старший сын Карл не проявил особенных способностей ни в одной области и был попеременно торговцем, музыкантом и мелким служащим в каком-то казенном учреждении в Милане. Там, неженатый, он ушел из жизни в 1859 году. Франц Ксавер Вольфганг имел больше способностей к музыке и был известен как дирижер и пианист. Он был связан с одним дворянским семейством в Лемберге (Львов) в качестве учителя музыки, а позже поселился в Вене. Делал некоторые попытки сочинять музыку, но незначительные не только сами по себе, но и в сравнении с музыкой отца. Он тоже не женился, в результате чего потомков Моцарта не осталось; умер Ф.К. Вольфганг в Карлсбаде в 1844 году.

Любимцем Констанции скорее был Карл, и в письмах к нему она демонстрировала твердость и проницательность, совершенно отличные от легкомысленного характера женушки, какой она была для Моцарта. Эта перемена объясняется полностью влиянием Ниссена; он научил ее поддерживать дела в порядке и помнить о ценности каждого пенса. Она возвела все это в степень корысти. Она утратила свою непосредственность и небрежное отношение к добродетели и вместе с тем, задним числом, выражала сентиментальные чувства к Моцарту и его музыке, каких никогда не проявляла при его жизни. Это естественно: Констанция не имела представления о его значимости, пока была его женой; в этом, как и во всем прочем, она руководствовалась мнением окружающего мира.