Организация вооруженных сил в период правления Юстиниана I концептуально была той же, что и в IV–V вв. Однако это вовсе не означает, что за прошедшее время она оставалась совершенно невосприимчивой для каких-либо модификаций. Напротив, она продемонстрировала достаточно высокую пластичность, чутко реагируя на динамику процессов, происходивших как внутри Империи, так и на внешнем контуре ее границ.

Одно из наиболее важных изменений в военной системе касалось комплектования подразделений регулярной армии личным составом. Отсутствие в Кодексе Юстиниана упоминания о рекрутском золоте (aurum tironicum) свидетельствует, что правительство более не требовало от землевладельцев отправлять на воинскую службу своих колонов. Объясняется это, прежде всего, тем, что в Восточной империи колонат не получил такого широкого развития, как в Западной, и крестьяне часто сами выступали в качестве собственников земли или же как свободные арендаторы.

При Юстиниане власть ориентировалась на привлечение в армию добровольцев из числа подданных Империи. Папирусы VI в., перечисляющие войска, находившиеся в Нильской долине, показывают, что все упомянутые в них солдаты носят либо египетские, либо греко-римские имена — нет ни одного солдата-варвара. В этом отношении характерными представляются слова, с которыми обращается к своим солдатам полководец Герман, напоминая им о благодеяниях, оказанных императором: «Вас, пришедших из деревень с сумой и в одном рваном плаще, он собрал в Визáнтии и сделал такими, что все счастье римского государства находится в ваших руках» (Procop., BV, II, 16, 13).

Как гарнизонные войска, так и подразделения действующей армии часто были укомплектованы в основном сыновьями ветеранов. Принцип наследственной военной службы, утвержденный Константином I, по-прежнему сохранялся, но, в отличие от того, что было в IV столетии, военное происхождение превратилось в привилегию, доказывающую, что рекрут был свободен от каких-либо наследственных повинностей и имел право стать солдатом.

Многолетние непрерывные войны, проводившиеся в период правления Юстиниана, привели к большим потерям в рядах армии, восполнить которые в короткое время было весьма непросто, опираясь исключительно на принцип добровольного комплектования. Поэтому правительство вынуждено было прибегать к принудительному набору, привлекая к службе население недавно возвращенных под власть Империи провинций. Так, после завоевания Велизарием королевства вандалов местные жители должны были образовать подразделения лимитанов, чтобы охранять старую римскую границу (CI, I, 27, 2, 8).

Менее заметными были изменения в снабжении армии. Государство, по крайней мере частично, продолжало обеспечивать войска оружием. Сохранились также и государственные поставки лошадей. Однако соответствующий закон не вошел в Кодекс Юстиниана, поскольку в это время лошадей получали главным образом из императорских доменов, находившихся на территории Малой Азии.