Тем временем на родине Инди, в США, в 1936 году ходят слухи, что на рынке появилось несколько ценных «чачапойских статуэток» и что продавцом их может быть старый знакомый Индианы профессор из Принстона по имени Форрестал. Решив остановить его (а может быть, и чтобы добыть статуэтку для себя), Индиана отправляется в Перу, где проводники предают его и где, как он и ожидал, обнаруживается труп Форрестала, нанизанный на колья в храме с идолом. Решив забрать идола, Индиана ловко уворачивается от всех ловушек, кроме последней, которая срабатывает от изменения веса идола, и едва не погибает от огромного каменного шара. Нашему археологу удаётся спастись, но на выходе он сталкивается со своим заклятым врагом Рене Беллоком, который забирает статуэтку.

В поисках утраченного ковчега»

Индиана возвращается в колледж Маршалла, где снова приступает к своим преподавательским обязанностям, но с ним связываются два агента американской разведки, которые уже некоторое время следят за его передвижениями. Они сообщают, что нацисты хотят найти предмет, называемый посохом Ра. Инди быстро связывает эту информацию со своим старым наставником Эбнером Рэйвенвудом и его навязчивыми поисками Ковчега Завета – сундука, в котором Моисей хранил переданные ему Иеговой Скрижали Завета. Решив наконец-то найти его, Индиана отправляется в Непал, чтобы разыскать Мэрион, управляющую основанным её отцом трактиром, ведь у неё должен находиться медальон, навершие посоха Ра, – ключ к местонахождению ковчега. Мэрион встречает его более чем холодно, обвиняя в том, что он оскорбил её чувства, когда она была ещё почти ребёнком. Тут в их спор вмешиваются нацисты под руководством агента гестапо Арнольда Эрнста Тота, который хочет отобрать медальон, но в ходе завязавшейся драки трактир сгорает, а Мэрион соглашается помочь Инди в поисках и становится его спутницей.

Следующая их остановка – Каир в Египте, где Инди встречается со своим старым другом Саллахом и узнаёт, что помогает нацистам искать Колодец Душ (именно в нём посох Ра должен указать местоположение ковчега) не кто иной, как Беллок. Там друзей преследуют нацисты, и после сильного взрыва Инди считает, что потерял Мэрион навсегда. Вместе с Саллахом они продолжают поиски, и, отыскав погребённый под песками Зал карт, Инди раскрывает местоположение ковчега, а заодно и обнаруживает живую Мэрион! Однако он решает оставить её в плену на некоторое время, чтобы раскопать Колодец душ и найти легендарный ковчег. Но, как это не раз бывало в прошлом, в самый важный момент Индиану останавливает Беллок, который похищает сокровище и оставляет Инди с Мэрион (Саллаху удалось выбраться) в подземной камере, кишащей змеями.

Выбравшись из ямы, Джонс хочет помешать нацистам доставить ковчег на самолёте в Берлин, что он и делает, уничтожая самолёт. Также ему удаётся завладеть грузовиком, перевозящим ковчег. Инди с Мэрион решают уплыть на корабле, которым управляет друг Саллаха по имени Катанга, но все они снова оказываются в ловушке. Инди удаётся проследить за захватившими корабль нацистами и проникнуть на подводную лодку, которая прибывает на остров под кодовым названием Гемайнхавен, расположенный где-то в Средиземном море. Там Инди блефует и угрожает уничтожить ковчег, но его задерживают.

В конце концов Беллок, Тот и нацисты хотят открыть ковчег, чтобы овладеть его силой, но тут из сундука, по-видимому, наполненного только песком, появляются странные духи. Инди предупреждает Мэрион, чтобы она не смотрела на них, и духи уничтожают всех остальных, включая старого врага Джонса, Рене Беллока.

В Америке Джонса поджидает разочарование – правительство решило отправить ковчег на хранение в секретном складе, а не передавать его в музей, но, по крайней мере, у него остаётся Мэрион, с которой у него ещё будет много приключений по всему свету и неожиданных открытий.