Возможно, подавленный потерей любимой жены, мрачным эпизодом с Мэрион и утратой дружбы со своим наставником Эбнером Рэйвенвудом доктор Джонс проводит следующий 1927 год, погрузившись в изучение и преподавание кельтской археологии в Лондонском университете.

The Genesis Deluge («Великий потоп»)

Однако и там дела идут далеко не лучшим образом: из университета его исключают, поскольку кафедра недовольна слишком широким спектром его исследований, которым он отдаёт предпочтение, вместо того чтобы сосредоточиться на своих академических обязанностях. От нечего делать Джонс возвращается в Чикаго, где, воссоединившись со своим старым другом Джеком Шенноном, получает своё первое задание в качестве археолога для «частного» клиента: доктор по имени Зоболоцкий уверен, что нашёл подсказки о существовании Ноева ковчега на горе Арарат в Турции. Инди хватается за возможность вернуться к приключениям, но, когда они приезжают в Малую Азию, их похищают. Только тогда становится известно, что за Зоболоцким следят янычары (члены мусульманской секты, миссия которой – охранять ковчег), а янычар, в свою очередь, преследует фракция большевиков, готовых на всё, чтобы уничтожить любые доказательства существования Бога. Инди и дочь Зоболоцкого Катрину бросают на гибель в туннели Каппадокии, и во время побега они находят нечто удивительное: погребённый в леднике гигантский корабль: Ноев ковчег. К несчастью, снежная лавина погребает корабль навсегда, а заодно и их врагов. Джек с Катриной отправляются в Соединённые Штаты, а в руках Инди остаётся лишь кусок дерева от ковчега. Маркус Броуди советует Индиане никому не рассказывать эту историю, потому что такой бредовый рассказ может положить конец его карьере археолога.

The unicorn’s legacy («Наследие единорога»)

Оставшись без работы, Инди снова вынужден искать её, и в итоге некоторое время преподаёт в Новой Англии, после чего решает вернуться в Юту, чтобы изучать доисторическую культуру анасази – снова в обществе Джека Шеннона. Однако вскоре они сталкиваются с неприятностями: объявляется Роланд Уолкотт, старый враг Инди, которого считали погибшим. Он похищает Джека, приняв его за Инди, и объявляет о своих планах, кажущихся безумными: в качестве выкупа он хочет получить аликорн, то есть рог единорога! Инди и Маркус Броуди решают обмануть всех с помощью фальшивого рога, после чего, победив врагов и завладев настоящим рогом, Инди решает вернуть его в развалины, где ему и место, и навсегда запечатывает вход. Однако он ещё не знает, что только что нарушил равновесие не одного, а целых двух миров.

Спустя некоторое время, в 1929 году, Маркус снова зовёт Инди отправиться в приключения, на этот раз по весьма существенной причине – пропал сводный брат Маркуса, Ганс Бейтельхаймер, одержимый мифическим пиратским кораблем-призраком. В его поисках Инди отправляется на остров Пасхи. Там он пытается расшифровать таблички ронго-ронго и находит таинственный подземный ход. Вскоре он приходит к мысли, что, запечатав храм с аликорном в предыдущем приключении, он сам нарушил баланс между двумя мирами: обыденным внешним и легендарным внутренним. После этого он узнаёт, что Малейва, военный лидер этого неизвестного мира, хочет использовать силу рога единорога, чтобы манипулировать сознанием молодого немецкого политика по имени Адольф Гитлер и захватить мир. Однако Инди удаётся вовремя перехватить Малейву, который в итоге погибает, упав со статуи Свободы.

The interior world («Нижний мир»)

Примерно в это же время Инди и его коллега-археолог по имени Суонсон посещают полуостров Юкатан, где Суонсон исчезает во время извержения вулкана. Спустя некоторое время Инди находит его умирающим в индейской деревне и получает из его рук странный амулет, который впоследствии будет иметь огромное значение в его жизни: кулон в виде пернатого змея. Чуть погодя, в ноябре, Инди получает то, что позже назовёт «своей первой настоящей работой»: его назначают руководителем раскопок в Исландии в рамках так называемой экспедиции Джастро.

The Fate of Atlantis

Там же он знакомится с интересной женщиной, во многом равной ему, с которой он ещё не раз встретится в будущем. Ее зовут София Хэпгуд, она из богатой бостонской семьи, у неё тёмно-рыжие волосы и зелёные глаза. Несмотря на то что она тоже археолог, её с самого начала что-то отличает от Инди и настраивает против него: в отличие от нашего главного героя, она верит в некие силы, проклятия и предчувствия, в сверхъестественное и в оккультное. Есть в ней и нечто тёмное: она не гнушается продавать краденые предметы и никогда не ясно, на чьей она стороне. Все эти противоречия делают её заманчивой и привлекательной, но дальше этого дело не идёт; Инди вспоминает год, проведённый рядом с ней, как «самый холодный в своей жизни»; между ними так ничего и не происходит.

Пока что не происходит.