Однако ему предстоит пережить ещё одно из самых захватывающих приключений в жизни. В пятьдесят шесть лет археолог снова сталкивается со своими давними врагами – советскими военными, которые, захватив его и его друга Макхейла по прозвищу Мак, проникают на секретную базу «Зона 51» в пустыне Невада (где помимо прочих артефактов хранится и Ковчег Завета). Там им представляется женщина по имени Ирина Спалько, которая требует от Инди «сотрудничества» в поисках.

«Королевство хрустального черепа»

Когда Инди пытается бежать, Макхейл предаёт его. Индиану отвозят в странный город, который на самом деле оказывается полигоном для испытания атомной бомбы. Инди удаётся выжить после взрыва, но представители властей начинают подозревать его в сотрудничестве с коммунистами из-за связи с предателем Макхейлом.

После увольнения из колледжа Инди решает переехать в Нью-Йорк, но по пути встречает парня-бунтаря по имени Матт Уильямс, который помогает ему сбежать от агентов ФБР и наводит на след старого друга по имени Гарольд Оксли – пропавшего археолога, одержимого идеей найти мифический хрустальный череп Акатора. Матт просит Инди о помощи, и вместе они отправляются в Перу, где разыскивают гробницу конкистадора Франсиско де Орельяны и находят таинственный хрустальный череп странной формы. Тут же их окружают советские военные под руководством Ирины, которой помогает Мак.

Советские военные хотят использовать череп как инструмент контроля сознания, чтобы обратить весь мир к коммунизму, а Ирина выясняет, что череп принадлежит инопланетянину и что в джунглях Амазонки могут находиться другие хрустальные черепа. Заодно военные доставляют к гробнице и сумасшедшего Окскли, но он мало чем может помочь, поэтому они угрожают Матту и его матери, которая, к удивлению Инди, оказывается Мэрион Рэйвенвуд, его давней возлюбленной. Мало того, в момент крайней опасности она открывает, что Матт – не кто иной, как «Генри Джонс III», сын Индианы Джонса.

Вместе с Оксли и Маком, который убеждает их, что является двойным агентом ЦРУ, герои сбегают от советских военных и находят храм Акатора, где находят тринадцать инопланетных хрустальных скелетов. Военные следуют за исследователями, окружают их, и Ирина настоятельно просит пришельцев передать ей все тайные знания прямо в мозг. В процессе передачи знаний открывается пространственный портал, засасывая советских солдат и Мака, но сама Ирина погибает, не в силах усвоить знания пришельцев.

Покидая Акатор, исследователи видят летающую тарелку, перемещающуюся в другое измерение.

После этого приключения Индиана вновь устраивается на работу в колледж Маршалла, становится помощником декана, получает Почетную медаль конгресса из рук Дуайта Д. Эйзенхауэра и наконец после многих лет отказа связывать себя узами брака женится на Мэрион.