Став начальником Ферганской области, Скобелев начал осваивать азы гражданского управления. Современники утверждали, что после этого характер деятельности Михаила Дмитриевича резко изменился. После блестящих военных он начал проявлять выдающиеся административные способности. Если до этого он действовал решительно и смело силой оружия, то теперь управлял при помощи добра, мудрости и ласки. Он был доступен для многочисленных посетителей, обиженные находили в нем защитника, обидчики – строгого судью.

Михаил Дмитриевич подчеркнуто уважал местные обычаи. Поступая так, он вселял и укреплял у новых подданных мнение, что с русскими лучше жить в мире, чем во вражде, что созидательный хозяйственный труд приносит больше пользы, чем случайная военная добыча. Вскоре такое мнение стало господствующим среди населения на всем севере Ферганы.

В это время Михаил Дмитриевич проявил себя и как человек, склонный к тонкой политической игре. Юг Ферганской области обрамляли высокие Алтайские горы, за которыми высился Памир. За Памиром был Афганистан – в то время загадочное для русских ханство. Другая часть Памира принадлежала Китаю. Общим для этих горных мест было название Кашгар, общей была властная правительница – дахты. Курган-джан, общим было название подвластного ей народа – киргизы. Киргизы считались самыми воинственными из племен Ферганы, с которыми считались даже некогда могучие ханы Коканда.

После разгрома русскими этого ханства Курбан-джан, надеясь, вероятно, на недоступность Алтая, отказалась от повиновения русским, и по ее приказу шайки киргизов начали совершать набеги на мирные аулы жителей Ферганы.

По приказу Скобелева из Ферганы в Кашгар была отправлена экспедиция под началом А.Н. Куропаткина. Официально она именовалась научной, но имела и другую задачу – исследовать Кашгар и произвести разведку военной силы.

Алтайцы быстро поняли истинный смысл этой экспедиции и совершили на нее нападение. Куропаткину с трудом удалось отразить атаку горцев и вести своих людей в безопасное место.

После этого Скобелев решил лично наказать непокорную правительницу и повел войска против «алтайской царицы». Те оказали отчаянное сопротивление, но оно оказалось неэффективным. Киргизы ушли вначале в горы Памира, затем скрывались на территории Афганистана.

Курбан-джан с младшим сыном также пыталась бежать в Афганистан, но была схвачена разбойниками. Русские казаки отбили у них «алтайскую царицу», после чего она была доставлена к Скобелеву, который принял ее с большими почестями. От этого приема стальное сердце Курбан-джан смягчилось. Она добровольно присягнула на верность России, а мудрый генерал-губернатор «вернул» ей власть над киргизами. Впредь Российская империя на многие годы обрела спокойствие за состояние дел в этом регионе.

Таким образом, и на административной должности М.Д. Скобелев сумел себя хорошо зарекомендовать, хотя эта работа явно ему не нравилась. В одном из писем сестре он писал: «Я устал от того, что постоянно вынужден копаться в каких-то мелочах, решать вопросы, не относящиеся к армии. Душа просится в строй. Убегу отсюда, как только представится такой случай». И нужно сказать, что он сдержал данное обещание.