Вероятностные законы образования зигот действуют только в случае беспорядочных (случайных) половых связей. В случае, например, гомогенного подбора (подобный скрещивается с подобным) или инбридинга (близкородственные скрещивания) в популяции наблюдается нехватка гетерозигот и избыток гомозигот по сравнению с тем соотношением, которое следует из закона Харди – Вайнберга.

Это происходит потому, что однотипные гомозиготы каждого класса производят только гомозигот того же класса, а гетерозиготы производят только половину гетерозигот и по четверти гомозигот каждого класса. В конечном счете в такой популяции практически не остается гетерозигот. При этом частоты аллелей могут оставаться неизменными в длинном ряду поколений, но в итоге популяция распадается на две отдельные линии, которые со временем могут стать отдельными видами.

А вот при исключительно гетерогенных скрещиваниях в популяции в каждом поколении наблюдается избыток гетерозигот и нехватка гомозигот. Но и в этом случае частота аллелей не меняется из поколения в поколение.