В годы правления Екатерины была проведена губернская реформа, результатом которой стало новое административно-территориальное деление страны, сохранившееся вплоть до революции 1917 года.

При ней было прекращено преследование старообрядцев, строились католические и протестантские церкви, мечети, однако по-прежнему переход из православия в иную веру жестоко наказывался.

Одновременно с этим Екатерина издает закон о взятии в казну оставшейся еще у церкви земли. Не желая, чтобы монашество, почти уничтоженное ее предшественниками, увеличивалось, она устанавливает для каждого монастыря точно число монашествующих, которое он может иметь.

Екатерина II, так же как и Петр I, безжалостно давит на Православную церковь и православное духовенство. Закрывается масса монастырей повсюду, особенно много на окраинах и в Сибири. Если Петр уничтожил треть бывших до него монастырей, то Екатерина постаралась уничтожить большую половину оставшихся после Петра.

Заявление Екатерины II, что она вступила на престол для поддержки православия, которое унижалось прежним правлением, оказалось лицемерной фразой.

Неизвестный художник. Подлинное изображение бунтовщика и обманщика Емельки Пугачева. 1774

Крайне бедственным стало положение крестьян. Крепостное состояние крестьян, вместо того чтобы быть ограниченным, как это сначала замышлялось Екатериной, стало еще тяжелее. За помещиками было признано право ссылать своих людей на каторгу без суда, у крестьян отняли право жалобы. Увеличение числа крепостных крестьян нарастало из-за громадных раздач их фаворитам и сановникам.

Все это не могло не вызывать волнений в крестьянской среде. В 1773–1775 годах произошло восстание под руководством казака из донской станицы Зимовейская Емельяна Ивановича Пугачева. Пугачев поднял крестьян, распространяя ходивший в народе слух, что Петр III был убит своей женой немкой и дворянами за то, что он хотел дать также вольность и крепостным. Сам Пугачев выдавал себя за спасшегося Петра III.

Главный лозунг Пугачева: «Свобода православной веры».

Пугачев в своих манифестах обещал, что в его царстве все будут «держать старую веру, будет запрещено брить бороду и носить немецкое платье».

В манифестах Пугачев повелевал ловить дворян в их вотчинах, казнить и вешать: «по истреблении оных злодеев дворян, всякий может восчувствовать тишину и спокойную жизнь, которые до века продолжаться будут».

Из манифеста Е. И. Пугачева:

«Кто не повинуется и противится: бояр, генерал, майор, капитан и иные – голову рубить, имение взять. Стойте против них, голову рубите, если есть имущество, привезите царю: обоз, лошади и разное оружие доставьте царю, другие пожитки раздайте армейским людям. В одно время они вас объедали, лишали моих рабов воли и свободы, сейчас вы их рубите, но если не подчиняются. Кто повинуется, тот не противник – того не трогайте. Кто признает меня, кто нашел прямой путь ко мне, – пусть несет воинскую службу. Противников же казнить буду. Не оставайтесь в неведении, пожалуйста.

Чтобы верили: сам я, Петр Федорович, подписался тако: Я самый Петр Третий.

Декабрь, 1773 г.»