Решительно отказался принять новые книги (еще в 1657 г.) знаменитый Соловецкий монастырь. 8 июля 1658 года Соловецкий иноческий Собор, возглавляемый игуменом Илией, составил приговор о непринятии новых книг. Не признали там и постановления Соборов 1666–1667 гг., равно как и назначенного патриархом Иоасафом II нового архимандрита Иосифа. Все это в значительной мере было делом рук сосланных туда противников Никона.

С 1668 года к Соловецкому монастырю посылались войска, но с приказами «потеснить», однако не делать «приступа» и «не стрелять по ограде». В монастыре же были собраны огромные запасы продовольствия, было 90 пушек, 900 пудов пороха и множество ядер. Только в декабре 1675 года была сделана попытка взять монастырь приступом (безуспешно), и 22 января 1676 года монастырь наконец был взят, зачинщики казнены, другие разосланы в остроги. Покаявшихся простили и оставили жить в монастыре.

Воевода Мещеринов подавляет Соловецкое восстание. Лубок. XIX век

Военная победа в Соловецком монастыре не изменила духовной атмосферы севера. Богомольцы, возвращавшиеся от стен осажденного монастыря, разносили весть о страдающих в благочестии насельниках и нечестии царя.

Когда 29 января, через несколько дней после победы, скончался царь Алексей, пошел слух, что перед смертью царь познал свое преступление и посылал приказ отступить, да было поздно. Побежденные монахи прославлялись народом как «новые страстотерпцы и преподобномученики».

Вследствие большого влияния Соловецкого монастыря на севере именно здесь особенно интенсивно стал распространяться раскол. В глуши лесов завелись скиты «поморян». С севера раскол перекинулся в новгородские и псковские земли, в Прибалтику, в костромскую, вязниковскую, брянскую и керженскую области. Некоторые раскольники уходили в Польшу, на Кавказ, в Сибирь. На юге раскол привился среди донских казаков. Раскол стал неотъемлемой частью русской действительности.

Последствия раскола не замедлили сказаться в самом ближайшем будущем: в царствование Петра I разъединенная церковь не найдет в себе сил противостоять желанию Петра подчинить церковь гражданской власти и, таким образом, развязать себе руки и подменить русскую православную монархию строем, где глава государства обладал диктаторской властью. Раскол явился вехой в русской истории, после которой духовная жизнь государства начала утрачивать свою православную сущность. Степень преследования раскольников в течение последующих более 200 лет во время царствования различных императоров менялась, но только в 1905 году, перед Пасхой, император Николай II даст свободу всем конфессиям (за исключением изуверских).

Все это вносило разделение в государство и создавало почву для распространения всевозможных сект как русского, так и зарубежного происхождения, подрывая православие.