Побочные линии становятся причиной многих проблем, которые можно разделить на несколько категорий. Прежде всего часто побочным линиям не хватает структуры. Они плутают, остаются вне центра внимания. Они путают зрителя, который не понимает, о чем в действительности эта история и что вообще происходит. Они, скорее, носят эпизодический характер, нежели выступают частью продуманного повествования. Иногда трудности в сценарии возникают потому, что второстепенная линия не взаимодействует, не пересекается с основным сюжетом — складывается впечатление, что она никак не сказывается на истории. Несмотря на то что побочная линия может быть вполне интересной, она блуждает по общему сюжету, не имея отношения ни к одному событию. Порой такая второстепенная линия лишена развязки и от нее нет никакой отдачи. В «Звездном пути» (2009) Кирка и лейтенанта Ухура связывает побочная линия, которая частично имеет отношение к имени лейтенанта. Однако в итоге его имя никак не обыгрывается, и в конце концов Нийота Ухура оказывается со Споком, хотя для такого поворота не было никаких предпосылок. В фильме «Места в сердце» побочная любовная линия Уэйна и Ви имеет мало отношения к истории Эдны, в то время как Эдна — протагонист, а второстепенным линиям положено пересекаться с центральной.

В некоторых сценариях трудности возникают потому, что побочная линия занимает не то место. Вместо того чтобы пройти сквозь всю историю, переплетаясь с сюжетом, она обыгрывается первой. В результате основная сюжетная линия берет начало много позже того момента, когда мы обретаем уверенность, что побочная линия и есть главная история. В фильме «Из Африки» Карен и Брора связывает мощная побочная линия, которая потом просто обрывается. Как следствие, центральная сюжетная линия между Карен и Денисом начинается очень поздно — около 70-й минуты.