Благодаря своей популярности, особенно среди петербургского простого люда, Матронушка попадает в поле зрения полиции. В январе 1897 г. из Управления С.-Петербургской сыскной полиции в Духовную консисторию приходит отношение, в котором описывается ее образ жизни и указывается на ее авторитет среди народа, сообщается о приеме ею посетителей. В Консистории заводится «Дело о костромской мещанке Матроне Петровой Мыльниковой, называемой в народе “блаженная Матренушка”».

Дело проходит по I Экспедиции, которая занималась вопросами, касающимися охранения и распространения православной веры. Консистория предписывает Благочинному Василеостровского округа протоиерею Павлу Матвеевскому «поручить священнику, в приходе которого проживает Мыльникова, испытать религиозные убеждения Мыльниковой, объяснить действия ее, прописать в сообщении сыскной полиции и, если она отступает в чем-либо от православия, преподать ей пастырские увещевания»102. Епархиальная власть поручает священникам собора выяснить, является ли Матрона Мыльникова истинно православной, не проповедует ли сектантских мнений. Вопрос для того времени весьма злободневный.