В 1860-х гг. новый импульс получило и развитие Богоявленского монастыря. Настоятельница соседнего с ним Анастасиина-Крестовоздвиженского монастыря игуменья Мария (Давыдова) в 1863 г. добилась передачи разрушающихся строений ее обители. Начались сложные работы по восстановлению старых и строительству новых зданий, налаживанию на новом месте благотворительной деятельности49.

Особая судьба ждала монастырскую больницу. Императрица Мария Александровна, известная своей благотворительностью, распространением в народе образования и медицины, в феврале 1873 г. в личном разговоре с игуменьей Марией предложила ей организацию народной лечебницы — «в виде и первого опыта»50.

На прежней территории Анастасиина монастыря рядом с училищным корпусом был возведен двухэтажный каменный дом, в котором разместились больничная палата на девять коек, амбулатория, аптека для безвозмездного отпуска лекарств, лаборатория для их приготовления и помещение для сестер, определенных к больнице. Позже больничный корпус был переведен на территорию Богоявленского монастыря.

Первоначально лишь восемь сестер и несколько мирских женщин обучались правильному уходу за больными. Постепенно к ним присоединились воспитанницы старших классов училища. Заметив это, матушка испросила высочайшего позволения желающих «подготовлять теоретически и практически» к прохождению обязанностей сестер милосердия.

Поскольку это могло способствовать подготовке фельдшериц для Красного Креста, августейшее согласие было получено, и уже в начале военных действий в 1877 г. был подготовлен отряд «сердобольных сестер», который отправился на Кавказ в военные лазареты, остальные же служили в местных эвакуационных госпиталях51. Можно предположить, что где-то среди них была и Матрона Петровна Мыльникова, хотя подтвердить или опровергнуть этот факт на основе сохранившихся монастырских бумаг, частично сгоревших в пожаре костромского архива, не удалось.

Тем временем в Костроме дело было поставлено на поток, открылись курсы теоретических и практических знаний, на которых было подготовлено 66 сестер и фельдшериц, среди которых было 24 сестры из Богоявленского монастыря, 25 — из других обителей и 17 представительниц светского звания. Позже, в сентябре 1888 г. фельдшерские курсы при монастыре были преобразованы в курсы сестер милосердия Красного Креста, но в это время Матронушка уже находилась в Петербурге.

Возрожденный Богоявленский Анастасиин монастырь стал местом паломничества представителей Царского Дома Романовых и многих церковных и государственных деятелей конца XIX — начала XX в. в июле 1897 года, а затем в октябре 1902 года, монастырь посетил святой праведный Иоанн Кронштадтский52.

Последнее посещение Костромы царствующей династией произошло 19–20 мая 1913 года, когда в Костроме проходили торжества, связанные с празднованием 300-летия Императорского Дома Романовых. Матронушка не дожила до этих торжеств, но за полгода до смерти, в 1910 г., она предсказала грядущие трагические события 1917 года.

Баженов пишет, что незадолго до смерти Матронушка зимой посетила Кострому и, между прочим, была у игумении Богоявленско-Анастасиинского монастыря Анны († 1912 г.)53.