Аурангзеб официально занял престол в июне 1659 года и принял имя Аламгир («покоритель Вселенной»). Его правление подразделяется на два периода почти равной продолжительности. Первый период (1658–1681) прошел в Северной Индии, второй (1682–1707) — в Декане. В первый период Аурангзеб в основном занимался делами в пограничных областях на северо-западе и северо-востоке, а также в Раджпутане. Тем временем на юге Шиваджи создавал индуистское государство маратхов, и это заставило падишаха в корне изменить географию своей политики. Во второй период правления Аурангзеба Северная Индия отошла на второй план, и падишах со своим двором, воинами и лучшими военачальниками жил на юге, где происходили важнейшие события.
Северо-восточная граница. Мир Джумла был назначен наместником Бенгалии. Перед ним была поставлена задача наказать непокорных заминдаров в Бенгалии и соседнем Ассаме. Выступив в 1661 году из Дакки, он вторгся в Ассам. В марте 1662 года могольская армия достигла столицы Ассама Гархгаона и захватила там громадную добычу. Но тут Мир Джумла заболел, и могольские военачальники почти все вышли из его подчинения. И хотя был заключен договор на благоприятных для Моголов условиях, никакой пользы из него извлечь не удалось. Мир Джумла умер в марте 1663 года, и территории, которые Моголы должны были получить согласно этому договору, им не достались.
Шаиста-хан, дядя Аурангзеба со стороны матери, ставший после Мир Джумлы наместником Бенгалии, в 1666 году завоевал Чатгаон (Читтагонг), который принадлежал правителю Аракана, и туда был назначен могольский фоудждар. Араканцы также были разбиты на море, после чего Шаиста-хан захватил остров Сандвип в Бенгальском заливе.
Северо-западная граница. Горцы — племена афридиев, юсуфзаев, хаттаков и т. д., — жившие на пути из Индии в Афганистан, считались подданными Моголов, которые признавали их право взимать дань с караванов, проходивших в Кабул; тем не менее они всегда готовы были взбунтоваться.
В 1667 году восстали юсуфзаи. Они хлынули вниз, в долину, и прервали связь между Дели и Кабулом и между Кабулом и Кашмиром. В 1672 году произошло восстание афридиев и хаттаков, которое продолжалось три года и закончилось только после того, как за дело взялся сам Аурангзеб и на горцев были брошены весьма значительные силы.
Афганская война имела серьезные последствия для политики Аурангзеба. Она сделала невозможным использование афганцев в последовавшей затем войне с Шиваджи. Более того, она отвлекла из Декана на северо-западную границу лучшие могольские войска. Таким образом, афганцы косвенно способствовали успеху маратхов.
Религиозная политика. Аурангзеб полностью изменил религиозную жизнь Могольской империи. Он поставил цель превратить ее в ортодоксальное государство суннитов, хотя огромное большинство населения страны составляли индусы. Административные мероприятия, связанные с проведением этой политики, не могли не отвратить от него индусов по всей Индии. Эти мероприятия требовали денег, и в 1665 году был издан указ, согласно которому торговцы-мусульмане должны были облагаться пошлинами в размере 2,5 процента, торговцы индусы — 5 процентов.
В 1667 году пошлина, которую должны были платить мусульмане, была отменена, а закон об уплате пошлины индусами продолжал действовать. В 1669 году Аурангзеб приказал наместникам провинций «разрушить все школы и храмы неверных». В 1671 году был издан указ о том, что писцы и прочие служащие административного аппарата должны быть мусульманами. Но вскоре было обнаружено, что писцов-мусульман не хватает, и последовал указ, чтобы половину пешкаров (писцов налогового ведомства) составляли мусульмане, а другую половину — индусы. В апреле 1679 года отмененная Акбаром джизья снова была введена во всей империи, «чтобы распространить ислам и покончить с неверными». Поступления от этого налога были очень велики. В провинции Гуджарат он давал 5 миллионов рупий ежегодно. В 1695 году всем индусам, за исключением раджпутов, было запрещено передвигаться в паланкинах, ездить на слонах и чистокровных лошадях, а также носить оружие.
Индусы были не единственными жертвами правоверности Аурангзеба. Преследованиям также подверглись шииты, исламские секты бохра и ходжи. Но они не смогли оказать организованного сопротивления, как это сделали джаты, бунделы, маратхи, раджпуты и сикхи.
Восстания индусов. В 1662 году, как только наметились первые перемены в религиозной жизни, восстали сатнами («честное имя») — миролюбивая индусская секта, приверженцы которой жили на территории современной Патиалы. Могольская армия легко подавила их выступление.
В 1669 году восстание под руководством заминдара Гоклы подняли джаты Матхуры, убившие могольского фоудждара. Гокла был казнен, а его семья насильно обращена в ислам. Джаты снова восстали в 1686 году под предводительством раджи Рамы, который через несколько лет также потерпел поражение и погиб.
Указ Аурангзеба о разрушении храмов вызвал восстание бунд ел ов — племени раджпутов, жившего в местности, которая получила от него название Бунделкханд. В первые годы правления Аурангзеба произошло восстание под руководством Чампата Рая, который, когда возникла угроза пленения, покончил жизнь самоубийством. Его сын Чхатрасал, бывший в это время на службе у Аурангзеба, продолжил дело отца и боролся против могольских властей на протяжении полувека. Чхатрасал умер в 1731 году, сумев создать в Бунделкханде независимое княжество.
Война в Раджпутане (1679–1708). В декабре 1678 года умер махараджа Джасвант Сингх — правитель Марвара. Наследники трона, два сына, родившиеся у двух его жен, появились на свет уже после его смерти, то есть, по сути, Марвар остался без законного правителя. Аурангзеб воспользовался этим и присоединил его к Могольской империи. Управлять Марваром был посажен Индра Сингх Ратхор из Нагора, внучатый племянник Джасванта Сингха, но подлинными хозяевами здесь стали могольские чиновники. Обладание Марваром давало возможность Аурангзебу вбить клин между двумя половинами Раджпутаны и угрожать с фланга правителю Мевара.
Выжил только один из двух сыновей Джасванта Сингха, родившихся после его смерти, — Аджит Сингх. Падишах приказал доставить его в Дели и воспитывать в могольском гареме, но Дургадас, феодал из раджпутского племени ратхоров, решил этому помешать. Ратхоры задержали отряд, посланный, чтобы захватить младенца Аджита Сингха и вдов Джасванта Сингха, и тем временем Дургадас сумел ускользнуть вместе с Аджитом и обеими вдовами, переодетыми в мужское платье. В июле 1679 года Дурдагас прогнал из столицы Марвара Джодхпура могольских чиновников и объявил Аджита Сингха махараджей.
Аурангзеб после этого отправил на Марвал крупную армию. Ратхоры потерпели поражение, но не сдались — они ушли в горы и стали вести оттуда партизанскую войну. Одновременно Аурангзеб потребовал от Раджа Сингха, князя соседнего Мевара, осуществить сбор джизьи. Тот ответил отказом. Падишах тут же вторгся в Мевар. Радж Сингх покинул свою столицу Удайпур и со всем населением также отступил в горы.
Армии Моголов в Меваре и Марваре разделял хребет Аравалли, гребень которого был в руках у Раджа Сингха. Он спускался по своему усмотрению то на восток, то на запад и нападал на моголов, нанося им большой урон. Могольская армия пришла в замешательство и фактически бездействовала. Разгневанный падишах отослал сына Акбара в Марвар и назначил командовать войсками в Меваре другого своего сына — Азама.
Но тут Аурангзеба постиг неожиданный удар. В январе 1681 года Акбар объявил себя падишахом и присоединился к восставшим раджпутам. Отчасти эта измена Акбара была результатом дипломатии Раджа Сингха, который обещал ему поддержку всей Раджпутаны. В октябре 1680 года Радж Сингх умер, но Акбара уже было не остановить. Он двинул свое войско на Аджмир, где в это время находился падишах. Если бы он совершил быстрый марш, ему, возможно, удалось бы осуществить свои честолюбивые намерения. Но он колебался и потому задерживался по дороге, а за это время силы падишаха более чем удвоились. Сыграло роль и письмо, сфабрикованное и подброшенное Дургадасу, в котором Акбара восхваляли за то, что он намеренно вел ничего не подозревающих раджпутов на верную смерть. Раджпуты заподозрили измену со стороны Акбара и ускакали прочь. Союз их с Акбаром, таким образом, распался, и Акбару пришлось бежать, чтобы спасти свою жизнь. Дургадас, впрочем, быстро обнаружил обман, взял Акбара под свою защиту и проводил его под охраной ко двору маратхского правителя Самбхуджи, преемника Шиваджи. В это время, воспользовавшись мятежом Акбара, новый правитель Мевара Джай Сингх ударил по могольским войскам в Гуджарате и Малве. Это произвело впечатление на Аурангзеба, и он предпочел заключить с Джаем Сингхом мир и увести свои войска из Мевара.
Однако борьба с Марваром продолжалась еще долго. Лишь через год смерти Аурангзеба занявший престол Моголов Бахадур-шах признал Аджита Сингха правителем Марвара. Крупнейший индийский историк Джадунатх Саркар отмечает: «Проявив максимум политического недомыслия, Аурангзеб своими неоправданными действиями вызвал восстание в Раджпутане в то время, когда афганцы на границе еще не были усмирены. Поскольку два ведущих раджпутских клана открыто стали его врагами, могольская армия лишилась возможности пополнять свои ряды из раджпутов, ранее бывшими ее лучшими и наиболее преданными воинами. Волнения охватили не только Марвар и Мевар. Они распространились также среди кланов хада и гаур, которые сочувствовали восставшим. Возникшие таким образом беспорядки распространились и на Малву, что поставило под угрозу жизненно важную для Моголов дорогу через Малву в Декан».