Важнее всего, конечно, было отношение Юстиниана к монофизитам, к которым симпатизировала супруга Юстиниана Феодора. Монофизит Иоанн Эфесский называет ее «правоверной, исполненной ревности», «христолюбивой царицей, поставленной Богом в трудные времена для поддержки гонимых». Решить монофизитский вопрос значило укрепить императорское влияние в восточных провинциях — Египте и Сирии с Палестиной.

По совету Феодоры Юстиниан в начале своего правления вступил на путь примирения с монофизитами, после чего их монофизитские епископы, изгнанные при Юстине, получили возможность вернуться из ссылки. Монофизиты были приглашены в столицу на религиозное примирительное совещание. Пятьсот поселенных в одном из столичных дворцов монофизитских монахов, по выражению Иоанна Эфесского, превратили дворец в «великую и дивную пустыню отшельников». В 535 году Север, глава и «истинный законоучитель монофизитов», прибыл в Константинополь и оставался там год. На константинопольскую патриаршую кафедру был возведен епископ Трапезундский Анфим, известный своей примирительной политикой в отношении к монофизитам. По-видимому, монофизиты были близки к тому, чтобы торжествовать победу.

Ситуация, однако, очень скоро изменилась. Приехавший в Константинополь папа Агапит и партия акимитов (строго православных) подняли такой шум против религиозной уступчивости Анфима, что Юстиниан, конечно с внутренним сожалением, вынужден был уступить: Анфим был смещен, и на его место назначен убежденный православный пресвитер Мина. Очень вероятно, что уступка императора папе была вызвана отчасти тем, что в это время началась остготская война в Италии и Юстиниану было необходимо сочувствие Запада.

Но, уступив, Юстиниан не отказался от намерения найти мир с монофизитами. В угоду им он поднял вопрос о трех церковных писателях V века — Феодоре Мопсуестийском, Феодорите Киррском и Иве Эдесском, которые, несмотря на свой несторианский образ мыслей, не были осуждены Халкидонским собором. Раздраженный противодействием папы и акимитов, Юстиниан признал, что в данном случае монофизиты правы, и в начале сороковых годов издал указ, в котором подверг анафеме сочинения этих трех писателей и грозил анафемой всем тем, кто посмеет защищать их сочинения.

Запад был этим весьма смущен, ибо императорский указ подрывал авторитет Халкидонского собора. Кроме того, некоторые представители Западной церкви держались того мнения, что император совершает насилие над совестью членов церкви. Последнее сомнение едва ли понимали на востоке, где вмешательство императорской власти в решение догматических споров закреплено было долговременной практикой. Таким образом, в то время как Восточная церковь соглашалась признать указ, Западная церковь высказалась против этого.

Дабы привлечь Западную церковь на свою сторону, надо было прежде всего убедить одобрить указ римского папу. Пана Вигилий был вызван в Константинополь, но ожидания императора оправдал не сразу, поскольку открыто выступил против указа Юстиниана и даже отлучил от церкви константинопольского патриарха Мину. Но мало-помалу, оказавшись, по сути, в Константинополе заложником, Вигилий уступил Юстиниану. Это было последним торжеством Феодоры, уверенной в наступлении окончательной победы монофизитства. В том же году она умерла.

Однако Западная церковь не одобрила сдачу позиций Ви-гилием. Африканские епископы, собрав собор, даже отлучили его от церковного общения. Папа начал колебаться в своем решении и взял свое слово обратно. В таких обстоятельствах Юстиниан решил прибегнуть к созыву Вселенского собора, который и собрался в Константинополе в 553 году.

Задача этого Пятого Вселенского собора была гораздо уже задач предшествовавших соборов. Император хотел, чтобы Вигилий, проживавший в то время в Константинополе, присутствовал на соборе. Но папа под разными предлогами уклонялся от этого, так что все заседания собора состоялись без него. Собор, разобрав сочинения вышеназванных трех писателей и согласившись с мнением императора, осудил и предал анафеме «нечестивого Феодора, который был епископом Мопсуестийским, вместе с нечестивыми его сочинениями, и все, что нечестиво написал Феодорит, и нечестивое послание, приписываемое Иве, и тех, которые пишут или писали в защиту их». Это постановление получило обязательную силу, и Юстиниан стал преследовать и подвергать ссылке епископов, не согласившихся с ним. Папа Вигилий был сослан на один из островов Мраморного моря. Впрочем, в конце концов он тоже смирился, после чего получил разрешение возвратиться в Рим, куда, однако, не доехал, умерев по дороге. Запад до конца VI века не признавал решений собора 553 года; это произошло только при папе Григории I Великом (590–604), когда собор 553 года был признан Западной церковью Вселенским собором наравне с четырьмя, которые ему предшествовали.

Напряженная религиозная борьба, которую вел Юстиниан и которая должна была, как он ожидал, объединить монофизитов и православных, не оправдала его надежд. Монофизиты не были удовлетворены сделанными уступками, они все время хотели большего, тем более что в последние годы жизни Юстиниан все решительнее склонялся на их сторону. Несогласные с ним епископы отправлялись в ссылку. Монофизитство могло сделаться государственной религией, обязательной для всех, что повлекло бы за собой новые крупные осложнения. Но император умер, и после него религиозная политика государства изменилась.

Если, подводя итог церковно-религиозной политике Юстиниана, спросить, достигли он установления единой церкви в империи, то ответ, конечно, придется дать отрицательный. Не только не состоялось примирения православия с монофизитством, но продолжали существовать несторианство, манихейство, иудейство и, в отдельных случаях, язычество.

Говоря о религиозной политике Юстиниана, нельзя забывать о миссионерской деятельности, получившей развитие в его время. Он считал своим долгом насаждать христианскую веру и за пределами государства. До нас дошли известия о принятии христианства герулами на Дунае, некоторыми кавказскими народами, туземными племенами Северной Африки и Среднего Нила.