В 2006 году дело группы «Атабейлер», получившее широкую известность как «первая операция против теневого государства», было возбуждено на основании электронных писем, содержащих информацию о готовящемся покушении на премьер-министра Реджепа Тайипа Эрдогана, попытках государственного переворота и нападения на Государственный совет. Дело «Атабейлер» считается первым, организованным FETÖ и положившим начало процессу «Эргенекон». По делу проходили 10 обвиняемых, включая двух руководителей полиции, двух офицеров и двух военнослужащих. В ходе судебного процесса обвиняемые военные были осуждены по таким статьям, как «шпионаж», «хранение взрывчатых веществ», «создание и руководство террористической организацией».

Однако после того, как выяснилось, что судебный процесс вели и приговоры вынесли судьи, которые являлись членами FETÖ, был запрошен пересмотр дела и судебный процесс окончился оправдательным приговором. Суд оправдал обвиняемых в нарушении статьи 316 Уголовного кодекса за отсутствием состава преступления. Дела «Атабейлер», «Эргенекон» и «Кувалда» во многом схожи, в них использовались поддельные цифровые документы, анонимные доносы по электронной почте, ложные свидетельства.